太实用了！Nature级别单细胞数据库给你的SCI加个分！我被惊艳到了！

基因表达特异性单细胞数据库：Tabula Muris

嗨，小伙伴们大家好！单细胞数据库的介绍更新至今已是两月有余，新的一周给大家带来单细胞测序数据库最后一趴，Tabula Muris数据库，一款简单实用的基因表达的单细胞注释数据库，一起来康康吧~！

数据库概览

点击(https://tabula-muris.ds.czbiohub.org/)进入Tabula Muris数据库主页，可见页面非常简单。首先是数据库简介，由斯坦福大学团队于2018年发表在Nature杂志，该团队基于来自小鼠整个生命周期内20个器官的529823个单细胞的RNA测序数据，使用两种方法分离出100,000多种细胞类型进行功能注释。

其中基于荧光激活细胞分选(Fluorescence Activated Cell Sorting, FACS)的全长转录本分析法鉴定出44,949个细胞，基于3’末端的微流体液滴计数法(microfluidic droplet-based 3’-end counting)鉴定出55,656个细胞。前者覆盖度高，可富集特定类型细胞，用于研究低表达基因，可变剪接和序列变异分析等。后者检测的细胞数量多，优势在于能够发现稀少的细胞和细胞状态。

页面下拉，该数据库提供数据下载功能，用于对单细胞测序数据进行功能注释、可视化等分析的全部代码可在Github网站进行访问。

核心功能及操作演示

Visualization为该数据库核心功能，用户可以输入感兴趣的基因，分别选择方法和组织类型，页面即可刷新得到该基因在该组织中不同细胞的表达情况。以基于FACS法的，心脏组织中不同细胞的Actb表达情况为例。

页面刷新后，首先可以看到心脏组织中基于Actb表达水平的细胞聚类结果，左侧点图为聚类的各个cluster，点的颜色深浅表示相对表达水平，右侧为不同cluster的细胞功能注释，即心脏组织中不同的细胞类型。

结合下图可知，心脏组织中Actb主要表达于leukocyte，fibroblast，endothelial cell和cardiac muscle cell等细胞。

文献应用案例

文献案例一：PMID: 33557250，IF=4.366分

本文探讨阿尔兹海默症中Trem2对小胶质细胞的促炎和抗炎激活平衡影响的机制。作者首先通过Tabula Muris数据库获悉Trem2主要由中枢神经系统中的小胶质细胞表达，蛋白质网络分析表明Trem2与固有免疫相关蛋白质共同富集，提示Trem2可能与小胶质细胞功能有关。随后数据显示Trem2在阿尔兹海默症敏感脑区的表达水平显著上调，并与与疾病进展相关，并进一步探讨了下游可能的信号通路。本文Figure1A为Tabula Muris数据库分析结果，提示Trem2主要由中枢神经系统中的小胶质细胞表达。

单图复现如下

进入Tabula Muris数据库，页面下拉至Visualization部分。首先，方法选择FACS，组织类型选择ALL，输入Trem2，页面刷新得到结果，可知Trem2主要表达于脑脊髓组织中。

接下来，方法选择FACS，组织类型选择Brain_Myeloid，输入Trem2，页面刷新得到结果，可知Trem2主要表达于小胶质细胞。

然后，方法选择FACS，组织类型选择Brain Non_Myeloid，输入Trem2，页面刷新得到结果，可知Trem2在非脑脊髓组织中几乎不表达。

将上述结果整理即可得到本文Figure1A。

文献案例二：PMID: 32644051，IF=6.205分

本文探讨SLIT3在心脏纤维化中的作用及机制。首先，作者基于Tabula Muris数据库获悉Slit3，Col1a1和Col3a1同一细胞群中存在共表达，SLIT3主要在成纤维细胞中呈高表达状态，随后实验验证SLIT3与Col1a1的调控关系。本文Figure1B为Tabula Muris数据库分析结果，提示Slit3，Col1a1存在共表达情况。

单图复现如下

进入Tabula Muris数据库，页面下拉至Visualization部分。首先，方法选择FACS，组织类型选择ALL，输入Slit3，页面刷新得到结果，可知Slit3在心脏组织中高表达。

接下来，方法选择FACS，组织类型选择Heart，输入Slit3，页面刷新得到结果，可知SLIT3主要在成纤维细胞中高表达。

同理可得到Col1a1在所有组织和心脏组织中的细胞特异性表达情况，如下图所示，可见Col1a1与SLIT3高表达的细胞类型存在高度重叠。

以上结果整理即可得本文Figure1B。

好啦~！本文关于Tabula Muris数据库介绍就暂到这里啦~！开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下参考文献！

写在结尾

Tabula Muris Consortium;Overall coordination; Logistical coordination; Single-cell transcriptomics of20 mouse organs creates a Tabula Muris. Nature. 2018;562(7727):367-372.doi:10.1038/s41586-018-0590-4

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