前不久,我发现,我学了两年生信,需要分析1个月才能复现完的生信文章,居然用一个工具花15分钟就给搞定了!
看到这个消息,我的内心是这样的:
之前光顾着学R语言,攒了几百个美图代码,累计学R语言时长上千小时,感觉分析流程已经不断优化了,泛癌、GSEA等分析还是动辄1小时以上。15分钟复现一篇文章是怎么做到的?
是的没错,我说的就是仙桃学术。
了之后发现原来这个工具已经把TCGA里的泛癌数据和GEO平台数据都清洗好了,常见统计分析和视化内容,都已经有了。可以在线拼图,输出发表级的图表。
不仅如此,最近仙桃学术推出了大量的文章复现推荐,用仙桃生信工具+其他公共数据库,已经复现了20多篇2-9分之间的纯生信文章还全都是零代码,1小时之内就能复现。
这感觉,就好像“我还在用着2G手机加载着网页,你已经用了5G网络极速播放视频”的对比……
经过我的一番勘查,我发现,仙桃工具真的很有一套,让高手偷懒什么的就不说了,重点是对小白也能非常友好!!

01 
仙桃工具有多好用?

仙桃生信工具将一些 R 语言中常见的分析和可视化的函数进行封装和简化,并通过前端技术实现在线分析和可视化,一站式快速解决常见统计分析和可视化内容,并且提供在线拼图工具,直接输出发表级整图。
(1)简易、快速完成分析和发表级图片的可视化,参数丰富全面,个性化输出结果,同时提供多种格式的数据和图片下载。
可以调整配色,统计方法,文本位置、颜色,线条颜色、样式、粗细、透明度,标题文本,图注,风格等内容。
但凡在R语言里能调整的细节,在仙桃工具里也通通能调,再也不用通过看复杂的R包说明书来调参数了~

2)提供在线拼图工具,一站式解决从发表级单图在线输出到发表级整图在线输出。
能够对历史记录中的图片进行在线拼图,自己的图片结果通过“分析工具”上传图片模块进行上传,也可以使用拼图工具。一张全版图最多同时拼15张图。
相比于用AI和PS动辄一两天的拼图体验,仙桃工具刷刷刷在一分钟之内帮你完成参考线,对齐,自动标号,保存,简直不要太贴心了!
3)提供预清洗好的云端数据,可以直接调用进行分析和可视化。
仙桃学术整理好了单个癌种、泛癌,有无合并GTEX数据三大类项目形式,包括了mRNA, lncRNA, miRNA三种分子类型,以及TPM, FPKM, RPM三种分子格式,以及每个样本的临床数据。
只要点点点就可以之间出分析结果,省去了繁杂的测序和临床数据的下载和整理工作。
4) 提供多种常见配色方案,一次修改,长期生效。

想在通篇文章中拥有高分文章的Taste?很简单,选择预设好的高分文章配色方案就可以。什么?预设的方案还不够满意?那你可以自己进行配色选择,每次调用属于你的独家配色~
5) 预设最优参数
所有模块只需上传数据,点击确认即可得到最优结果。
并且把附带材料与方法,结果部分的描述。

02 
仙桃生信工具能做什么?

仙桃生信工具一共有 6 大类模块:

1)基础绘图上传的数据进行一些常见分析和可视化。
几乎Prism能做的,仙桃学术都能做,更简单,更快捷;Prism不能做的,仙桃学术也能做,稳稳地长在你的审美和需求点上!
2)表达差异:表达差异相关的模块
表达有差异,分子有意义。高通量生信分析几乎都少不了差异表达基因的筛选。火山图、热图、柱状图都属于常规中的常规分析。只要有云端数据,或者自己将数据整理好上传,你可以在一分钟内做出这些美图哦~
3)功能聚类:对于分子功能进行富集分析,从而获得分子可能涉及的功能等
筛选出了分子来,下一步就要对分子赋予生物学意义。GO, KEGG, GSEA富集分析,都可以把你的分子列表与生物学功能相挂钩。即使是CNS级别的文章,这步生物学功能分析也是常常见到的哦~
4)交互网络:分子相关或者交互类模块
分子之间有啥相关性?分子与免疫细胞浸润的相关性如何?分子之间的共表达情况怎么样?是不是想想就让人头大,又感觉必不可少。
别担心,仙桃学术一键式帮你出图!
5)临床意义:临床意义相关的模块,包括诊断、预后等模块内容。
对于想给自己的研究加点临床转化价值的说辞,诊断性分析和预后分析都是少不了的。包括ROC分析,临床相关性分析,基线资料表,单因素/多因素表,预后分析,Nomogram分析,这些都是少不了的。
临床统计太复杂?自己分析搞不定?用仙桃学术,只需要傻瓜式点点点,即可瞬间完成分析。
6)数据集模块免费版、基础版、高级版 能具体使用的模块,以及能保存的历史记录的上限不同,所有分类还会持续更新和内容完善。
像是GEO数据集在仙桃生信工具一键式分析完,还可以修改校正图、PCA图,UMAP图,火山图和热图的配色,参数细节。

03 
仙桃生信工具有多常用?

生信分析四大宝,从高通量测序结果里找差异表达的分子,给差异表达的分子赋予生物学意义,分子之间内部、或者与其他分子类型、表型进行相关性和网络构建,把分子与临床信息联合起来分析。这些分析,仙桃工具通通能做。
拿最常用的富集分析GO/KEGG来说吧,仙桃学术提供了6种基本的可视化形式。
自2003年起,已经有6404篇文献中采用了GO/KEGG富集分析了。
是不是感觉超级实用!
只要根据
仙桃生信工具
既往的文章复现文章,就能短时间内在自己研究的肿瘤里再复现一篇,甚至做的更好。试问谁不想谁不想get省时省力省钱发文章的技巧呢?冲起来~

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