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关键词：COVID-19；抗原漂移；预测
2022年3月21日，大名鼎鼎的Trevor Bedford在Cell H&M发表了篇重要文章，这项研究量化了SARS-CoV-2基因组突变积累和适应性进化的程度。
这个喜欢编程的生物学家，如何成长为美国“天才奖”获得者
这项研究将病毒进化树的延长和分枝与突变积累相关联，比较病毒非同义与同义突变的比率，从而评估病毒形成像501这样的“成功突变”的时间。

研究发现Spike的S1亚基是病毒适应性进化的核心，而其他基因如Nsp6的正义突变也参与了病毒的正向选择。
S1的适应性变化迅速累积，非同义词与同义词分歧的比例非常高，从而造成SARS-CoV-2流行1.5年时间S1的适应性的突变是2009年H1N1流感的2.5倍。

这项研究揭示了S1的高度适应性，并表明SARS-CoV-2会发生流感一样的抗原漂移。
基于自己的病毒进化学研究，Trevor Bedford早在2021年10月份就预测了新冠病毒的进化结局。
未来感染新冠的病死率将是多少？刚获得美国“天才奖”的Bedford博士如是说

我们逐条对照下，
看看Trevor Bedford的预测对不对。
也顺便解释一下“抗原漂移”之后会成为什么样子。

1，COVID-19会由大流行（pandemic）成为地方流行病（endemic）。
但世界各地肯定不会同时结束大流行（pandemic）进入到地方流行病（endemic），这是由各国疫苗接种的不均衡决定的。
R：
这一条是正在发生的事情。
对于欧美很多国家来说，目前的措施就是针对地方流行病的防疫了。
2，Bedford博士预计，COVID-19的最终流行状态将与季节性流感相似。
季节性流感是地方性呼吸道传染性疾病，基本上每个3岁以上的人都对其有免疫力；尽管如此，流感每年仍会感染约10%的成年人口，并在美国导致每年3万人死亡（1.2-5.2万病死/年）。
不过，流感的疾病负担显然比COVID-19低。
R：
这条已经发生。
根据金融时报的报告，英国最近2周的真实世界中COVID-19病死率已经到了0.03%，低于流感0.05%的病死率。

（图源：金融时报）
3，疫苗保护力的降低
基于已有的数据，Bedford博士2021年10月份认为，进化着的新冠病毒确实在降低了疫苗的保护力。但是这个保护力的降低主要是预防感染新冠病毒、其次是预防有症状的COVID-19；但对于预防重症和危重症COVID-19方面，疫苗仍维持了很强的保护力。
R：
Omicron突变株的出现，已经证实了Bedford博士当时的预测。
对于Omicron，最主要的特征就是免疫逃逸。

(Credit: Muaz Kory/Al Jazeera)
4，新冠病毒进化速度会和H3N2流感相似。
疫苗保护力的降低，还在于病毒的抗原漂移，即逐渐累积的突变。通过病毒进化分析，已经发现新冠病毒S蛋白1区一直有显著的改变。
R：
这个研究正是2022年3月21日
Bedford博士
这篇论文的主要结论。

5，未来感染新冠的病死率
由于新冠病毒新突变株的基础传染值（R0），加上人类对新冠病毒减弱的免疫力、新冠病毒发生的抗原漂移，这三个因素综合起来，Bedford博士推测，
在新冠疫情进入到在地方性流行病阶段：
1）每年感染的人口仍将达到20%或30%（通常称为攻击率）。
2）由于疫苗的接种，在20%的攻击率时COVID-19的病死率将降低10倍，由目前的0.6%降低至0.06%，和流感接近；即美国每年会有4万人因感染COVID-19病死。
在30%的攻击率时，则感染病死率为0.1%，美国每年会有10万人因为COVID-19死亡。
R：
这条预测准确。
目前真实世界中，新西兰的COVID-19病死率已经低于0.06%；美国的病死率差不多在0.1%。

主要与疫苗接种率有关。

看到这里，您是否也和我一样，惊叹于Bedford博士预测的准确。
我们更加坚信：Science Will Win!
参考文献：
【1】 https://www.cell.com/cell-host-microbe/fulltext/S1931-3128(22)00148-2#relatedArticles
编辑：Henry，微信号：Healsan。
Hanson临床科研，由6位在美国的医生及医学科学家组成。
作者：王宇歌 博士，一直在美国从事病毒研究以及新冠疫苗研发。微博：子陵在听歌。
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