最近众多媒体报道，研究人员报告在法国东南部同一地区的12名患者身上发现了一种新的新冠病毒变异株。与此同时，随着奥密克戎变异株席卷欧洲大陆，法国正经历新冠感染病例激增的新一波浪潮。
被命名为B.1.640.2的该毒株，与去年11月被世界卫生组织（WHO）列为“监测中的变异株”（VUM）变异株的B.1.640谱系系统有关。法国马赛地中海大学附属医院传染病研究所（IHU）的科学家将该发现发表在医学预印本网站medRxiv上，尚未经同行评议。
下面我们就详细了看下这篇文章
2021年12月24日，在MedRxiv预印本平台上刊登了一篇题为Emergence in Southern France of a new SARS-CoV-2 variant of probably Cameroonian origin harbouring both substitutions N501Y and E484K in the spike protein的文章。文章报道称在法国东南部一个城市的12名居民中，在一名自喀麦隆返回的人身上首次发现这种新变体，标记为B.1.640.2。法国马赛地中海感染研究中心（IHU）的科学家们称，对病毒基因组的分析发现了46种突变，略低于奥密克戎的50种突变。
图片来源：MedRxiv
科学家们通过对B.1.640.2的病毒基因组分析发现，B.1.640.2存在46个核苷酸置换和37个缺失，这导致30个氨基酸置换和12个缺失。刺突蛋白中有14个氨基酸取代和9个氨基酸缺失。其中突变N501Y和E484K在Beta、Gamma、Theta和Omicron变异毒株中均出现，突变F490S在 Lambda 变异毒株中存在，突变P681H在Lambda 和Omicron变异毒株中存在。
在除刺突蛋白之外的其他结构蛋白中，氨基酸变化包括核衣壳蛋白中的两个替换和膜蛋白中的一个替换。在非结构蛋白中，氨基酸变化包括蛋白质 Nsp2、Nsp3、Nsp4、Nsp6、Nsp12（RNA 依赖性 RNA 聚合酶）和 Nsp13（解旋酶）中的一个取代；Nsp14 中的两个替换（3'-5'核酸外切酶）；Nsp8 中的四个替换；和 Nsp6 中的三个缺失。最后，在调节蛋白中，氨基酸的变化包括 ORF3a 中的 4 个替换、ORF9b 中的一个替换和 ORF8 中的一个替换。
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来自法国马赛地中海感染研究中心（IHU）的科学家们进一步通过蛋白质结构预测工具（https://robetta.bakerlab.org/），预测了B.1.640.2刺突蛋白的结构。在N-末端结构域（NTD）中，134-145个氨基酸的缺失预计会显著影响中和表位。在受体结合域（RBD）中，除了众所周知的取代N501Y和E484K外，P681H位于刺突蛋白S1-S2亚单位的裂解位点，可能会显著影响中和表位。值得注意的是，在Wuhan-Hu-1分离物中，来自三聚体刺突的两个亚基的氨基酸D614和T859面对面，并将三聚体锁定在闭合构象中。但是突变D614G允许解锁三聚体构象，预计在额外存在突变T859N的情况下，这将三聚体解锁将更加容易。
图片来源：MedRxiv
综上看来，46种突变目前来看仅仅是新闻噱头，目前主流的新冠病毒变种都包括大量突变。
参考资料：https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.24.21268174v1.full-text
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变异株
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