一文学会做出超炫酷的雷达图
小伙伴们,大家好!转眼已经10月末了,小洋所在城市的天气正在逐渐转凉,不知道屏幕前的小伙伴们那边的天气怎么样了呢?虽然快要入冬了,但是咱们对待科研的热情依然高涨!今天,小洋就向大家介绍一款在SCI文章中经常出现的图形——雷达图。
基本概念
雷达图是以从同一点开始的轴上表示的三个或更多个定量变量的二维图表的形式显示多变量数据的图形方法。轴的相对位置和角度通常是无信息的。雷达图也称为网络图,蜘蛛图,星图,蜘蛛网图,不规则多边形,极坐标图或Kiviat图。它相当于平行坐标图,轴径向排列,用雷达的样式呈现结果,可用于展示多个角度的结果。
应用场景
雷达图可用于展示1个主要因素多个方面的结果,比如:一个分子或多个分子在多个肿瘤(疾病)中的表达情况,一个分子/多个分子和多个分子的相关性情况等等。
结果解读
图中为雷达图的典型结果,该雷达图一共有3 个组(A、B、C),有6个维度(group.A、group.B、group.C、group.D、group.E、group.F)。从中可以看到在A,B,C3个组中,A在group.A 和group.B 中最高,B在group.C 和group.D 中最高,而C 在group.E 中最高。
以上就是有关雷达图的背景介绍,如果想要进一步掌握雷达图的相关内容,还可以登录解螺旋官方网站进行深入的学习和探索!
下面让我们来看一篇2020年7月发表在“Bioscience Reports”(IF= 3.84)杂志上的一篇文章。题名为“Prognostic and immune regulating roles of YIF1B in Pan-Cancer: a potential target for both survival and therapy response evaluation”。
文献解读
下面让我们来看一篇2021年7月发表在“Frontiers in Genetics”(IF= 4.599)杂志上的一篇文章。题名为“Esophageal Cancer Associated Immune Genes as Biomarkers for Predicting Outcome in Upper Gastrointestinal Tumors”。
期刊简介
复现工具
仙桃学术工具(https://www.xiantao.love/products
图形复现
首先我们拆解一下图片,该图背景有三个同心圆,蓝色虚线代表的是相关性为0,里面和外面的灰色虚线分别表示相关性为-0.46和0.46。圆形中的线段其实是坐标轴,每个坐标轴对应一个癌种。而坐标轴上的点,表示在该癌症中,单基因与TMB相关性的大小,将所有点进行连接,就可以直观地反映出该基因在泛癌中与TMB的相关性趋势。圆形最外圈文字指的是坐标轴标题,也就是注明了癌症类型和p值大小。
复现过程
进入仙桃学术,点击【生信工具】
【高级版】 → 【立即使用】
【基础绘图】 → 【雷达图】 → 上传数据
我们参考文献中的单基因雷达图,模拟一份数据,然后进行绘图:
上面的数据是模拟数据,随机填入的-1到1之间的数值,所以并不会和文献中的图片完全一致。不过复现我们主要掌握方法即可,不需要完全复现。上传数据后,点击“确定”进行绘图,并保存结果。
好啦,本期有关雷达图的相关内容就介绍到这里,希望对大家的科研工作有所帮助。我是小洋,我们下期再见~
欢迎大家关注解螺旋生信频道-挑圈联靠公号~
END

撰文丨小   洋
排版丨四金兄
主编丨小雪球
继续阅读
阅读原文