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复杂数值热图和环形热图原来可以这么简单?
小伙伴们,大家好!又到了小洋说图的时间,不知道上期的风险因子图大家学会了嘛?这一期,小洋继续向大家介绍一款在生信文章中经常出现的图形——复杂数值热图和环形热图。
复杂数值热图:可以同时在热图的上方和左右两侧增加注释的内容,同时呈现更多的信息内容。
环形热图:是将标准长方形的热图变成环形,能够更好的展示相对比较长的需要带行名的热图
主要用于展示矩阵的情况,常用例子:展示差异分析后样本中一些基因的表达情况和样本信息。
1、复杂数值热图
图为经典复杂数值热图,一共包含3个部分:
主要部分:每一个小方块代表第j列样本对应第i行基因的表达值经过行zscore 转换后的值对应的颜色大小。其中红色代表高,蓝色代表低。 zscore转换是热图中常用的一种对数据进行转换的方法(每个基因的表达值减去其在所有样本中的表达均值后,再除以标准差),可以减少不同分子表达值差异过大而影响整个热图的可视化效果,并且zscore 转换保留了单个分子在样本间的差异情况。 主要部分的左右两侧:包含行的聚类树状图和左注释的内容。 聚类树状图:根据每一行的具体情况进行聚类,不同的聚类方法会影响这部分的顺序。如果选择了行聚类,则最终行的顺序不同于上传数据中行的顺序。 左注释:来自上传数据的左注释表的内容。 主要部分的上方:包含列的聚类树状图和上注释的内容。 聚类树状图:根据每一列样本的具体情况进行聚类,不同的聚类方法会影响这部分的顺序。如果选择了列聚类,则最终行的顺序不同于上传数据中列的顺序。 上注释:来自上传数据的上注释表的内容。
2、环形热图
图的最主要部分展示的是环形热图,图中的环形热图占了0-330度的圆的部分。
热图部分的数值经过了zscore 转换后的值的情况。 环形热图的最外圈标注的是上传数据的行名。 环形热图的最内圈部分可视化了按行聚类后的聚类树状图情况。 环形热图的最中心放上了legend。
以上就是有关复杂数值热图和环形热图的背景介绍,如果想要进一步掌握复杂数值热图和环形热图的相关内容,还可以登录解螺旋官方网站进行深入的学习和探索!
下面让我们来看一篇2020年3月发表在“Frontiers in Oncology(IF= 6.244)杂志上的一篇文章。题名为“Malignant Evaluation and Clinical Prognostic Values of m6A RNA Methylation Regulators in Glioblastoma”。
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进入仙桃学术,点击【生信工具】
【高级版】 → 【立即使用】
【表达差异(挑)】 → 【复杂数值热图】 →上传数据
我们参考文献中的复杂数值热图,模拟一份数据,然后进行绘图:
上面的数据是模拟数据,所以并不会和文献中的图片完全一致。不过复现我们主要掌握方法即可,不需要完全复现。上传数据后,点击“确定”进行绘图,并保存结果。
环形热图
【表达差异(挑)】 → 【环形热图】 →上传数据
我们同样模拟一份数据上传,然后进行绘图:
上传数据后,点击“确定”进行绘图,并保存结果。
好啦,本期有关复杂数值热图和环形热图的相关内容就介绍到这里,希望对大家的科研工作有所帮助。我是小洋,我们下期再见~
欢迎大家关注解螺旋生信频道-挑圈联靠公号~
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撰文丨小 洋
排版丨四金兄
主编丨小雪球
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