海归学者发起的公益学术平台
分享信息,整合资源

交流学术,偶尔风月
2020年10月发表在Scientific Reports 上的一篇有关神经机制的论文,于2022年9月15日被作者们一致同意撤回了。作者在撤回声明中表示:“我们注意到用于计算微分熵的脚本中存在拼写错误。因此,报告的熵估计是无效的,并且在使用本文中提供的神经质量模型时不会产生预期的熵增加。”这次学术更正的背后,是两位年轻的科学工作者长达一年的坦诚交流和真诚合作。
Paul Lodder 是一名硕士研究生,在阿姆斯特丹大学攻读人工智能理学硕士学位,本科学习期间,他就对迷幻药的治疗方面的研究充满热情。2020年,他读到了智利瓦尔帕莱索大学 Rubén Herzog  发表在Scientific Reports 上的一篇论文,为了完成计算神经学的课程,他想使用论文中的数据模型并将其扩展。
Paul Lodder
图源:retractionwatch.com
Lodder  给 Rubén Herzog 发了一封电子邮件,介绍了自己情况,并请求 Rubén 提供一些论文中没有详细说明的参数,以便他可以自行运行模拟代码。Rubén Herzog 是一名博士研究生,目前正在瓦尔帕莱索大学攻读生物物理学和计算生物学博士学位,在收到这位外国学弟的邮件后,很爽快的给 Lodder 提供了很多重要的数据供其参考。
Rubén Herzog
图源:Universidad de Valparaíso
在得到相关详细参数后,Lodder 的模型也能运行了。他想在对这个模型作出针对性的扩展之前,先尝试重复 Rubén 的论文中给出的结果以验证模型的准确性。但是在按照论文的描述完成所有的步骤之后,他无法得出论文中的结果。作为一名尚未毕业的硕士研究生,他的第一反应是肯定是自己哪里做的不对,于是将整个过程写了一个完整的报告发给了 Rubén ,希望能得到学长的指导,看看到底是哪里出了问题。
Rubén再次迅速作出回应,提出了一些可能出问题的排查方向。Lodder 仔细排查了所有的过程但是都没有发现问题所在。他将结果告诉 Rubén 后,Rubén 并没有感到不耐烦,而是给他发来了全部的原始代码。按照 Rubén 的代码运行后,Lodder 得出了与论文一致的结果。
作为一名好学上进的研究生, Lodder 并没有直接用学长的代码替换掉自己的,而是再次仔细研究为什么自己的代码有问题。经过更加细致的比对,Lodder 在 Rubén 代码中发现了拼写错误,把它更正后,得出的结果与 Lodder 的运行结果一致。
由于两份代码运行的基础数据是一样的,
Lodder 认为确实是 Rubén 出现了拼写错误从而导致了论文中的结果,而他认为这个结果是不对的。在下一封邮件中,他将自己的结论告诉了 Rubén Rubén的回复依然很快:“是我搞错了”,同时对Lodder 试图重复他的论文表示感谢,还邀请他作为重新提交的论文的合著者,对此Lodder感到非常荣幸。
Paul Lodder 发表了自己的感想:必须强调的是,完全是因为 Rubén 在整个过程中都非常坦率且热心,我才最终能够发现拼写错误——他帮助我开始模拟,在我提出问题时与我一起思考,最后甚至与我分享代码,看看我是否可以找到对差异的解释。Rubén 对整件事的处理从头到尾都表现出了令人钦佩的学术诚信。
图源:pixabay.com
同时 Lodder 认为学术界对于论文的可重复性的重视程度远远不够,他觉得现在在线出版的方式完全可以附带原始的分析代码脚本,即便不是全部也应该有最关键的一部分,以便读者可以直接验证或者比对,这样也可以简化复现论文所需要的步骤,提高科学进步的效率。
这件事引发了很多人的共鸣,在撤稿观察的评论区,很多学界的网友从不同的角度解读这件事:
01
Oliver C. Schultheiss
——这让我想起了我计划已久的对实验室标准操作程序的补充:让两个独立的编码员为一篇论文的统计分析编写所有代码。如果它们得到相同的结果,那么这些结果很有可能是有效的,并且不依靠bug运行。如果它们得出了不同的结果,那么可能其中一种(或两种)编码方法是无效的。在理想的情况下,科学家们在准备论文时应该有足够的时间和团队规模来做到如此彻底和细致,但是在资源有限的现实学术生活中(截止时间是列表中的第一位),这样的目标可能很难实现。因此,我想目前我们需要依靠同事中目光锐利的 Lodder 来发现我们的失误,并在应对发现的缺陷时保持 Rubén 式的正直。
02
Gusthefus
——我的理学硕士导师是一名理论和计算生物学家,也是一名物理学家,他会要求我们检查他的代码,反之亦然。我和我自己的学生一起把这门科学看得比自身利益更重要,希望他们能接过这个火炬。
03
DTX
——对Rubén Herzog 和 Paul Lodder 来说,这是一个多么令人难以置信、光荣而完美的结果啊! Lodder 为理解这个错误所做的努力是值得肯定的,给 Lodder 提供合作作者的机会显示了 Herzog 的真正胸怀。了解Herzog如何处理这种情况表明他是一个非常好的导师。来自全球两个地方的两位尊贵而优雅的绅士。
03
molmicrogal
——……如果你关注RW的话,应该很清楚这样的事情发生的频率。更多的时候,你会看到作者极力为自己辩护,在错误方面加倍努力(掩饰),而不是以正直和科学为原则真正解决问题。
对此您怎么看呢?不妨留言与大家分享。
参考文献:
1.https://retractionwatch.com/2022/10/11/a-display-of-extreme-academic-integrity-a-grad-student-who-found-a-key-error-praises-the-original-author/
2.https://www.nature.com/articles/s41598-020-74060-6
点击下方知社人才广场,查看最新学术招聘
本文系网易新闻·网易号“各有态度”特色内容
媒体转载联系授权请看下方
继续阅读
阅读原文