一文学会LncRNADisease database数据库使用方法
嗨，小伙伴们大家好！这里是每周一弘毅专栏，我志向用小小文字助力你的SCI发表之路。上次有小伙伴说临床医生做lncRNA好难找idea啊，大家囊中羞涩又做不起非编码RNA转录组测序，那该怎么办呢？！莫急莫慌，这期给大家带来的是LncRNADisease database数据库，专注于lncRNA与疾病相关性的信息查询和预测功能，好东西不容错过呦~！
LncRNADisese database
数据库概览
进入LncRNADisease database主页（http://www.cuilab.cn/），该数据库收录来自实验结果支持的lncRNA与disease关联数据，以及蛋白、mRNA、miRNA和DNA等不同分子类型与lncRNA相互作用研究结果，包括结合、调控和共表达关系，所有数据均可供浏览或下载。
当前版本总共集成近3000个lncRNA分子与disease关联数据条目，475个lncRNA交互条目。除外信息查询功能，该数据库还可以基于一个新的lncRNA基因组背景来预测其可能的相关疾病，建立新的lncRNA与disease关联性，目前提供1564个人类lncRNAs对疾病的预测结果。
主页History提供既往数据库更新信息，目前最新版本为2019年1月份更新的LncRNADisease 2.0版本，在Links处点击链接进入，2.0版新增实验结果支持的circRNA与疾病关联数据，提供ncRNA、mRNA和miRNA之间调控关系数据，并为每个lncRNA与疾病关联条目提供置信评分。
该版本目前涵盖19166个LncRNAs和823个circRNAs与529种疾病之间，总计205959个LncRNA-disease关联条目和1004个circRNA-disease关联条目以及2297个LncRNA和198个circRNA病因学条目，物种包括人、大鼠、小鼠和鸡等。
点击Browse，预览该数据库收录的lncRNA信息和疾病信息：左侧栏lncRNA条目下任选一个点击进入，第一个表格提供该lncRNA详细信息，包括名称，染色体位置，基因组起止位点，DNA链，别名，Genbank链接，以及Gene序列和RNA序列信息。
第二个表格展示与该lncRNA相关疾病、功能描述和对应的文献PMID号。左侧栏Disease条目下任选一个点击进入，表格展示该疾病相关的lncRNA信息，内容基本同前。
点击Search，可以通过lncRNA或疾病名称检索。
点击Interaction，可浏览lncRNA互作关系，左侧栏下拉菜单任选一个条目点击进入，可以看到该lncRNA详细信息，与之交互的分子名称、交互水平、交互类型、功能描述和相关文献链接。
点击Predict，可输入lncRNA名称、染色体、DNA序列起止位置等基因背景信息进行检索，预测可能与之相关的疾病。
点击Submit，可输入lncRNA不同条目信息，将个人实验研究数据提交到LncRNADisease数据库。
点击Download可见该数据库2015年和2017年版本的各种数据源，感兴趣的小伙伴可以下载自行分析。
点击Help，展示该数据库使用教程，小伙伴们使用过程中遇到不会操作的问题也不要忘记了这个小贴士哦~！
LncRNADisease功能及操作演示
一、信息查询功能
该功能以最新版LncRNADisease v2.0为例进行功能演示。
1、Browse数据概览
点击Browse，进入数据概览界面，左侧栏进行设置，Category选择lncRNA或CircRNA，Method选择基于实验结果或预测结果，Species选择物种，Causality选择病因学关联，然后点击Submit提交得到筛选结果，可下载该结果。
选择任一条目点击Detail查看详情，可见该条目Database ID为LDA0000001，Specie（物种信息）为人类，Confidence Score（置信评分）为0.5438，Contents目录下有多个数据栏，Causality（病因学）状态为未知。

点击ncRNA Information进入ncRNA基本信息栏，如下图所示，与旧版信息条目类似。
点击Regulatory Relationship进入ncRNA调控关系栏，可见与该ncRNA存在互作关系的4个mRNA和0个miRNA，并以网络图展示。
点击ncRNA Association Statistics进入ncRNA疾病关联栏，与该ncRNA存在关联的疾病有19种，可点击More Information查看具体并下载数据，并以网络图展示。
Disease Information显示该ncRNA主要关联疾病信息，Disease Ontology ID/MeSH条目下为新版增加的医学主题词MeSH信息。
Disease Association Statistics展示上述疾病关联的其他ncRNA信息，与该疾病存在关联的ncRNA有3436个，可点击More Information查看具体并下载数据，并以网络图展示，红色表示Causality（病因学）状态为Yes的条目，点击More Information亦可查看并下载该条目详细信息，置信评分为0.9526，表示lncRNA LDA0000537，即CASC2c可以作为astrocytoma独立的病因学因素。
页面再下来，分别是Evidence Support和参考文献信息。
说明：关于Confidence Score（置信评分）

（i）实验支持的证据比计算预测的证据对置信度得分的贡献更大；
（ii）高质量实验证据比低质量实验证据更可靠；
（iii）有更多证据支持的条目比只有一项证据支持的条目有更高的置信度。因此，置信度得分取决于证据类型和证据资源的数量。
2、Search数据检索
点击Search，进入数据检索界面，提供lnRNA Symbol，circRNA Symbol和Disease Name三种方式的关键词检索。Advanced Filter可以使用不同组合检索词筛选感兴趣的结果，包括ncRNA类别、检测方法、物种、实验方法和置信度评分。检索结果展示形式同Browse页面。
二、疾病关联预测
该功能以旧版为例进行功能演示。点击Predict，输入要预测的lncRNA名称和基因组信息，包括染色体、DNA序列起止位置，如AATBC，位于21号染色体上，“-”链区域，[43895758, 43812567]序列，点击Click to Predict返回预测结果，表格提供lncRNA基因组信息、相邻基因和预测疾病的信息。
文献单图复现
文献案例：PMID: 32850792，IF=5.201分
本文Figure 4.作者在LncRNADisease数据库中查询到41种癌症相关的lncRNA数目，选择有20种以上lncRNA关联的肿瘤做进一步研究。
单图复现如下：
进入LncRNADisease v2.0主页，点击Search进入数据检索界面，检索框下拉菜单选择Disease Name，输入cancer，点击Submit返回检索结果，页面右下角下载结果列表。
Excel打开检索结果文件，点击删除重复项，勾选Disease_Name，点击确定返回42个结果，有一个Disease_Name条目为Cancer，剔除，剩下41种肿瘤类型，复制Disease_Name列粘贴进Graphpad Prism。
Ctrl+Z撤销删除重复值操作，进入数据筛选功能，Detection_Method列剔除Predicted条目，返回1772条信息。
继续筛选，Disease Name列勾选第一个疾病brain Cancer，点击确定，结果返回3条记录，说明与brain Cance存在明确关联的lncRNA有3个。
同理得到与其他40种肿瘤有关联的lncRNA数目，全部填入Graphpad Prism，绘制柱状图如下，可以有多种表现形式。

投我以桃，报之以李，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用LncRNADisease时，别忘记引用以下参考文献哦！~

—END—
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