单细胞标志物一键式查询，CellMarker带你体验轻松科研新姿势！

细胞标记信息数据库CellMarker，单细胞亚群注释好帮手！

嗨，小伙伴们大家好！仿佛也是感受到国自然标书冲刺月的紧张气氛，近日来晴雨交替气温起伏，大家忙碌之余可一定要照顾好身体哦~！新的一周给大家带来单细胞测序数据库第四趴，CellMarker数据库，一款细胞标记信息数据库，单细胞亚群注释好帮手，一起来康康吧~！

数据库概览

进入CellMarker主页（http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/），首先映入眼帘的是数据库人/鼠全局视图，包括人的158种组织类型、467种细胞类型和129种肿瘤类型，鼠的81种组织类型、389种细胞类型和28种肿瘤类型，人的总计2868个基因集的13605个细胞标记数据信息，鼠的总计1256个基因集的9148个细胞标记数据信息。在图中或者侧边栏列表中各个组织、细胞和肿瘤类型名称，可以直接点击感兴趣的条目进入详情页面浏览数据。在右上角还有快速检索功能。

页面下拉，可见该数据详细介绍。CellMarker由哈尔滨医科大学团队于2019年1月发表在Nucleic Acids Research杂志，综合超过100,000篇已发表的论文中4,124个细胞标志物信息，用于浏览、搜索和下载。用户还可以上传个人数据。

数据库功能及操作演示

浏览功能：Browse

点击Browse进入数据浏览页面，首先是人/鼠中细胞标志数据统计结果，左侧栏可根据人/鼠种属浏览，或根据细胞类型浏览，或浏览单细胞测序结果来源的数据。

以Human目录下Brain来源的Neuron为例，点击，右侧显示详细信息。首先，Statistical部分是该细胞标志物数据的统计结果，根据支持该信息的证据条目数绘制词云图展示，字体靠近中间的越大的条目证据支持越多，可以下载列表，或检索感兴趣的细胞标志物。

Result分别是不同证据来源的细胞标志物数据，包括单细胞测序数据（Single-cell sequencing），实验数据（Experiment），综述文章（Review）和公司（Company）。每个条目显示种属、组织类型、细胞类型、肿瘤、细胞标志物及其数据来源和证据支持，点击最后的more details查看更多信息。

检索功能：Search

该数据库有2检索方法

（1）快速检索，即点击Home进入首页，在全局图上点击感兴趣物种的组织、细胞或肿瘤类型，或右上角Quick Search处输入关键词进行检索；

（2）精确检索，击Search按钮进入数据检索页面，有Cell Search module和Marker module两种检索模式。

前者可选择物种、组织类型和细胞类型进行检索，获得特定类型组织/细胞的全部marker信息，勾选Cancer查询与肿瘤相关的细胞标记；后者可选择物种和特定细胞标记进行检索，细胞标记可输入Gene symbol、Entrez gene ID或Uniprot ID，获得该细胞标记在不同组织/细胞中分布情况。

Cell Search module检索模式，点击Demo，以检索人类血液组织中B细胞标志为例，点击Submit得到检索结果，可见血液B细胞标志物中CD19和CD27证据支持最多，Result部分显示4个不同数据来源，与前文类似。

Marker module e检索模式，点击示例目录下CD133，以检索CD133在人类不同组织/细胞中分布情况，点击Submit得到检索结果，散点图纵轴表示不同组织类型，横轴表示不同细胞类型，Result部分与前文类似。

下载和上传

点击Download可下载数据库Cell marker文件，与已有的差异表达基因列表进行比对即可获得注释信息。点击Submit可上传单细胞标志物相关数据，审核通过后将在数据库下次更新时显示。

以上就是CellMarker数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下参考文献！

Zhang X, Lan Y, Xu J, Quan F, Zhao E, Deng C, Luo T, Xu L, Liao G, Yan M, Ping Y, Li F, Shi A, Bai J, Zhao T, Li X, Xiao Y. CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D721-D728. doi: 10.1093/nar/gky900. PMID: 30289549; PMCID: PMC6323899.

好啦~！本文关于CellMarker数据库介绍为单细胞测序分析无代码第四趴，就暂到这里啦~！欲知更多生信知识，我们相约“挑圈联靠”公众号~下期再见了~！

奋战国自然实为不易，春光大好，非弘毅区区文字可以穷尽其妙，故拙作一首，以飨诸君。

写在结尾

午间小雨即景

清风微雨天，林木带寒烟。

香远未能尽，絮飞去犹还。

遥知花意浓，暗忖柳偷眠。

言妙思诗语，穷才怯笔难。

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