最新消息！某杰青协院士最新发布的Nature论文被质疑！是“集体患癌”事件后续深扒？还是纯属巧合？
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本文信息来源：弗雷赛斯、Pubpeer
根据弗雷赛斯消息，涉及集体患癌风波的某院士与某杰青不仅过往论文被扒，最新的Nature论文也被pubpeers网友质疑造假。
先前被挂的一共有8篇论文以及一个“小天才”成果。
鉴于医院方面未有任何回应，此事就渐渐沉寂了下去。在某杰青协某院士在半个月内连发两篇顶刊的情况下，解螺旋也曾解读过这篇被pubpeer网友挂了的Nature论文的科研套路。
接下来就让我们一起看看，pubpeer网友对这篇文章提出了哪些疑问：
质疑最早发生在文章发表的当月。
1楼：为什么在原始质谱数据中未发现 ALFRLTNRA肽，而且RTAHYGTGR肽也仅在一个样品 (P1) 中被发现？
2楼：这篇论文的读者应该发现了文中circRNA疫苗的合成部分是有问题的。
1. 带有短互补无间隙 DNA 夹板可使RNA环化的T4 ssRNA连接酶1的存在是没有意义的。因为T4 RNA连接酶1 是催化单链RNA或DNA进行连接的，而RNA-DNA杂交体的存在会阻断ssRNA底物的识别。
2. 环状RNA circFAM53b IVT 似乎是从碱基序列“AAAA”起始的，这与 T7 RNA 聚合酶倾向于“GG”碱基转录起始的本能相反。因为根据聚合酶携带的DNA夹板序列可知，连接点应位于夹板的中间。
基于第一点和第二点，很难理解作者是如何在体外合成circFam53b用于动物实验的。
3. 合成circRNA的数据是完全缺失的：没有凝胶分析、没有质量检查、没有IVT模板序列。这是在科研中是不专业和不可接受的。
4. 准备 1mg EB染色page纯化的circRNA用于动物实验真是令人印象深刻。作者应该提供更多的circRNA纯化细节。
3楼：这是2楼网友所说内容的示意图（图片来自中国知乎网友）
4楼的网友并没有意识到3楼在版权声明那里写的zhihu指的是中国的知乎网，他直接向知乎网友Copenhagen TouZheLe发出了希望他能提供对示意图内容进行更详尽的文字描写的请求。
这个请求确实是
5楼：体内和体外 RNA 环化策略（doi:10.1093/nar/gkv045），这篇综述提供了有关 T4 RNA 连接酶 1 用于 RNA 环化的更多详细信息。
6楼：回复2楼，根据作者标注的方向，AAAA实际上是3'端。作者将 DNA 夹板序列标注为：5'-CTACCGTGTTCTTTTACTGTC-3'。
但由于circFAM53B是FAM53B基因的某一个外显子的循环。我实际上找到了这个外显子的序列：5'-
aaaatgacagatggcgagacctggacaggaaatgccctcttcagattgaccaaccgagcaccagcatctgggaatgcctgcctgaaaaggacagctcactatggcaccgggaggcagtgaccgcctgcgctgtgaccagtctgatcaaagacctcagcatcagcgaccacaacgggaacccctcagcaccccctagcaagcgccagtgccgctcactgtccttctccgatgagatgtccagttgccggacatcatggaggcccttgggctccaaagtctggactcccgtggaaaagagacgctgctacagcgggggcagcgtccagcgctattccaacggcttcagcaccatgcagaggagttccagcttcagcctcccttcccgggccaacgtgctctcctcaccctgcgaccaggcaggactccaccaccgatttggagggcagccctgccaaggggtgccaggctcagccccgtgtggacaggcaggtgacacctggagccctgacctgcaccccgtgggaggaggccggctggacctgcagcggtccctctcttgctcacatgagcagttttcctttgtggaatactgtcctccctcagccaacagcacacctgcctcaacaccagagctggcgagacgctccagcggcctttcccgcagccgctcccagccgtgtgtccttaacgacaagaaggtcggtgttaaaaggcggcgccctgaagaagtgcaagagcagaggccttctctagaccttgccaagatggcacag-3'
你可以看到“AAAA”序列其实应该是 5'端。 不知作者能否解释这一点？
如果碱基序列方向是错误的，那么论文中使用的“circFAM53B” 环状RNA就完全是人为的，它没有任何生物医学意义。而且，这个错误的方向“circFAM53B”环状RNA不可能生成论文提到的肽。
7楼：我完全同意Hemieuryale pustulata（注：2楼网友）的观点。T4 RNA连接酶1 不具有让这篇论文的作者使用他们在文章方法部分中提出的机制创建目标环状 RNA 的活性。甚至NEB网站上也显示，这种酶不会催化完全互补的RNA-DNA杂交体中ssRNA末端的切口连接。只有RNA连接酶2 可以做到这一点。作为连接指示的 DNA寡核苷酸实际上应该阻止上述的环状RNA 的产生。然而，作者提出的这些方法中没有足够详细地描述连接酶具体反应的内容，也没有提供有关反应混合物具体组成的数据，因此无法确认是否可能是发生了分子内或分子间连接，从而产生了该环状RNA。
不知大家对此事是什么的看法？欢迎在评论区留言。
至于知乎网友们：
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