今年被问最多的生信数据库！简单实用，国自然派的上用场！

AnimalTFBD数据库

动物转录因子及转录辅因子综合信息数据库

嗨，小伙伴们大家好啊！新的一周我们继续Nucleic Acids Research（NAR）杂志数据库话题，不过不是追新，这周给大家介绍一款经典转录因子信息数据库AnimalTFBD，自2012年发布以来，至今更新至3.0版本，累计引用文献近500篇，那么AnimalTFBD数据库经典在哪里呢？一起来看看吧~！

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▌数据库概览

AnimalTFDB数据库（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/#!/）收录经鉴定、分类和注释的97个物种全基因组水平125135个TF基因和80060个转录辅因子基因注释和预测数据，支持Famliy、Species或自定义的数据检索方式，提供2个在线预测工具Predict TF和Predict TFBS（分别用于批量预测转录因子和预测DNA序列转录因子结合位点），以及Blast工具和数据下载功能。因为人类转录因子使用的广泛需求，在3.0版页面中单独设计了一个人类TF数据库网络界面HumanTFDB（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/HumanTFDB#!/）。数据库目前更新至3.0版本，收录的信息相当齐全，涵盖了97个物种的12万转录因子、8万转录辅因子，以及家族信息、表达模式、信号通路、表型和蛋白互作等信息。

菜单栏点击Documents，展示各个功能板块及内容介绍，还有部分数据库功能使用操作指南。

▌数据库核心功能及操作演示

Browse功能 TF family、TF species

菜单栏点击family或首页点击快捷方式TF family，以转录因子及转录辅因子家族进行数据浏览。

菜单栏点击species或首页点击快捷方式TF species，以不同物种进行转录因子及转录辅因子数据浏览。

Search功能

菜单栏点击Search进入检索页面，该模块支持以基因ID及基因名、基因注释功能类型、样本来源及组织和细胞类型进行检索。以人类RET基因为例，选定Gene Symbol，输入RET，点击Submit获得检索结果。

以物种为人类进行结果筛选，获得靶向调节RET基因表达的11个转录因子和4和转录辅因子。以RARB为例点击查看该转录因子详细信息，所属转录因子家族为THR-like，查询到的同一家族转录因子还有RARA和RARG。

点击右侧导航栏查看感兴趣的信息：点击Domain查看DNA结合结构域，提供起止位点、名称、序列长度、结构域类型及评分和显著性。点击TFBS展示转录因子结合位点序列Motif序列标识图。Expression部分还有表达谱信息。

转录因子鉴定 Predict TF

进入Predict TF功能页面，以示例蛋白FASTA格式氨基酸序列为例，填入检索框，点击Submit，鉴定结果展示在右侧，提供转录因子所属家族及Domain信息，以Domain数目最多的P78374为例，点击Show展示Domain详细信息。

转录因子及TFBS预测 Predict TFBS

进入Predict TFBS功能页面，NCBI获得人类RET基因上游2000bp FASTA格式序列粘贴进检索框，点击Submit，分析结果展示在右侧，表格提供转录因子及TFBS详细信息，可以下载。

BLAST功能

BLAST板块用于使用蛋白质或DNA序列检索转录因子及转录辅因子，帮助用户找到同源基因并探索功能尚不明确转录因子功能，界面极其简单，小伙伴们可以自行探索。

HumanTFBD数据库

菜单栏点击HumanTFBD或首页点击快捷方式HumanTFBD portral，进入人类转录因子及转录辅因子信息数据库，整个数据库功能板块与AnimalTFBD基本一致，不再赘述。

最后Download部分提供数据下载，有各个物种转录因子及转录辅因子列表，以及对应的蛋白序列信息。

▌总结

目前AnimalTFDB数据库涵盖了97个物种的12万转录因子、8万转录辅因子及其蛋白家族信息、表达模式、信号通路、表型和蛋白互作等数据，信息丰富，界面友好，操作简单，为转录因子功能研究提供极大帮助。

▌文献案例

以上就是AnimalTFDB数据库全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！

Hu H, Miao YR, Jia LH, Yu QY, Zhang Q, Guo AY. AnimalTFDB 3.0: a comprehensive resource for annotation and prediction of animal transcription factors. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D33-D38. doi: 10.1093/nar/gky822. PMID: 30204897; PMCID: PMC6323978.

Zhang HM, Liu T, Liu CJ, Song S, Zhang X, Liu W, Jia H, Xue Y, Guo AY. AnimalTFDB 2.0: a resource for expression, prediction and functional study of animal transcription factors. Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue):D76-81. doi: 10.1093/nar/gku887. Epub 2014 Sep 27. PMID: 25262351; PMCID: PMC4384004.

Zhang HM, Chen H, Liu W, Liu H, Gong J, Wang H, Guo AY. AnimalTFDB: a comprehensive animal transcription factor database. Nucleic Acids Res. 2012 Jan;40(Database issue):D144-9. doi: 10.1093/nar/gkr965. Epub 2011 Nov 12. PMID: 22080564; PMCID: PMC3245155.