生信数据挖掘新风口！这个单细胞免疫数据库帮你一网打尽了！SCI的发文源头！
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Hi，大家好，这期是晨曦单细胞数据库系列的第九弹，前八期我们聚焦在广义上的单细胞数据以及细胞注释，接下来的几期，晨曦将带领大家聚焦一下单细胞数据库中一些具有“特色”的数据库。
免疫—— 一直是科研中经久不衰的话题，不管是在肿瘤领域还是在非肿瘤领域都有着一席之地，那么今天这期推文，我们将聚焦免疫，来探索一下一个专门存放免疫相关的单细胞数据库—— JingleBells数据库
晨曦单细胞数据库系列传送门
伴随着单细胞RNA测序技术的进展，越来越多的scRNA-seq数据被我们所知晓，但是同时也暴露出来了数据量丰富的一些缺点，其庞大的数量和不同的格式使其难以被一些没有计算机基础的科研学者真正的应用，所以为了便于数据集的重用，同时也是为了给那没有计算机基础的免疫学家们提供一个更加便利的数据来源，JingleBells数据库整合了免疫相关的数据应运而生。
JingleBells数据库特点
1. 数据来源为公开可用的数据（该数据库只是把公开数据进行了整合）
2. 数据来源相对集中，收集免疫（120个数据集）以及非免疫（183个数据集）
方法：在Pubmed、GEO、ArrayExpress和European Nucleotide Archive中搜索键入”single-cell RNA-seq"，筛选得到的结果汇总作为该数据库的数据来源
第一步：我们在浏览器键入JingleBells数据库的网址：http://jinglebells.bgu.ac.il/
然后我们就可以看到网站的主界面，如下所示：
在这里简单介绍一下主界面的信息
1. 主界面的蓝色字体都是可以跳转的链接（包括文本教程以及视频教程），但是很遗憾的是，这里的这些教程的链接经常会打不开（但是有了本篇推文就足够了）
2. 当然我们如果要使用这个数据库，记得引用下篇这篇文献，作者也特意在数据库的主界面提醒了大家
3. 最后作者也对自己的数据库做了一些补充，提到可能会用到的数据库链接，分别是SCPortalen数据库以及Sanger Institute的公开单细胞数据库
至此，主界面介绍完毕
我们点击Immune可以进入免疫相关的单细胞数据界面，这个数据库的搭建非常的直观，结果界面以及可视化界面也没有十分复杂的选项，这里我们挑选免疫这部分来介绍，非免疫部分也是类似的
第一步：点击Immune来查询免疫相关的scRNA-seq数据，点击后界面如下：
以上界面的信息从左到右分别是：数据集ID、描述、参考文献、引用、组织等相关信息，点击相关信息可以跳转到相关信息所发布的界面
点击数据集ID可以跳转到以下界面：
点击参考文献则是可以跳转到相关文献信息，界面如下：
然后数据集数据集后面有下载按钮可以点击下载BAM文件
至此，该数据库介绍完毕
1. 该数据库作为免疫相关数据的数据库确实具有着把相关信息集中以便我们搜索和学习的作用，我们可以通过这个数据库去了解免疫相关的数据以及文献从而深化我们的课题进展
2. 借助该数据库可以掌握单细胞免疫领域初期的一些研究进展以及数据
3. 当然这个数据库也是有着一些局限性，更新的已经接近停滞（毕竟是为发文章而做的数据库），其次就是下载链接时常会中断，所以晨曦把这个数据库定义为一个免疫相关的辅助数据库，我会先从这个数据库中搜索到感兴趣的免疫相关数据集然后去该数据集所在的源头数据库去下载，毕竟已经有人帮忙整理了120个左右的免疫相关数据集，这个工作量我们还是要认可的~
好啦，那么本次晨曦单细胞数据库第九弹就给大家介绍到了这里，其实掌握了我们前几期的数据库就已经足够大家在挖掘公共单细胞数据中避免没有数据或者找不到数据的尴尬了，后几期的小领域数据库更多的是对大型数据库的一个整理和凝练，彼此的关系就好像是棉布和棉服的感觉（最近降温了，大家注意保暖哦~）
我是晨曦，我们下期再见~
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END—
撰文丨晨 曦
排版丨四金兄
主编丨小雪球
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