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MethHC 2.0数据库：肿瘤相关基因表达、甲基化及临床相关性分析
甲基化数据库系列传送门
▌数据库概览
MethHC 2.0数据库网址为（http://awi.cuhk.edu.cn/∼MethHC），数据库整合了来自于TCGA、GEO数据库33种人类肿瘤的50188个甲基化组和转录组测序数据，纳入来自iMETHYL、MethBank、DiseaseMeth、MethyCancer、NGSmethDB、PubMeth和MENT等数据库甲基化及临床数据，以及自2010年以来PubMed收录的7000余篇文献中肿瘤疾病相关DNA甲基化研究成果，并集成UCSC、miRStart、KEGG和 Enhancer Atlas2.0数据库基因信息，综合提供基因表达、甲基化修饰、突变及拷贝数变异和临床相关性信息，其中包括28047个编码基因和大于1040个miRNA基因。
数据库收录有8个基因区域（promoter、TSS、TSS1500、TSS200、5′UTR、first exon、gene body和3′UTR）、5个CGI区域（CpG islands regions、N shelves、N shores、S shelves和S shores）和增强子区域（enhancer region），基因组位置示意图如下。
▌数据库核心功能及操作演示
GENE METHYLATION
GENE METHYLATION模块用于查询肿瘤中感兴趣基因的甲基化修饰情况，支持编码基因或miRNA查询，支持单个癌种或泛癌分析，支持自定义分组、基因区域及CGI区域和甲基化水平高低分组依据，支持输入单基因或多基因，或选择KEGG通路、昼夜节律、组蛋白甲基化或肿瘤相关基因集。
以示例基因集为例，检索NAT2;CYP1A2;CYP2A6;CYP2A7;CYP2A13;XDH;NAT1基因在BRCA、COAD和KIRC三种肿瘤中甲基化修饰情况，其他参数默认，点击Submit获得检索结果。
结果展示基因名称、基因区域、甲基化探针和基因组位置信息，以及肿瘤和正常组织中上述基因的甲基化差异分析及可视化结果。
返回上级页面，重新定义分组为病理分期、突变类型和拷贝数变异，肿瘤选择乳腺癌，其他参数不变，点击Submit获得基于不同分组的甲基化差异分析结果。
DIFFERENTIAL METHYLATION
DIFFERENTIAL METHYLATION模块用于探索感兴趣肿瘤中基因或miRNA的甲基化差异情况。以乳腺癌为例，其他参数默认，点击Submit获得结果。
结果展示乳腺癌组织中24条染色体基因甲基化修饰情况，列表展示Top250的差异甲基化基因信息，点解detail查看甲基化修饰与基因表达相关性散点图。
METHYLATION CLUSTER
METHYLATION CLUSTER模块用于甲基化修饰泛癌聚类分析，以前5种肿瘤为例，其他参数默认，点击Submit获得结果。
SURVIVAL ANALYSIS
SURVIVAL ANALYSIS模块用于感兴趣基因甲基化修饰与肿瘤患者生存相关性分析。以乳腺癌中示例基因集为例，其他参数默认，点击Submit获得结果。
LITERATURE
LITERATURE模块用于检索感兴趣基因甲基化修饰相关文献，以乳腺癌中TP53基因为例，依次选择肿瘤类型，输入目标基因，默认全选甲基化修饰水平、甲基化区域、组织类型和实验方法，点击Submit，结果检索到一篇文献，可开放获取。
▌文献案例
MethHC数据库2015年发布2021年更新，发布以来引用文献150余篇，其中编码基因和非编码基因都有，更不乏高影响因子生信文章，更多文献案例小伙伴们可以自行检索。
以上就是MethHC 2.0数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下参考文献！
[1] Huang HY, Li J, Tang Y, Huang YX, Chen YG, Xie YY, Zhou ZY, Chen XY, Ding SY, Luo MF, Jin CN, Zhao LS, Xu JT, Zhou Y, Lin YC, Hong HC, Zuo HL, Hu SY, Xu PY, Li X, Huang HD*. MethHC 2.0: information repository of DNA methylation and gene expression in human cancer. Nucleic Acids Res. 2021 Jan 8;49(D1):D1268-D1275.[PUBMED]
[2] Huang WY, Hsu SD, Huang HY, Sun YM, Chou CH, Weng SL, Huang HD. MethHC: a database of DNA methylation and gene expression in human cancer. Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue):D856-61.[PUBMED]
往期传送门
小白实战课堂开课啦！手把手教你转录因子与靶基因预测操作～！
引药生变数据库系列传送门（完结）
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END—
撰文丨弘 毅
排版丨四金兄
主编丨小雪球
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