热点中的热点！这个数据库能做好多高大上的分析！助你国自然开挂！

ncRDeathDB

非编码RNA相关细胞死亡信息数据库

嗨，小伙伴们大家好！新的一周我们继续自噬的话题，自噬调控相关的功能基因数据库已经带大家学习过，这期我们蹭一下非编码RNA的热点，带大家学习一款非编码RNA相关细胞死亡信息数据库，一起来看看吧~！

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▌数据库概览

程序性细胞死亡（Programmed cell death，PCD）的概念包括细胞凋亡、自噬和程序性坏死3大类，ncRDeathDB数据库（http://www.rna-society.org/ncrdeathdb/index.php）之前版本为miRDeathDB数据库，整合文献报道中microRNA、lncRNA和小核仁RNA（snoRNA）调节程序性细胞死亡相关研究成果，目前收录12个物种中4615个程序性细胞死亡相关非编码RNA信息，有1817条信息为预测结果，其中有2403个细胞凋亡相关条目，2205个细胞自噬相关条目和7个细胞坏死相关条目，4373个miRNA信息条目，230个lncRNA信息条目，12个snoRNA信息条目。同时，数据库集成各种工具用于分析RNA-RNA和RNA-蛋白交互信息及网络可视化功能。

点击Help，Tutorial为数据库使用指南，Source部分提供ncRDeathDB相关链接、工具和其他数据库。

Submit部分用于提交个人的程序性细胞死亡相关研究成果。

▌数据库核心功能及操作演示

Browse模块

Browse模块有Browse by ncRNA category，Browse by species和Browse by cell death pathway三个子模块，用以按照非编码RNA、按照物种和按照细胞死亡类型进行数据浏览。

Browse by ncRNA category以miRAN为例，将表格下拉至Homo sapiens部分，可以

看到miR-100有2个自噬相关条目，报道与之相关的基因有2个，即IGF1R和mTOR，以IGF1R为例点击Details查看详情。

Detail部分展示miR-100基本信息：HCC细胞中miR-100表达水平下调，抑制mTOR和IGF-1R表达进而促进肝癌细胞自噬，详细情况请点击PMID 25026290阅读原文。

Detail部分点击miR-100后页面跳转，Details information部分展示其前体、家族、成熟体、序列及前体描述等信息，Functional analysis部分展示基于RAID和miRTarBase数据库中miR-100靶基因及其GO/KEGG富集分析结果。

Detail部分点击IGF1R后页面跳转，Details Information展示基因基本信息，Interaction and Visualization展示基于RAID和miRTarBase数据库中IGF1R相关miRNA及基于HPRD数据库中IGF1R相关基因交互网络。

Binding部分展示miR-100与IGF1R结合位点信息，若有多个转录本可选择感兴趣转录本查看预测结果。

Network部分设置Nodes参数之后点击Show the network获得miR-100、IGF1R相关分子交互网略，系统提示错误（数据库就是这样，总是会有掉链子的时候，说不定哪天就可以了/捂脸），这里展示一下帮助文档中的miR-21与BCL2相关分子交互网略。

Browse by species子模块以Homo sapiens为例，基本内容同前，不再赘述。

Browse by cell death pathway子模块以Autophagy为例，基本内容同前，不再赘述。

Search功能

Search功能有三个子模块，关键词子模块支持输入目标ncRNA及基因Symbol、Species（物种）和Death Pathway（细胞死亡类型）进行检索，胞死亡类型子模块支持输入物种和细胞死亡类型，这两种检索模式较为简单，结果与前述类似，均不在赘述。

高级检索模块支持自定义ncRNA、基因、物种、细胞死亡类型及结果展示形式，以文献报道中miR-106a及其靶基因ATG12为例，添加入检索框，结果展示选择列表，点击Submit。

结果有27条，其中miR-106a与ATG12调控关系有一篇文献报道，文献报道中能够靶向ATG12的其他与自噬相关的miRNA还有miRNA-181a、miR-23b、miR-30d、miR-182和miR-630等。

结果还提供预测的miR-106a潜在靶基因，以及靶向ATG12的潜在miRNA。

以FYCO1为例点击Details，可见miR-106a与FYCO1靶向关系的预测基于文献（PMID 22135297）中miR-93靶向FYCO1的研究成果，Binding部分进一步查看二者潜在结合位点信息。

进一检索miR-93，可以看到文献（PMID 22135297）中miR-93靶向FYCO1调节自噬的报道，点击Details进入Binding查看结合位点。

查看ncRDeath数据库原文了解miRNA与靶基因预测方法是基于TargetScan数据库提供的保守miRNA家族及NCBI数据库中人类自噬相关基因同源基因信息，随后以TargetScan进行预测的结果。

当然，高级检索模块也可以直接检索目标nocRNA及其靶基因相关分子交互网络（哈哈，貌似数据库可视化功能又不报错了~！），以miR-106a与ATG12为例，结果中可自定义网络图展示形式。

Download

Download部分提供非编码RNA与细胞死亡相关性数据下载，感兴趣小伙伴可以自行下载进行探索。

▌文献案例

以上就是ncRDeathDB数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！

Wu D, Huang Y, Kang J, Li K, Bi X, Zhang T, Jin N, Hu Y, Tan P, Zhang L, Yi Y, Shen W, Huang J, Li X, Li X, Xu J, Wang D. ncRDeathDB: A comprehensive bioinformatics resource for deciphering network organization of the ncRNA-mediated cell death system. Autophagy. 2015;11(10):1917-26. doi: 10.1080/15548627.2015.1089375. PMID: 26431463; PMCID: PMC4824571.