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有读者留言，问到了一个常见的问题，即科学与宗教到底是什么关系。
问：科学和基督教是调和的还是对立的？
答：科学和传统的主流神学是对立的，但和泛基督教中的某些神学又是调和的，不仅调和，而且那种神学是科学方法得以确立的根据。
基督教神学，就是关于这种宗教信仰及其经典《圣经》的学问。基督教神学并非一个统一的教材和学说，而是门类繁多，诸多神学家对这种宗教信仰和《圣经》各有不同的理解和解释，因而也出现了众多教派，比如基要派、福音派、灵恩派等等，据说多达数以万种。
这种教派林立的现象，不仅仅基督教中的存在，所有宗教几乎全都存在这种现象，像佛教的禅律净密等等。
所谓传统的主流的神学，尽管也有很多教派，但都有一个共同之处，就是对超自然能力坚信不移，相信自然界中会有神迹，对自然事物做出突然的、不可思议、无法解释的改变。科学与这种神学是不能调和的。
泛基督教，是信仰的出发点没有脱离基督教和《圣经》，话语体系也沿用基督教和《圣经》中的一些词汇和概念，但是往往比传统的信仰方式走得更远，其神学更是与传统各种神学迥异，因而不被传统神学承认，甚至视为异端。自然神论就是其中之一，而科学的认识论恰恰诞生于此。
这里的自然神论主要是指具有闪米特一神教背景，并受其影响的西方唯一神教派自然神论者的观点，而不是具有多神教背景的自然神论者等的观点如泛自然神论。
自然神论是17到18世纪的英国和18世纪的法国出现的一个哲（神）学观点，主要是回应牛顿力学对传统神学世界观的冲击。这个思想认为上帝创造了宇宙和它存在的规则，在此之后上帝并不再对这个世界的发展产生影响，而让世界按照它本身的规律存在和发展下去。
传统神学认为，神有权柄和能力随时干预自然界的人和事物，因此认为自然神论的上述观点是错误的、甚至是背弃神的罪恶。
但自然神论认为。神的能力已经用祂创造的自然万物让人无可推诿，那些期待神随时再显神迹的信仰，其实是“小信”，并且自然万物的规律是神的旨意，祂岂可随意废弃自己的旨意？
因此，自然神论认为，探索自然规律就是对神的一种敬拜，而传统神学中对神迹的狂热，反倒是小信，甚至是妄图僭越神的权柄。
自然神论相信三大原则，即“上帝存在，灵魂不死，意志自由”，因为上帝存在，所以自然秩序、自然法、自然规律也存在并且稳定不变。这就是法治和科学的信念基石；因为灵魂不死和意志自由，所以道德成为可能和必然。就像陀斯妥耶夫说的那样“没有上帝，就什么都能做”。
起初神创造天地，最后末日审判，中间人用自由意志去行，这三段话对应的就是“上帝存在，灵魂不死，意志自由”。
因《政府论》而不朽的约翰·洛克就是一个著名的自然神论者。
科学和自然神论有什么关系呢？自然神论承认神是永远不可能被人类认识和理解的，《圣经》中叫“神的道高于人的道”，康德称之为“物自体”。人永远不能认识物自体，只能认识现象。如何去认识现象呢？靠冥想？靠祷告？显然靠这些是不能发现电磁感应的。
自然神论者认为，神为人创造了感官功能，即感觉，人也只能靠感觉去认识现象，逐步经历、验证、积累、归纳，才是人类认识现象的唯一可靠方法，对，这就是科学的方法。
人当然有权利用宗教活动中胡言乱语、怪力乱神，但是只要进入对自然的认识领域，就必须收起那一套，老老实实用科学方法去实践，有一分证据说一分话。自然神论者认为这正是《圣经》中“存谦卑”的真义。
历史上那些巨匠级的科学家都是基督徒，但这不足以成为传统基督徒的荣耀，因为他们都是自然神论者，包括那些美国独立先贤，也都是程度不同的自然神论者，因为自然神论不仅能导出科学，同样也能导出美式治理模式。《政府论》就是明证。
问：如果是对立的，那么，传教士在中国传科学是不是在自己打自己的嘴巴？
答：传教士接受科学，是因为科学的实践让传统神学哑口无言，迫使它不得不修正自己的神学，并逐步接受科学的观点和结论；这与自然神论给宗教信仰留下了余地有关，比如英国教会就因爱因斯坦一句“我信斯宾诺莎的上帝”而欢欣鼓舞。并且自然神论也确实是以有神论为根基的，只是删除了诸多神迹而已，他们认为那些神迹并非完全无用，耶稣虽然斥责小信，但也偶尔用神迹启示一些特别愚昧的人。类似佛学的“方便说”。
问：如果是调和的，那么有的科学家为啥要反对基督教！
答：就像愤青为了排外坚持用国产手机一样，他们不知道国产手机的运行原理没有一条是国产的，他们更不理解那些原理背后更深刻的认识论、方法论以及神学根基。
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