好用到极致！这个单细胞可视化数据库，我一口气复现了三篇SCI文章美图！不费劲！

CancerSEA：肿瘤细胞功能注释图集

嗨，大家好！紧张的国自然标书冲刺月眼看就要落幕了，不少小伙伴表示忙忙碌碌一整年，中与不中全在专家一念之间，简直是前脚长舒一口气，后脚又提起一颗忐忑不安的心。尤其是肿瘤口的小伙伴，往年都是血流成河惨不忍睹，千军万马争过独木桥哇！弘毅在这里默默为大家拜求顿爷坦叔金哥等各路大神保佑，嘿嘿~！而没有发挥好的小伙伴也不用太过纠结啦，不妨开始好好准备一下明年的标书呢。新的一周给大家带来单细胞测序数据库第五趴，CancerSEA数据库，一款肿瘤单细胞功能数据库，带你一起领略肿瘤研究上分新姿势哦~！

数据库概览

CancerSEA数据库，由哈尔滨医科大学肖云教授团队开发，于2019年发表在Nucleic Acids Research杂志，旨在描绘肿瘤细胞在单细胞水平不同功能表型图集。进入数据库主页（http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/），可见该数据库目前收录25种肿瘤的41900个单细胞功能注释信息，包括干性、侵袭、转移、增殖、凋亡、分化、EMT和血管生成，以及DNA损伤/修复、缺氧、炎症等14个来自HCMDB、Cyclebase和StemMapper等数据库的功能表型，涉及来自SRA、GEO和ArrayExpress数据库的72个单细胞测序数据集中280个细胞分组，其中有18895条编码基因（Protein coding genes, PCGs）数据和15571条非编码lncRNAs数据。

点击Statistic，可见该数据库整体上数据概览，分别按照肿瘤类型对质控前后的数据进行统计，以饼图和柱状图展示，可以点击下方的图注来添加或删除感兴趣的肿瘤名称，来对饼图个性化设置。

点击Help，展示数据库基本信息和各个功能板块的详细使用指南，小伙伴们在遇到困难时可以点开学习哦~！

数据库功能及操作演示

浏览功能：Browse

点击Browse进入数据浏览页面，首先映入眼帘的是CancerSEA所收录的来自72个单细胞测序数据集概览，可以点击任意一个查看详情，或在左侧栏点击感兴趣的肿瘤类型查看详情。

侧边栏点击Astrocytoma，可见星形胶质细胞瘤相关单细胞测序数据集有1个，点击Breast cancer，显示乳腺癌相关单细胞测序数据集有8个，在右侧分别展示各个数据集在14个细胞功能表型的聚类热图。

点击Venteicher AS. Science. 2017 (Brain)，Detailed description显示，该文章于2017年发表在Science杂志，GSE89567，研究IDH突变型星形细胞瘤中基因表达多样性问题，研究蛋白编码基因。

页面下拉，Functional state profile部分展，通过示基因组变异分析（Gene Set Variation Analysis，GSVA）进行14种功能表型的聚类分析热图，行表示功能表型，列表示不同样本和分组，颜色表示GSVA评分。

然后，Cell distribution部分为基于T-SNE和PCA分析结果，不同颜色表示分层聚集的细胞和分组，鼠标悬浮可查看详情，右上角可下载图片。

接下来，热图展示显著差异表达的PCGs/lncRANs，行表示PCGs/lncRNAs分子，列表示分层聚集的细胞和分组。

最后，Inferred copy number variants of cells部分展示基因拷贝数变异（CNV）聚类热图，列为按基因组位置排序的PCGs(1-22和X)，行代表分层聚集的细胞和分组。

检索功能：Search

该数据库有2检索方法，第一种方法，进入首页，点击图片或右侧Functional states栏中14种细胞功能表型，查看该功能表型下对应的所有肿瘤中差异表达的PCGs/lncRNAs信息，以Metastasis为例，点击进入详情页面。

