16+SCI力推！要说宝藏表型数据库，还得是它！

AUTOPHAGY DATABASE

自噬研究综合数据库

嗨，小伙伴们大家好！自噬研究相关数据库本周为最后一趴了，前面介绍过自噬相关功能基因、非编码RNA和翻译后蛋白修饰及临床相关性等信息数据库，新的一周带大学习的是AUTOPHAGY DATABASE，一款老牌自噬数据库，收录41种真核生物自噬相关基因及其同源基因信息，一起来看看吧~！

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▌数据库概览

AUTOPHAGY DATABASE数据库（http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html）最早于2011年发布在Nucleic ACIds Researc杂志，收录41种真核生物自噬相关文献、基因及其同源基因信息。进入数据库主页，展示自噬的概念及其参与的病理生理过程、自噬进程和自噬调节分子机制等。

菜单栏点击Overview，展示数据库简介、数据概览和其他数据库及参考文献链接。

菜单栏点击New Refs，展示当前自噬研究相关文献报道情况，提供文献标题、PubMed 链接、作者、期刊、PubMed ID、摘要和同行评价等。

Download部分提供自噬基因数据下载。

▌数据库核心功能及操作演示

Proteins List模块

Proteins List模块提供自噬相关蛋白及结构信息。物种以人类为例，基因信息全选，点击search得到结果。

表格展示人类自噬相关基因信息，包括基因功能、gene symbol、gene ID、别称、NCBI数据库GI号和蛋白质登录号、蛋白质结构、预测的细胞定位及蛋白结构和功能差异信息数据库VaProS链接等。

Homologs模块

Homologs模块提供自噬相关基因同源性信息。物种选择人类和小鼠为例，点击Search得到结果。

结果中蓝色表示直系同源蛋白质，绿色表示基于PSI-BLAST鉴定的同源基因，点击蓝色AKT1展示其详细信息及参考文献。

检索功能

1）Keyword Search

Keyword Search模块功能简单，输入关键词并选择物种即可检索，输入基因或蛋白名称时可选择是否精确检索。以人类AKT1基因为例，点击Search得到检索结果。

结果列表展示AKT1信息基本与前述类似，点击Predicted disordered regions列的Show DICHOT result按钮查看预测的无序片段信息，Disordered regions无3D结构但对蛋白功能尤为重要。

2）Homology Search

Homology Search模块用于以蛋白FASTA格式序列检索同源基因。以示例中人类ULK2基因为例，物种选择人类和小鼠，点击Search得到检索结果。

结果展示人类ULK2基因同源基因，表格信息基本与前述类似，其中E-value和Score两列为同源性比对分析结果。

Original Analyses模块

自噬体形成需要内质网隔室中PI3P富集，在Original Analyses模块提供潜在的能够PI3P结合的蛋白。物种选的人类为例，基因信息全选，点击search得到结果，表格展示信息基本与前述类似。

▌文献案例

以上就是AUTOPHAGY DATABASE数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！

Homma K, Suzuki K, Sugawara H. The Autophagy Database: an all-inclusive information resource on autophagy that provides nourishment for research. Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(Database issue):D986-90. doi: 10.1093/nar/gkq995. Epub 2010 Oct 23. PMID: 20972215; PMCID: PMC3013813.