研究药物的有福了！这个网药数据库还有这么强大的分析功能！堪称神器！

symMap：“中草药-中医证候-西医症状-基因-疾病”网络关系数据库

嗨，小伙伴们大家好！上回说到中草药及配方天然就是一种组合式的药物治疗策略，并给大家介绍了TCMID数据库，探索中草药、基因与疾病关系的好帮手。新的一周我们继续聚焦引药生变的话题，给大家带来另外一款强大的“中草药-中医证候-西医症状-基因-疾病”网络关系数据库symMap，一起来康康吧~！

引药生变系列传送门

厉害了！疾病和药物基因哪里找？这个数据库是你的课题思路之源！也太太太太太太实用了吧！

一站式搞定中药数据挖掘，生信分析里的万金油！靶点，基因，机制，疾病都有了！

药物和基因搞对象的全流程，全靠这个数据库？高分SCI的套路，1分钟搞定！

这次不挑疾病，真的！！！

夸到词穷！网药研究一条龙分析都有了！简单又实用!

▌数据库概览

点击网址（https://www.symmap.org/）进入symMap数据库主页。该数据库于2019年发表在Nucleic Acids Res杂志，整合中国传统医学（traditional Chinese medicine，TCM）与现代医学（modern medicine，MM）的药物治疗及其分子机制数据，目前收录499种中草药的19,595种化合物成份、1,717种TCM症候和961种MM症状，以及4302个靶基因和5235个疾病，之间关联性信息，展示中草药、TCM症候、MM症状、化合物成份、靶基因和疾病6大数据类型之间的网络交互关系。symMap数据库提供数据浏览、检索和下载3大功能板块，点击Help可查看数据库使用说明。

▌数据库核心功能及操作演示

数据浏览：Browse

点击Browse进入数据浏览页面，Display下拉菜单选择拟浏览的数据类型，分别是Herb（中草药）、TCM症候、MM症状、Ingredient（化合物成份）、Target（靶基因）和Disease（疾病）数据。各个数据类型下提供的信息类似，以下以浏览Herb数据为例。

点击Herb进入中草药数据浏览页面，以艾叶为例，艾叶属于温经止血药，点击Herb ID列SMHB0002查看详情。

首先展示艾叶基本信息，如中英文名称、药性、归经、有效部位和功能，并提供TCMID和TCMSP数据库链接。

页面下拉，展示数据库中6大数据类型之间网络关系，鼠标悬浮图中某节点可查看具体信息。

页面继续下拉，展示与艾叶相关的TCM症候、MM症状、化合物成分、靶基因和疾病信息。在化合物成份目录下，提供该药物口服生物利用度（Oral bioavailability，OB）、PubChem和CAS ID；在靶基因目录下，提供相关性P值和基因组信息；在疾病目录下，提供相关性P值。以上数据，均可点击右上角Download下载。

信息检索：Search

点击Search进入信息检索页面，可分别以6大数据类型为关键词进行检索，在每个栏目下Search items处有小提示。比如，中草药查询可以用中草药名称、汉语拼音或英文名称检索；MM症状查询可以用症状名称、UMLS ID或别名；化合物成分查询可以使用名称或CAS ID；靶基因查询接受基因名称、Gene symbol和Ensemble ID等。

以检索TCM症候为例，输入检索词“咳喘”，回车后下方出现检索结果，点击TCM symptom ID查看详情。

结果与前文数据浏览页面类似，首先展示咳喘基本信息；接下来是咳喘相关MM症状、中草药、化合物成分、靶基因和疾病网络关系图和表格数据。

再以检索中草药“青蒿”为例，输入检索词“青蒿”，回车后下方出现检索结果，点击Herb ID查看详情，内容基本同前。

数据下载：Download

点击Download进入下载页面，提供SymMap中所有6大类型数据免费下载，页面下拉查看每个数据模块各种术语介绍。

▌文献应用案例

文献案例一：PMID: 32733242，IF=4.229分

本文拟探讨参松养心（SSYX）胶囊对代谢综合征（MetS）诱导的室性心律失常（VA）作用及机制。前期细胞和动物实验证实，SSYX可调节心肌细胞电生理特征（有效不应期,ERP和动作电位持续时间,APD）进而改善MetS诱导的VA，并可调控心脏纤维化进程。随后基于Gencards数据库中VA相关基因与SymMap数据库中SSYX相关靶基因取交集获得48个共有基因，结合PPI网络分析、GO/KEGG富集分析得知TLR信号通路在上述过程中扮演重要角色，进而实验证实TLR4/MyD88/CaMKII信号在SSYX改善MetS诱导的电生理重构中的作用。本文Figure9A展示上述两个基因集Venn图，Figure9B，展示上述两个基因集共有基因PPI网络图，以下分析Figure9A，感兴趣的小伙伴可以尝试一下复现Figure9B哈~！

作者在方法学部分的交代，SSYX在symMap数据库中的靶基因检索结果以p＜0.05为筛选条件。SSYX包含12种中药材（人参、麦冬、山茱萸、丹参、酸枣仁（炒）、桑寄生、赤芍、土鳖虫、甘松、黄连、南五味子和龙骨），需逐个检索其相关靶基因，取交集作为SSYX靶基因。以人参为例。

进入symMap主页，点击Search进入信息检索页面，选择Herb，检索框输入“人参”后回车，点击Herb ID查看详情。

页面下拉，在相关性列表中，Display选择Target，Select选择P-value＜0.05，右上角可下载该结果。

文献案例二：PMID: 30967782，IF=4.227分

本文拟探讨七叶皂苷（Escin）联合低剂量地塞米松（Dex）抗类风湿关节炎（RA）的作用及其潜在机制。关于本文思路：作者基于SymMap数据库构建Escin相关性网络以预测其有效的潜在疾病，结果中TCM症候和MM症状均出现肌肉无力症状，提示Escin治疗RA相关肌无力的潜在价值。上述结果展示在本文Figure1。

进入symMap主页，点击Search进入信息检索页面，选择Ingredient，检索框输入“Escin”后回车，点击Ingredient ID查看详情。

页面下拉至SymMap network，即可下载图片，作为原文Figure1A；在Layout下拉菜单选择Concentric，即可下载图片，作为原文Figure1B。

另外提供两篇使用该数据的文献（PMID：33912052；32360484），感兴趣的小伙伴们可以复现symMap数据库相关的部分结果哦！

以上就是symMap数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下参考文献！

Wu Y, Zhang F, Yang K, et al. SymMap: an integrative database of traditional Chinese medicine enhanced by symptom mapping. Nucleic Acids Res. 2019;47(D1):D1110-D1117. doi:10.1093/nar/gky1021