检索结果中以BRCA为例，点击进入，可见研究乳腺癌细胞转移相关的单细胞测序数据集有4个。

页面下拉，分别是乳腺癌中与细胞转移相关的差异表达PCGs/lncRNAs分子列表、以及GO/KEGG功能聚类结果，左上角可下载CSV格式文件，右上角可检索感兴趣条目，

差异表达PCGs/lncRNAs分子列表中展示Ensemble ID和Gene symbol，以及对应的数据集数目，与乳腺癌转移相关性，点击More Details可查看详情，以S100A10为例，点击进入首先可见该基因基本描述。

页面下拉，展示该基因在多种肿瘤中与14中细胞功能表型相关性热图，柱子表示显著相关的数据集，散点表示相关性系数，可下载表格文件。点击BRCA查看该基因在乳腺癌中的细胞功能表型相关性信息。

或者在下方Functional relevance处选择BRCA，以2016年Cell Reports这篇为例，点击“+”，下拉框显示与S100A10基因表达显著相关的细胞功能表型，提供所有样本整体相关性和P值，以及某个样本基因表达值、相关性散点图、相关系数和P值。

接下来，展示4个数据集中S100A10表达情况，以EXP0052为例，左侧是该基因相对管家基因表达丰度，右侧展示每个单细胞样本t-SNE分析情况，点的颜色代表S100A10表达水平。

最后，Functional relevance in different cell groups部分展示上述数据集的4个分组中与S100A10基因表达显著相关的细胞功能表型，提供所有样本整体相关性系数和P值，以及某个样本基因表达值、相关性散点图、相关系数和P值。

第二种检索方式，点击Search进入高级检索页面，可根据基因名检索，输入Ensemble ID或Gene symbol，可根据肿瘤类型和细胞功能表型进行检索，分别以S100A10基因，或Breast Metastasis为例，点击Search，结果同前述。

该模块还可以上传或输入基因列表，或选择GO/KEGG基因列表进行检索，以Cancer Pathway From KEGG/Reactome目录下Apoptosis为例，点击Submit得到检索结果。

结果页面首先展示该通路包含的在CancerSEA有注释的基因列表，共141个，点击每个基因ID可进入详情页面，以ENSG00000117020为例，点击可见该基因基本描述，在不同肿瘤中的表达情况，其他结果同前述S100A10基因。

下载功能 Download

点击Download进入数据下载页面，包含每个单细胞数据集的功能表型配置文件和PCG/lncRNA表达谱文件。

文献应用案例

文献案例一：PMID: 33609219，IF=2.834分

本文探讨黑色素瘤中LINC01550表达与肿瘤细胞增殖和侵袭的调控关系，本文借助LINC01550与临床相关性和CancerSEA数据库中LINC01550与表型相关性结果来充实主变量和疾病关系，思路值得借鉴。在文中Figure1G图展示CancerSEA中LINC01550表达谱，Figure2E展示CancerSEA中LINC01550表达与增殖、迁移两个功能表型之间的相关性。

单图复现如下：

进入CancerSEA数据库，点击Search进入检索页面，检索框输入LINC01550，点击Search，进入结果页面。

在Relevance of LINC01550 across 14 functional states in distinct cancers栏选择黑色素瘤MEL，点击后，下拉查看Functional relevance in distinct cell groups栏，右侧t-SNE结果即本文Figure1E。

页面下拉，Functional relevance in different cell groups栏显示黑色素瘤中LINC01550表达与细胞功能表型相关性，此处3个分组结果均与原文不同，或是数据库更新结果。

文献案例二：PMID: 33632211，IF=4.175分

本文探讨非小细胞肺癌中SLC7A7与免疫浸润相关性，前期基于Oncomine数据库做表达差异分析和GO/KEGG富集分析，并基于PrognoScan数据库做预后生存分析，为进一步探讨SLC7A7介导肿瘤细胞表型的机制问题，在CancerSEA数据库进行探索。本文Figure4展示CancerSEA中SLC7A7在不同肿瘤中与细胞功能表型相关性。