真香预警！肠道菌群与疾病数据库，有事没事给文章加点料！
Disbiome数据库
人类肠道菌群与疾病相关性信息数据库
嗨，小伙伴们大家好啊！前面带大家学习了不少肠道微生物相关数据库，想来大家也是蠢蠢欲动了，不过做过肠道微生物研究的小伙伴可能都知道，开启这方面课题首当其冲的关键问题是：所研究疾病是否与肠道微生物有关？具体与那种微生物有关？因此，这期带大家学习一款肠道菌群与疾病相关性信息数据库——Disbiome数据库，期望对大家有所帮助，一起来看看吧~！
▌期刊信息
▌数据库概览
Disbiome数据库（https://disbiome.ugent.be/home）于2018年6月发布在BMC Microbiology杂志，当前版本Disbiome数据库收录基于Pubmed 10934个实验项目中372种疾病与1622种肠道微生物相关信息，涵盖不同种类疾病中的微生物组成变化、检测方法和文献来源，支持以疾病、肠道微生物名称和实验方法进行信息检索，为基于肠道微生物视角进行疾病发病及诊疗相关研究提供极大便利。
菜单栏Help页面是数据库介绍及使用指南，News页面是数据库文献引用情况，感兴趣的小伙伴可以学习。
▌数据库核心功能及操作演示
Experiment overview为数据库核心功能模块，提供基于10934个实验项目的肠道微生物与疾病相关性信息。检索框可输入感兴趣的疾病、肠道微生物名称和实验方法进行数据检索，鼠标点击检索框右侧的“？”，数据库支持输入多个关键词并默认以“AND”连接进行精确检索，无需通配符即可模糊检索。
以Crohn's Disease为例，检索框输入关键词，点击GO获得检索结果。490条信息，在表格左上角可下载，表格提供实验ID、疾病、肠道微生物名称、对照和实验组微生物丰度和实验方法等信息。
点击Disease列Crohn's Disease，界面展示该疾病ID及与其相关的基于实验验证的全部肠道微生物信息。MedDRA classification部分还可以查看Crohn's Disease所述疾病大类中的肠道微生物信息，以Gastrointestinal disorders为例。
拟探索Crohn's Disease与Bacteroides相关性，检索框输入关键词，点击GO获得检索结果。可见基于不同的方法均检测到Bacteroides在Crohn's Disease患者肠道中丰度降低。
点击Organism列Bacteroides，界面展示该微生物ID及与其相关基于实验验证的全部疾病信息。
再以Crohn's Disease与Bacteroides相关性信息检索结果第一条为例，点击疾病名称前的数字，界面展示该实验项目详细信息，如样本类型、分组和实验方法等。
点击菜单栏Export，提供Disbiome数据库收录的实验项目、肠道微生物、疾病、检测方法、文献和样本等数据下载，不过是JSON文件，感兴趣的小伙伴可以自行探索。
总结
Disbiome数据库界面友好，提供不同种类疾病中的微生物组成变化、检测方法和文献来源等信息，支持以疾病、肠道微生物名称和实验方法进行信息检索，为基于肠道微生物的视角进行疾病发病及诊疗相关研究提供极大便利。
以上就是Disbiome数据库全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！
Janssens Y, Nielandt J, Bronselaer A, Debunne N, Verbeke F, Wynendaele E, Van Immerseel F, Vandewynckel YP, De Tré G, De Spiegeleer B. Disbiome database: linking the microbiome to disease. BMC Microbiol. 2018 Jun 4;18(1):50. doi: 10.1186/s12866-018-1197-5. PMID: 29866037; PMCID: PMC5987391.
往期传送门
小白实战课堂开课啦！手把手教你转录因子与靶基因预测操作～！
引药生变数据库系列传送门（完结）
甲基化数据库系列传送门（完结）
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END—
撰文丨弘 毅
排版丨四金兄
主编丨小雪球
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