有一说一，这个数据库太太太太惊艳了！值得安利！

RMVar：RNA修饰相关基因突变信息数据库

嗨，小伙伴们大家好！新的一周我们继续甲基化修饰的话题。RNA修饰想必大家不会陌生，尤其是m6A修饰更是耳熟能详。研究表明，基因突变导致RNA修饰位点获得或丢失进而诱导RNA修饰状态改变。那么，问题来了：怎么获取基因突变与RNA修饰之间的相关性信息呢？是否可以根据基因突变来预测RNA修饰状态呢？基于这个问题，这周给小伙伴们带来一款RNA修饰相关的基因突变信息库，RMVar数据库或许可以帮到你哦，一起来康康吧~！

甲基化数据库系列传送门

没想到这个数据库这么好用！国自然、SCI都能用得上！导师不明觉厉，直呼内行！

今天文章重点：实用！（6-11分SCI都偏爱这个Style）

▌数据库概览

RMVar数据库全称为Database of functional variants involved in RNA modifications，输入网址（http://rmvar.renlab.org/）进入数据库主页，提供RNA修饰相关基因突变信息，中山大学任间教授、左志向教授共同开发并于2018年发表在Nucleic Acids Res杂志，目前更新至2021年2月份。旧版本名为m6Avar，什么是m6A呢？即在RNA腺嘌呤第6位N原子位置添加甲基，常见于mRNA的CDS区和3‘UTR区，发挥调节mRNA稳定性、可变剪接、翻译和亚细胞定位等功能，在lncRNA、micRNA等非编码RNA也存在m6A位点。目前在新版本中涵盖有m6A、m6Am、m1A、pseudouridine (ψ)、m5C、2 '-O-Me、m7G、m5U和A-I等RNA修饰类型，整合来自dbSNP、HGVD数据库1457898个种系突变和来自TCGA、ICGC和COSMIC数据库220228个体细胞突变数据，以及RBP结合区域、miRNA-RNA相互作用和剪接位点相关RNA修饰信息。除此之外，结合GWAS和ClinVar数据库中疾病相关数据建立RNA修饰机制与疾病之间潜在关联性信息，并提供统计图表等可视化分析结果。

数据库中RNA修饰相关基因突变信息有三种可信度层次：

（1）高可信度数据：基于破坏RNA修饰位点序列并以miCLIP、PA-m6A-seq和m1A-IP-seq等实验获得的RNA修饰相关基因突变信息；

（2）中可信度数据：与MeRIP-Seq实验结果取交集并以预测模型获得的RNA修饰相关基因突变信息；

（3）基于dbSNP、HGVD、TCGA、ICGC和COSMIC数据库全转录组测序数据中基因突变位点附近序列的深度卷积神经网络分析获得潜在RNA修饰相关基因突变信息。

基于RMVar数据库，用户可以检索或浏览以下数据：

（1）RNA修饰相关基因突变信息（基于dbSNP、HGVD）；

（2）RNA修饰相关肿瘤体细胞突变信息（基于TCGA、ICGC和COSMIC）；

（3）与疾病存在显著关联的RNA修饰相关基因突变信息（基于GWAS和ClinVar）；

（4）被RNA修饰相关基因突变调节的剪接位点；

（5）被RNA修饰相关基因突变调节的RNA结合蛋白；

（6）被RNA修饰相关基因突变调节的miRNA加工及其靶基因；

（7）被RNA修饰相关基因突变调节的circRNA；

（8）基于UCSC数据库的人和小鼠RNA修饰相关基因突变信息。

在数据库主页最底部展示不同物种及不同RNA修饰类型的整体数据概览。

▌数据库核心功能及操作演示

Browse功能

菜单栏点击Browse进入数据浏览页面。在侧边栏点击Germline，展示人和小鼠中不同RNA修饰类型数据整体情况，包括数据来源、更新时间、物种、引用注释、置信度，m6A和基因突变ID等信息，并以图形展示上述结果。用户可选择RNA Modification Type和Species进行浏览。

随后，以柱状图或折线图展示总体上的不同基因序列和不同基因类型对应的RNA修饰统计结果，及其他数据库中m6A相关SNP数据统计结果。

页面下拉，可设定基因类型和数据可信度来筛选感兴趣的RNA修饰相关SNP信息。

以RMVar_ID_145296为例点击查看详情，展示RMVar_ID_145296对应RNA修饰的基因组信息，并提供文献支持，表格展示可变剪切位点和非编码RNA中m6A修饰相关SNP信息，点击Visualize in genome browser展示上述信息可视化结果。

返回上级目录，在侧边栏点击Somatic variants下TCGA/ICGC或COSMC，展示在不同肿瘤细胞或组织中的不同RNA修饰类型相关基因突变数据，详细信息与前文类似。

Search

点击菜单栏Search进入数据检索页面，在Add new builder line下拉菜单添加需要限定的检索词类型，然后检索感兴趣的RNA修饰相关基因突变数据。

以检索人类乳腺癌中m6A修饰的编码基因突变信息为例，在Add new builder line下拉菜单依次选择RNA Modification Type：m6A、Species：Human、Gene Type：Protein coding和Disease：breast cancer，点击Search进行检索。

结果展示716条信息，在不同数据库中不同可信度的检索结果整体情况以图形展示，列表展示详细的RNA修饰类型、基因组信息、数据来源、基因名、突变ID、SNP位点、在转录组中的功能和疾病相关信息，点击列名中各自对应的小三角可排序。

以第一条为例点击Detail查看详情，基本信息与前文类似。

与前文不同的是表格额外展示该RBP结合基序的SNP信息，还有疾病相关性信息。

再以检索人类RET基因m6A修饰相关突变信息为例，在NCBI-Gene获得RET基因组位置信息chr10:43077069..43130351，在RMVar数据库search页面Add new builder line下拉菜单添加RNA Modification Type：m6A、Species：Human和Region：chr10:43077069..43130351，点击Search进行检索。

结果展示检索结果中高可信度的数据有两条，以第一条为例点击查看详情，基本信息栏提供该m6A修饰的基因组信息，列表提供两条circRNA的m6A修饰相关SNP信息，点击Visualize in genome browser展示上述信息可视化结果。

Download功能

数据库提供人和小鼠RNA修饰、基因突变和样本信息数据下载链接，感兴趣的小伙伴可以下载使用。

其他功能

点击侧边栏Links，提供m6A修饰预测、翻译后修饰PTM预测、数据库链接和实用小工具，小伙伴们可自行探索。

▌文献案例分析

数据库更新后的版本目前引用文献基本都是综述，提供两篇使用旧版本数据库功能的文献供小伙伴们学习之用。

以上就是RMVar数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下参考文献！

[1] Luo X, Li H, Liang J, Zhao Q, Xie Y, Ren J, Zuo Z. RMVar: an updated database of functional variants involved in RNA modifications. Nucleic Acids Res. 2021 Jan 8;49(D1):D1405-D1412. doi: 10.1093/nar/gkaa811.

[2] Zheng Y, Nie P, Peng D, He Z, Liu M, Xie Y, Miao Y, Zuo Z, Ren J. m6AVar: a database of functional variants involved in m6A modification. Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D139-D145. doi: 10.1093/nar/gkx895.