新冠参考消息
2020年2月7日   
一
自然宿主已基本锁定，
但中间宿主的探寻尚无结论
  • 越来越多的研究结果都表明2019-CoV的自然宿主很可能是蝙蝠，但石正丽团队1/23日发表的文献表明 [1]，即使是目前发现的最近亲缘RaTG13，仍和此次新冠病毒的基因组序列有近1100个核苷酸的差异，意味着RaTG13病毒突变为nCoV-2019可能需要几十年的时间。也就是说，很可能有一个中间宿主将源于蝙蝠的病毒传播给人类。
  • 寻找中间宿主有助于切断病毒源头以防止病毒再次传染给人类，但中间宿主的确定难度很大。1月30日在中国医学科学院主办的中国医学健康新闻发布会上，中国医学科学院病原生物学研究所所长金奇教授提到 [2]，2003年SARS时期，专家通过前期的流行病学调查，很快将目标瞄准广东野生动物市场，并从市场上售卖的果子狸体内分离和检测到了和SARS病毒完全一样的病毒。随即政府关闭了野生动物市场，此举在疫情防控中发挥了重要作用。而此次疫情中，12月31日武汉市卫健署通报称多例不明肺炎病例与武汉华南海鲜市场有关。次日该海鲜市场就贴出了休市公告进行环境卫生整治，造成了现场取证的一定困难。宾夕法尼亚大学医学院副研究员李懿泽此前对媒体表示，如果没有足够多的当时在海鲜市场售出的野生动物样品，就只能通过大规模筛查野生动物的方式找到中间宿主。即便能筛查到野生动物，也不太可能像SARS期间锁定果子狸那样高度确认。
  • 截止到2月5日, 综合结构预测和细胞水平功能实验结果[1,3]，被认为是新型冠状病毒潜在的中间宿主包括：猪，雪貂，猫，猩猩，猴；
    可能性低的中间宿主：果子狸；
    已被排除的：小鼠，大鼠；
    已被证伪，尚无明确支持性证据的中间宿主 [4]：蛇。
  • 2月7日华南农业大学举行新闻发布会[5]，报告了华南农业大学、岭南现代农业科学与技术广东省实验室沈永义教授、肖立华教授等科研人员联合中国人民解放军军事科学院军事医学研究院杨瑞馥研究员及广州动物园科研部陈武高级兽医师的最新研究成果，指出穿山甲为新型冠状病毒的潜在中间宿主。研究团队称，通过宏基因组学，分子生物学检测，病毒分离鉴定和分离后病毒株的基因组比对等一系列手段，发现分离的病毒株与目前感染人的病毒序列相似度高达99%。
二
病毒进化方向盘点
  • 从1月10日第一个2019-CoV全基因组序列上传到公共分享数据库至今，已有56个基因组序列可供分析。基于这些共享数据的基因组分析显示目前2019-CoV在人与人的传播期间并未产生显著多样性。但仍需要更多的基因组数据进行及时的监控。爱丁堡大学（University of Edinburgh）进化生物学家Andrew Rambaut在病毒分子进化论坛virological.org上发表了截至2月2日所有可获得的2019-nCoV基因组序列和采样日期的散布图 [6]。图中显示，数据库中十分缺乏1月5日至今的最新湖北基因组序列，而新病例可能预示了2019-nCoVs的进化方向。

图1. 截至02/02/2020的基因组序列。点代表样品收集的日期，颜色表示样本地点
另外，值得注意的是，美国明尼苏达大学双城分校李放副教授团队发现在2019-CoV基因组中特定位点的单个突变可以显著增强武汉冠状病毒与人ACE2结合的能力。其基因组中Asn501位点和Ser494位点是否有新的突变需要被重点监控。
病毒是否会在进化中增加传染性而降低毒性？会不会有“超级传播者”的出现？
金奇教授还提到，根据生物进化规律，即向有利于物种生存的环境适应性变异。病毒繁殖严格依赖人体细胞提供场所及所需物质，所以病毒进化的最终目标，一定是增强感染性，降低致病性，当然，不排除在一定时期内发生病毒致病性增强的现象，否则细胞全部被病毒杀死，病毒自身也就失去了生存的基础。
Andrew Rambaut于个人的社交媒体 (Twitter @arambaut) 质疑了这种病毒致病性会随着传播而降低的假设 [7]。病毒的毒性取决于一系列因素之间的复杂权衡，这些因素包括传播的可能性，感染期的长短和对宿主造成的损害。因此，病毒不一定会向低致病性演化。
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参考文献
[1] Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, Si HR, Zhu Y, Li B, Huang CL, Chen HD, Chen J, Luo Y, Guo H, Jiang RD, Liu MQ, Chen Y, Shen XR, Wang X, Zheng XS, Zhao K, Chen QJ, Deng F, Liu LL, Yan B, Zhan FX, Wang YY, Xiao GF, Shi ZL. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020 Feb 3. doi: 10.1038/s41586-020-2012-7.
[2] Wan, Y., Shang, J., Graham, R., Baric, R. S., & Li, F. (2020). Receptor recognition by novel coronavirus from Wuhan: An analysis based on decade-long structural studies of SARS. Journal of Virology. doi: 10.1128/jvi.00127-20
Qi Jin. 2020, Jan 29. Retrieved from

[3] http://www.cams.ac.cn/blog/《中国医学健康新闻发布会》专家问答二
[4] Retrieved from http://zhishifenzi.com/depth/depth/8101.html
[5] 华南农业大学发现穿山甲为新型冠状病毒潜在中间宿主. (2020, 02). Retrieved from https://www.scau.edu.cn/2020/0207/c1300a219015/page.htm 
[6] Rambaut, A. (2020, 02). Genome sequences by date and location. Retrieved 02, 2020, from http://virological.org/t/genome-sequences-by-date-and-location/380
[7] Andrew Rambaut [arambaut]. 2020, Feb 5. Retrieved from https://twitter.com/arambaut/status/1225088681414971392
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