巨好用！想研究铁死亡，这个数据库你不得不借鉴！
FerrDB数据库
铁死亡调控相关基因、药物及交互网络信息数据库
嗨，小伙伴们大家好啊！新的一周给大家介绍一款铁死亡表型数据库。铁死亡的概念最早可以追溯到10年前，是指不受限制的脂质过氧化和随后的质膜破裂引起的铁依赖性细胞程序性死亡方式。目前铁死亡相关研究如火如荼并取得极大进展，2021年发表在Nature reviews clinical oncology杂志的重磅综述《Broadening horizons: the role of ferroptosis in cancer》，系统回顾了铁死亡在肿瘤疾病发生、发展中的机制及调控关系（图1），截止当前引用近100次。第一个铁死亡相关数据库FerrDB于2020年发布，提供铁死亡调控相关基因、药物及其交互网络信息，大家一起来看看吧~！
图1 铁死亡调控相关分子机制（Chen X, et al. Nat Rev Clin Oncol. 2021.）
▌期刊信息
▌数据库概览
FerrDB数据库（http://www.zhounan.org/ferrdb）于2020年1月份发布，目前更新至2021年2.0版本，数据库发布时整合Pubmed中784篇铁死亡相关研究文献数据，提供253个铁死亡调节因子、111个铁死亡标志基因和95个铁死亡相关疾病信息，其中铁死亡调节因子包含108个铁死亡驱动基因和69个铁死亡抑制基因，以及35个铁死亡诱导剂和41个铁死亡抑制剂，截止当前版本上述数据仍在不断更新。FerrDB数据库界面友好，每6个月更新一次，为研究人员深入了解铁死亡及铁死亡调控相关基因、药物和铁死亡标志物及相关疾病信息提供极大方便。
FerrDB数据库将上述铁死亡相关调节因子、标志物和疾病相关注释信息分为4个证据级别：Validated，基于实验验证结果；Screened，基于高通量数据筛选结果；Predicted，缺乏严格实验设计验证的文献报道结果；Deduced，基于文献报道合理推测结果。
菜单栏Help部分为数据库介绍及使用指南，大家可以随时查阅。
▌数据库核心功能及操作演示
Browse模块
Browse模块提供铁死亡调控相关基因、药物和铁死亡标志基因及相关疾病信息的查阅功能，菜单栏或主页下方点击目标分子类型进入子模块。
以Driver为例，表格展示186个铁死亡驱动基因Gene symbol、基因名、HGNC ID及评分信息。以ACSL4为例，点击后查看详情。
结果Description部分是ACSL4基因基本信息。Study/Experiment部分展示ACSL4调节铁死亡具体机制的文献信息，提供证据来源、物种、调控关系、证据级别和PMID等。点击View查看上、下游调控关系。Targeting drug部分提供靶向该基因的药物。
Suppressor部分的铁死亡抑制基因信息与Driver部分类似，以GPX4为例，GPX4抑制脂类活性氧进而抑制铁死亡。
接下来是Marker子模块，提供113个铁死亡标志基因信息，基本内容同前，不再赘述。
然后Inducer和Inhibitor子模块，分别提供铁死亡表型的159个诱导剂和120个抑制剂信息，提供PubChem CID和参考文献。
最后，Disease部分展示铁死亡相关疾病信息，提供参考文献PMID。
Utilities模块
Utilities模块提供铁死亡调节因子的调控网络、功能富集等分析。以Regulation network为例，选择Driver或Suppressor，绘制调控网络；左上方可选择感兴趣基因；点击图中某基因可展示包含该基因在内的调控子网络。
Enrichment analysis部分，加载示例数据，Identifier type选择基因名类型，Enrichment category选择富集分析方法，点击Analyze，结果展示目标基因列表与铁死亡诱导基因、抑制基因及标志基因的富集情况，表格提供富集分析显著性结果。
Multirole regulator部分展示基因多功能调节情况，以ATF4为例，图中展示该基因即是铁死亡驱动基因，也是铁死亡抑制基因和Marker基因。返回主页，检索ATF4，进一步查看该信息。
Download与Submit模块
Download部分提供铁死亡调节因子、标志基因及相关疾病信息下载。Submit部分用于上传个人铁死亡相关研究数据。
▌文献案例
截止目前，FerrDB数据库引用93次。以下提供三篇经典文献供大家学习。
总结
FerrDB数据库界面友好，每6个月更新一次，为研究人员深入了解铁死亡及铁死亡调控相关基因、药物和铁死亡标志物及相关疾病提供极大方便。
以上就是FerrDB数据库全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！
Zhou N, Bao J. FerrDb: a manually curated resource for regulators and markers of ferroptosis and ferroptosis-disease associations. Database (Oxford). 2020 Jan 1;2020:baaa021. doi: 10.1093/database/baaa021. PMID: 32219413; PMCID: PMC7100629.
往期传送门
小白实战课堂开课啦！手把手教你转录因子与靶基因预测操作～！
引药生变数据库系列传送门（完结）
甲基化数据库系列传送门（完结）
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END—
撰文丨弘 毅
排版丨四金兄
主编丨小雪球
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关键词
数据
为例
基因
这个数据库
结果
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