解螺旋公众号·陪伴你科研的第2522天
简洁、明了、好用
之前我们介绍了快速寻找RNA与RNA、蛋白质、DNA和化合物相互作用的好用网站，今天我们一起来看一下另外一个好用的数据库。
GeneMANIA数据库（http://genemania.org）的开发者来加拿大的多伦多大学，最开始的数据库相关文章（PMID: 20576703）于2010年7月发表在Nucleic Acids Research杂志（2019IF=11.501）上，截至2021-03-12该文章已引用1042次（数据来源：PubMed）。之后开发者于2013年和2018年对该数据库进行了两次大更新，每次更新的文章也都发表在了Nucleic Acids Research上。
该数据库用于生成有关基因功能的假设、分析基因列表和为功能分析确定基因的优先级。给定一个查询基因列表，GeneMANIA使用大量的基因组学和蛋白质组学数据发现功能相似的基因。在这种模式下，它根据查询的预测值对每个功能基因组数据集进行加权。
GeneMANIA的另一个用途是基因功能预测。给定一个查询基因，GeneMANIA会根据基因与它的相互作用，找到可能与它共享功能的基因。
GeneMANIA目前支持9种生物（拟南芥、秀丽隐杆线虫、斑马鱼、果蝇、大肠杆菌、人、小家鼠、褐家鼠和酿酒酵母）。从GEO、BioGRID、IRefIndex和I2D以及生物体特有的功能基因组学数据集中收集了数以亿计的数据集和数以亿计的相互作用。用户可以通过选择要查询的特定数据集和上载自己的数据集进行分析来自定义搜索。
开发者于2018年更新了GeneMANIA的用户界面，使其更直观，更有效地利用视觉空间。现在我们就一起来看一下这个数据库。
在页面的左上角有一个
的符号，表示默认选择的物种为人，当然用户也可以根据自己的需要在数据库涵盖的9种物种中进行相应的选择。
点击后面的会发现一些可供选择的网络类别。
GeneMANIA可以搜索许多大型的、公开的生物数据集来寻找相关的基因。这些包括蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA和遗传相互作用、途径、反应、基因和蛋白质表达数据、蛋白质结构域和表型筛选概况。
其中网络名称的命名原则是从与数据源相关联的PubMed条目生成的（第一作者-最后作者-发表年份），或者只是数据源的名称（BioGRID，PathwayCommons-（original data source），Pfam）。
这里罗列了网络的一些基本信息，感兴趣的小伙伴可以仔细研究一下。
下面我们以网站的默认选择物种和网络，使用TP53为例进行演示。在检索框输入基因名后点击后面的放大镜进行检索（回车的话是继续输入下一个基因名），网页加载完成后就会得到结果。
最右边的可以展开该网络中涉及到的所有的网络，用户可以在这里选择是否需要显示需要的网络。
点击左边的
会将网络重新排布，类似于cytoscape中的修改样式。这里默认输入的基因是在最中间。
就是把网络竖向排布，输入的基因默认也是单独分开的。
则会把网络随机重排，用户可以根据自己的喜好选择相应的网络图。
在网络图中点击相应的节点（如RFWD2），左上角会弹出对话框，显示了该节点的基本信息，包括NCBI的链接（
）。
是将该基因与之前输入的基因一起来重新绘制网络图，而
则是重新以为基因绘制网络图。
在网络图中点击相应的连线（如EFWD2与TP53），左上角会弹出对话框，显示了该连线的基本信息的证据来源，包括相应的的链接（
）。
显示了目前网络的基本信息。我们的网络显示了TP53的20个相关基因，网络中一共有21个基因（加上TP53），一共有201个链接。
可直接进行保存。需要注意的是除了网络图的直接保存为图片，还可以保存其他的诸如网络数据、基因数据、功能数据、交互数据等其他信息。
以FDR值从小到大排列了网络中的功能信息。
点击每项功能前面的方框可以在网络图中对涉及该功能的基因进行相应的上色，选择多项功能还可以上多种颜色。
点击下方居中的
会显示用户的检索记录，方便用户在多个检索结果中进行切换。
虽说该数据库的功能与之前的string数据库类似，但笔者实测GeneMANIA的网页加载、数据下载、操作页面均要比string友好很多。所以，赶快用起来吧！
—END—
撰文丨阿波没有罗
排版丨叶子
SIMPLE
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直播时间：4月3日（周六）晚18:00-20:00
直播主题：《不同医院不同科研条件，做什么研究更合适？》

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