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CancerMIRNome

人类肿瘤相关miRNA与靶基因交互信息、

临床相关性及可视化分析数据库

嗨，小伙伴们大家好啊！新的一周我们继续Nucleic Acids Research（NAR）杂志数据库追新。说起miRNA想必大家都很熟悉了，miRNA在肿瘤疾病中作用的相关研究也是浩如烟海，尤其是血液循环miRNA作为非侵袭性肿瘤早期诊断及预后biomarkers方面具有极大潜力。这周给大家带来的是CancerMIRNome数据库，一款人类肿瘤相关miRNA与靶基因交互信息、临床相关性及可视化分析数据库，一起来看看吧~！

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▌数据库概览

CancerMIRNome数据库（http://bioinfo.jialab-ucr.org/CancerMIRNome/）于2021年9月发布在Nucleic Acids Research杂志，基于TCGA数据库中33种人类肿瘤的10554个样本miRNA表达谱及GEO和ArrayExpress数据库32种肿瘤的28633个样本的40个循环miRNA表达谱数据集，用于对目标miRNA泛癌分析及感兴趣肿瘤miRNome谱的综合分析，包括表达差异分析、ROC分析、生存分析、miRNA与靶基因相关分析及功能富集等，以探索人类肿瘤诊断和预后相关boimarkers及特征。

菜单栏点击Tutorial，展示数据库介绍及各个功能板块使用说明。

▌数据库核心功能及操作演示

Query功能

Query模块用于探索感兴趣miRNA在肿瘤中的表达模式、诊断及预后信息。在检索框输入accession number或miRNA ID，以has-let-7a-5p为例，展示目标miRNA序列信息，提供miRNA靶基因数据库ENCORI、miRDB、miTarBase、TargetScan和Diana-TarBase链接。

TCGA Pan-Cancer部分为has-let-7a-5p泛癌分析结果，miRNA Expression为不同肿瘤中表达情况，随后分别是ROC Analysis、K-M生存分析结果，森林图提供AUC、HR及95%置信区间等信息，右下角可下载表格或图片。

TCGA Project部分选择感兴趣的肿瘤类型，基于TCGA中miRNA表达谱进行上述表达差异分析、ROC及生存分析。

miRNA-Target Correlation部分提供某肿瘤中感兴趣miRNA与靶基因之间的相关性分析结果，表格提供靶基因Gene Symbol、相关性系数、P值及调整P值，以E2F1为例，点击感兴趣的靶基因展示可视化结果。

Functional Enrichment部分为上述靶基因功能富集分析结果。

Circulating miRNA Expression部分展示感兴趣数据集的血液循环miRNA在不同肿瘤中表达情况。

TCGA miRNome

TCGA miRNome板块用于TCGA miRNome数据集综合分析。表格中选择感兴趣的肿瘤，以TCGA-BRCA为例，该数据集有1182个正常组织样本，1087个肿瘤组织样本和104个肿瘤癌旁组织样本。

页面下拉，Summary部分展示数据集概览，提供样本类型、病理分期、临床分期、年龄及生存情况等信息。Highly Expressed miRNAs部分展示表达水平Top50的miRNAs。

Differential miRNA部分支持以不同临床特征分组进行表达差异分析，以年龄为例，差异分析参数默认，点击Submit，结果以火山图和表格形式展示。

ROC Analysis部分为前述表达水平Top的miRNA ROC分析结果，提供AUC、P值及95%置信区间。

Feature Selection部分展示LASSO回归分析结果，帮助筛选特征性miRNAs作为肿瘤的诊断及预后biomarkers

PCA部分展示前述表达水平Top的miRNA PCA分析，提供2D和3D PCA分析可视化结果。

Survival Analysis部分提供生存分析结果，可以选择普通生存分析、基于前述LASSO诊断模型的生存分析及自定义生存分析。

Circulating miRNome

Circulating miRNome板块与TCGA miRNome板块功能类似，针对血液循环miRNA进行表达差异分析、ROC分析、LASSO回归分析及PAC分析，基本与前述类似，不再赘述。

最后Download部分提供TCGA miRNome、Circulating miRNome、TCGA样本信息及miRNA注释信息等数据下载。

总结

目前CancerMIRNome数据库收录33种人类肿瘤miRNA表达谱及32种肿瘤循环miRNA表达谱数据集，用于对目标miRNA进行表达差异分析、ROC分析、生存分析、与靶基因相关性及功能富集分析等，在探索人类肿瘤诊断和预后相关miRNA boimarkers及特征方面提供极大便利。

以上就是CancerMIRNome数据库全部内容，暂无引用文献，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！

Li R, Qu H, Wang S, Chater JM, Wang X, Cui Y, Yu L, Zhou R, Jia Q, Traband R, Wang M, Xie W, Yuan D, Zhu J, Zhong WD, Jia Z. CancerMIRNome: an interactive analysis and visualization database for miRNome profiles of human cancer. Nucleic Acids Res. 2021 Sep 9:gkab784. doi: 10.1093/nar/gkab784. Epub ahead of print. PMID: 34500460..