告别土味分析！这个肠道微生物数据库超级实用！好用不难！研究药物、食物的看过来！
gutMDisorder数据库
疾病相关肠道微生物失调及其与药物、食物等干预因素相关性信息数据库
嗨，小伙伴们大家好啊！新的一周继续给大家介绍肠道微生物相关数据库。前面介绍过哈尔滨医科大学团队所属gutMGene数据库，提供肠道微生物及代谢产物与宿主基因相关性信息，这周带大家学习该研究团队早期所发布的gutMDisorder数据库，提供疾病相关肠道微生物失调及其与药物、食物等干预因素相关性信息，期望能帮助到感兴趣的小伙伴，一起来看看吧~！
▌期刊信息
▌数据库概览
gutMDisorder数据库（http://bio-annotation.cn/gutMDisorder/home.dhtml）由哈尔滨医科大学团队于2020年1月发布在Nucleic Acids Res杂志，当前版本gutMDisorder数据库收录人/小鼠疾病相关肠道微生物失调及其与药物、食物干预因素信息，其中包括基于文献报道的人类579种肠道微生物、123种疾病和77种干预措施间2263条相关性信息，以及小鼠中 273种肠道微生物、33种疾病和151种干预措施间930条相关性信息。
gutMDisorder数据库界面较友好，提供人类/小鼠疾病、药物及食物等干预因素与肠道微生物相关性信息检索和浏览，为基于肠道微生物调控角度探讨宿主疾病发病机制及诊疗措施相关研究提供极大便利。
▌数据库核心功能及操作演示
Browse模块
Browse模块提供人/小鼠疾病、药物及食物等干预因素与肠道微生物间相关性信息，Introduction部分展示该模块使用方法。
以人类为例进行展示，可点击左侧栏Human目录下GutMicrobiota，选择感兴趣的肠道微生物，比如新生代的益生菌Akkermansia，右侧表格提供与Akkermansia相关疾病、干预因素、Gut Microbiota ID（239934）、分类水平、变化趋势、检测方法和文献PMID，还有Microbial-Mediated部分提供相关性网络图，Details展示Akkermansia菌属和文献细节信息，表格左上角可下载TXT或CSV格式文件。
以来自文献（27217061）的信息为例，Akkermansia菌属在溃疡性结肠炎患者肠道丰度下调，点击Microbial-Mediated展示“疾病-肠道微生物-干预因素”相关性网络，点击details查看细节信息。
再以文献（22649263）信息为例，提示Polydextrose干预上调人类肠道中Akkermansia菌属丰度。点击Microbial-Mediated展示“疾病-肠道微生物-干预因素”相关性网络，点击details查看细节信息。
点击Gut Microbiota ID（239934）链接至NCBI Taxonomy Browser数据库，查看Akkermansia菌属详细介绍。
点击左侧栏Human目录下Disorder，选择感兴趣的疾病，比如Hirschsprung's Disease，以来自文献（24525127）的信息为例，提示先天性巨结肠患者肠道中Bacteroides菌属丰度降低。再点击Microbial-Mediated展示“疾病-肠道微生物-干预因素”相关性网络，点击details查看细节信息。
点击左侧栏Human目录下Intervention中Food，选择感兴趣的食物，比如Red Wine，表格展示摄入红酒影响的肠道微生物情况，内容基本与前述类似，不再赘述。
Search模块
Search模块支持以感兴趣的微生物名称、疾病和干预因素来检索人类/小鼠肠道微生物、疾病、药物及食物等干预因素间相关性信息，右侧Introduction部分展示该模块使用方法。
以下分别以Akkermansia，Hirschsprung's Disease和Red Wine为例，检索结果表格内容基本与前述类似。
数据下载与上传
Resource部分，用户可以下载人类/小鼠肠道微生物与疾病、药物及食物等干预因素间相关性信息。Submit部分，用户可以上传实验验证的个人数据。
▌数据库引用
目前gutMDisorder数据库引用63次，10分以上有7篇，大多是肠道微生物相关数据库如前面介绍的MASI、Peryton和gutMGene等，还有不少5分以上描述某疾病微生物组特征的文献，感兴趣的小伙伴可以自行学习。
总结
gutMDisorder数据库界面较友好，提供人类/小鼠疾病、药物及食物等干预因素与肠道微生物相关性信息检索和浏览，为基于调控肠道微生物探讨宿主疾病发病机制及诊疗措施相关研究提供极大便利。
以上就是gutMDisorder数据库全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！
Cheng L, Qi C, Zhuang H, Fu T, Zhang X. gutMDisorder: a comprehensive database for dysbiosis of the gut microbiota in disorders and interventions. Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D554-D560. doi: 10.1093/nar/gkz843. Erratum in: Nucleic Acids Res. 2020 Jul 27;48(13):7603. PMID: 31584099; PMCID: PMC6943049.
往期传送门
小白实战课堂开课啦！手把手教你转录因子与靶基因预测操作～！
引药生变数据库系列传送门（完结）
甲基化数据库系列传送门（完结）
—
END—
撰文丨弘 毅
排版丨四金兄
主编丨小雪球
欢迎大家关注解螺旋生信频道-挑圈联靠公号~
最新评论
推荐文章
作者最新文章
你可能感兴趣的文章
Copyright Disclaimer: The copyright of contents (including texts, images, videos and audios) posted above belong to the User who shared or the third-party website which the User shared from. If you found your copyright have been infringed, please send a DMCA takedown notice to [email protected]. For more detail of the source, please click on the button "Read Original Post" below. For other communications, please send to [email protected].
版权声明：以上内容为用户推荐收藏至CareerEngine平台，其内容（含文字、图片、视频、音频等）及知识版权均属用户或用户转发自的第三方网站，如涉嫌侵权，请通知[email protected]进行信息删除。如需查看信息来源，请点击“查看原文”。如需洽谈其它事宜，请联系[email protected]。
版权声明：以上内容为用户推荐收藏至CareerEngine平台，其内容（含文字、图片、视频、音频等）及知识版权均属用户或用户转发自的第三方网站，如涉嫌侵权，请通知[email protected]进行信息删除。如需查看信息来源，请点击“查看原文”。如需洽谈其它事宜，请联系[email protected]。