外泌体专题：外泌体miRNA数据库EVmiRNA
嗨，小伙伴们大家好！这里是每周一弘毅专栏，我志向用小小文字助力你的SCI发表之路。科研的热潮可谓是日新月异，昨日的当红明星转眼间便沦为今日黄花，“miRNA+靶基因”套路作为最简单的二元交互模式，相关研究已经是如过江之鲫泛滥成灾了，可是如果给miRNA搭上外泌体这样一个小轿车，却也是能玩出不少新花样，勉强赶上时代的潮流。那么，这周便给大家带来EVmiRNA数据库，跟着弘毅的脚步一起来看看这款外泌体miRNA研究利器吧~！
序章：关于外泌体
胞外囊泡（extracellular vesicles，EVs）根据粒径范围、生物特性和形成过程的不同被分为微囊泡、凋亡小体和外泌体（exosome）3种类型，其中外泌体是由细胞胞吐作用而释放的脂质双层膜囊泡，大小在30~150nm，能够运载内源性蛋白质、脂质、ssDNA和RNA等信息物质，并参与细胞间通讯，调控机体免疫应答、抗原提呈、细胞迁移、细胞分化、肿瘤侵袭等生物学过程，被认为是细胞间通讯、疾病诊断和预后相关循环biomarkers的重要载体。
外泌体的研究方向包括基础机制研究及临床应用研究，涉及肿瘤、免疫、代谢、神经内分泌调控等多个领域，也是近年来的研究热点之一，国自然标书的香饽饽。那么接下来，就带大家康康miRNA搭载外泌体的信息数据库吧~！
数据库概览
进入EVmiRNA主页（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA#!/）可以看到该数据库简介，EVmiRNA由华中科技大学郭安源教授团队于2018年发表在Nucleic Acids Research杂志上，整合了来自于NCBI SRA数据库的17种组织或疾病的462个EVs相关miRNA测序数据集，提供不同样本来源miRNA的表达谱信息，并给予miRNA功能注释，包括miRNA调控通路、miRNA相关药物，miRNA功能、靶基因预测和已发表的相关文献。主页提供miRNA Search和Sample Search两种检索方式。
点击Document进入数据库详细介绍界面，包括Quick Start和Data Summary，前者为EVmiRNA快速使用指南，后者提供数据来源、处理方法和统计结果。页面下拉，Download提供表达谱数据集下载功能。
二、数据库功能及操作演示
1、外泌体miRNA信息浏览：miRNA
点击miRNA进入详情页面，提供miRNA ID，miRNA Accession、染色体位置和成熟体序列信息，可检索感兴趣miRNA ID。
以hsa-let-7a-3p为例说明，点击进入详情页面，首先是miRNA基本信息，点击miRNA Accession连接至miRBase数据库。
页面下拉，是EVs相关miRNA表达情况柱状图，可选择不同组织来源EVs，或不同肿瘤类型EVs，进行查看。
页面再下拉，是miRNA功能注释信息，可检索感兴趣的肿瘤，提供miRNA功能概述及对应的Pubmed ID，点击可链接至NCBI数据库查看文献全文。
页面继续下拉，提供影响该miRNA表达的药物信息，数据来自SM2miR数据库，包括药物名称、影响miRNA表达情况、DB/CID号和FDA批准情况，以及对应的Pubmed ID和参考文献。
再往下，是已发表的支持该miRNA功能注释信息的参考文献。
最后，是该miRNA靶基因信息，提供靶基因symbols、染色体位置和起止位点，以及靶基因是基于预测或实验数据的结果，右上角可下载靶基因列表。
另外，有些miRNA该页面还提供其参与调控的通路信息，提供KEGG ID和对应的基因集，以及显著性p值。
2、外泌体特异性miRNA信息浏览：Specific miRNA
点击Specific miRNA进入详情页面，左侧栏选择感兴趣的组织或肿瘤类型，右侧显示对应的EVs特异miRNA ID、样本SRA ID、参考文献、肿瘤类型、所属研究项目和外泌体分离方法，点击miRNA ID可进入miRNA详情页面，点击SRA ID可链接至NCBI SRA数据库。
3、外泌体样本信息浏览：Sample
点击Sample进入详情页面，提供15种组织来源的外泌体和6种组织来源的微囊泡的样本信息，单击可以浏览详情。
以Colon组织来源的外泌体为例进行说明，点击进入，首先映入眼帘的是肿瘤类型、样本数量、miRNA表达Top40热图结果，以及各种smRNA Reads分布情况，右上角可下载表达谱TXT文件。
页面下拉，是Colon来源外泌体的miRNA表达列表，可检索感兴趣miRNA ID，提供miRNA表达值及柱状图结果，点击miRNA ID查看详情，内容同前。
页面再下拉，分别是SRA样本信息，包括SRA数据集ID，组织来源和肿瘤类型，所属的研究项目，参考文献信息，对应的外泌体分离方法，以及miRNA表达谱，Isoform mapping download可下载该数据集miRNA序列信息。
4、检索功能：Search
点击Search进入详情页面，可以输入miRNA ID，点击Search直接检索，结果可进入miRNA详情页面，内容基本同前。
或者设置miRNA表达量范围，并选择样本来源，点击Search精确检索，以检索肾组织中表达量在10以上的miRNA为例，结果如下。
文献单图复现
检索引用EVmiRNA数据库的全部31篇文献，逐一浏览全文后未发现外泌体研究相关文献，找到一篇可复现的应用该数据库预测miRNA靶基因的文献如下。
文献案例：PMID: 32945462，IF=3.417分
本文前文已证实lncRNA PCNAP1与miR-340-5p存在靶向关系，在Figure5A中展示通过TargetScan、EV-miRNA和miRTarBase数据库预测到的miR-340-5p靶基因Venn图，其中包括SOX4，lncRNA PCNAP1与SOX4通过miR-340-5p构成ceRNA关系。
单图复现如下：
进入EVmiRNA主页，点击miRNA，输入miR-340-5p，点击检索结果进入详情页面。
页面下拉，或点击左侧导航栏，至Target结果，点击右上角Download下载miR-340-5p靶基因列表，共1677个。
然后分别进入TargetScan和miRTarBase数据库得到miR-340-5p靶基因列表，分别有1391个和351个，与原文有出入，应该是数据库更新所致。
然后将得到的3个靶基因列表分别输入在线Venn图绘制工具，即可得到Venn图，资料如下，PS或AI添加交集部分包含的基因百分比，即可得到本文Figure5A。（在线Venn图绘制：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/）

投我以桃，报之以李，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用EVmiRNA数据库时，别忘记引用以下参考文献哦！~

写在结尾
好啦~关于EVmiRNA数据库加餐就到这里啦~！外泌体虽香，但不要贪杯哦~接下来一两个月内都会围绕外泌体话题给大家介绍相关数据库哈~。欲知更多生信知识，我们相约“挑圈联靠”公众号~下期再见了~！
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撰文丨弘   毅
排版丨四金兄
值班 | 风间琉璃

主编丨小雪球

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