想给国自然加点料？不多说，用这个数据库来降维打击！
RMBase数据库：RNA修饰综合数据库
甲基化数据库系列传送门
▌数据库概览
RMBase主页（http://rna.sysu.edu.cn/rmbase/index.php）显示数据库详细介绍，更新至2017年的RMBase v2.0版本，目前包含13个物种47个研究中566个数据集的1397244个RNA修饰信息，其中有1373000个m6A修饰、10005个m5C修饰、5100个2'-O-Me修饰和100种其他类型的2800个修饰，整合转录组测序Pseudo-seq、Ψ-seq、Ceu-seq、Aza-IP、MeRIP-seq、m6A-seq、m1A-seq、miCLIP、m6A-CLIP、RiboMeth-seq和来自GEO及SRA数据库Nm-seq等数据中编码基因、tRNAs、rRNAs、scRNAs、scaRNAs、snRNAs、snoRNAs、miRNAs、lincRNAs、miscRNAs、Mt-tRNAs、Mt-rRNAs、假基因等在转录后水平的表观遗传修饰综合信息，并提供miRNA结合位点、疾病相关SNP和RBP等与RNA修饰相关性等信息。
▌数据库核心功能及操作演示
不同类型RNA修饰信息查询
页面上方菜单栏提供m6A、m1A、m5C、Ψ、2′-O-Me和其他类型RNA修饰信息浏览功能，点击感兴趣的RNA修饰类型可进入对应的数据浏览界面。
以m6A为例，可发生在CDS、3′-UTR、5′-UTR、intron、exon和intergenic，以哺乳动物中人类hg13基因组版本为例，表格展示477452条m6A修饰位点信息，包括染色体、起止位点、正反义链、RNA修饰ID及修饰类型、Motif评分、支持文献数、基因名、基因类型和甲基化修饰区域等，其中Motif评分用于评估识别的m6A或m1A基序准确性。
均可在表格最底下的检索框检索感兴趣的条目，以Motif评分降序排列，评分最高为419.59，输入检索框，然后将支持文献数降序排列，显示文献数最多为105，ModID为m6A_site_140358，点击查看详细信息。
结果展示，包含该m6A修饰位点基因为FAM189A1和NDNL2，都是编码基因，序列为CCATAATCAAGACCCCAAGGACTGGCCAGCGCAGTACTGTG，序列长41-nt，在修饰位点5'和3'方向上都延长了20nt，提供支持该信息的GSE数据集和参考文献信息。
点击上述表中ModType栏m6A，链接至Modomics查看m6A修饰详细介绍。
点击上述表中GSE，以GSE37003为例，Motif display部分以序列标识图形式来展示m6A修饰位点信息，点击motif matrix file下载位置频率矩阵可上传STAMP进行验证，点击More information Similar motifs found可查看更多相似motif。Metagene analysis部分展示m6A修饰位点所在不同基因组区域分布情况。
m1A、m5C、Ψ、2′-O-Me和otherType模块内容与m6A部分类似，同样可以查询到Modomics中关于RNA修饰类型的介绍，部分截图展示如下。
modGene功能
该模块可用于检索目标基因转录本不同类型RNA修饰信息，以哺乳动物中人类hg13基因组版本为例，表格展示23391条人类基因RNA修饰信息，提供基因名及Ensemble ID、基因类型、正反义链和各种类型RNA修饰位点数目，均可在最底下检索框检索感兴趣的基因条目，以m6A修饰位点数目降序排列，最多的PCDHGA1，是蛋白编码基因，点击蓝色数字显示该基因m6A修饰详细信息，同前述类似，序列长41nt，分别在修饰位点5'和3'方向上都延长了20nt。
以lincRNA过滤后，结果如下有1727条，以m6A修饰位点数目降序排列，最多的是NEAT1。
modVar功能
该模块用于检索1疾病相关SNP/SNV（单核苷酸多态性/单核苷酸变异）与不同类型RNA修饰位点相关性信息，同样以检索哺乳动物中人类hg13基因组版本中SNV相关信息为例，表格展示192283条结果，提供SNV ID、RNA修饰ID及修饰类型、relPos、数据来源、疾病和基因名等信息，其中relPos表示SNV相对于RNA修饰位点的偏移。疾病栏检索乳腺癌，点击SNV ID显示详细信息，该结果显示SNV为G到C突变，以每个修饰位点序列在5'和3'方向上都延长了10nt。
modMirTar功能
该模块用于检索miRNA结合位点与不同类型RNA修饰位点相关性信息，同样以检索哺乳动物中人类hg13基因组版本相关信息为例，表格展示有38629条结果，并提供MirTarID、RNA修饰ID及修饰类型、染色体、起止位点、正反义链、文献支持数目和miRNA及靶基因名称等信息，点击MirTarID显示详细信息。
modRBP功能
该模块用于检索RBP结合位点与不同类型RNA修饰位点相关性信息，RBP type可选择Writer、Reader或Eraser或ALL，同样以检索哺乳动物中人类hg13基因组版本相关信息为例，表格展示有2886675条结果，以m6A、FMR1进行过滤后得到77566条结果，提供RBP ID、RNA修饰ID及修饰类型、文献支持数目和RBP及靶基因名称等信息，点击RBP ID显示详细信息。
Motif功能
该模块结果可根据细胞系进行筛选，提供相关GSE数据集中RNA修饰位点可视化结果（Motif display）和不同类型RNA修饰分布情况（Metagene analysis），内容基本同前。
modTools功能
该模块支持上传自己的数据进行RNA修饰相关分析，modMetagene展示转录本中不同类型RNA修饰位点信息，modAnnotation展示上述RNA修饰位点对应基因功能注释，感兴趣的小伙伴可自行探索。
▌文献案例分析
RMBase数据库最常用的功能为m6A修饰位点查询及Motif可视化展示，下面提供四篇文献给大家，感兴趣的小伙伴可以学习。
文献案例一：PMID 33948366，IF=6.160
作者基于RMBase数据库检索ACBC1 mRNA的m6A修饰位点，进入RMBase数据库m6A检索模块，GeneName检索框输入ACBC1，结果显示有4个m6A修饰位点，以第一个为例点击查看详情。
另外三篇文献如下：
以上就是RMBase数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下参考文献！
[1] Xuan JJ, Sun WJ, Lin PH, Zhou KR, Liu S, Zheng LL, Qu LH, Yang JH. RMBase v2.0: deciphering the map of RNA modifications from epitranscriptome sequencing data. Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D327-D334. doi: 10.1093/nar/gkx934. PMID: 29040692; PMCID: PMC5753293.
[2] Sun WJ, Li JH, Liu S, Wu J, Zhou H, Qu LH, Yang JH. RMBase: a resource for decoding the landscape of RNA modifications from high-throughput sequencing data. Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D259-65. doi: 10.1093/nar/gkv1036. Epub 2015 Oct 12. PMID: 26464443; PMCID: PMC4702777.
往期传送门
小白实战课堂开课啦！手把手教你转录因子与靶基因预测操作～！
引药生变数据库系列传送门（完结）
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撰文丨弘 毅
排版丨四金兄
主编丨小雪球
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关键词
数据
m6A修饰
信息
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