内容提纲
  • 同行评审的历史与发展
  • 科学研究中的同行评审
  • 同行评审的意义
  • 巩固科学的机制之一
  • 同行评审带来的后果
  • 未经同行评审的发表
你知道么？
你知道么，每年全世界科学界志愿投入数十万个小时，用来相互评审尚未发表的论文。期刊编辑几乎不可能具备足够评价每篇来稿的专业能力。还好有“同行评审”这件事，科学期刊每一期都能刊登不同的主题，无论是远处行星的地理还是狗的基因组成。
关键概念
  • 科学手稿和基金申请，由若干同行科学家进行评审，他们熟悉这个领域的研究，会对这项工作是否应该发表或获得资助给出建议。

  • 同行评审在很多层面都会发生，是科学过程的一个基本组成。
  • 发表后，科学论文等会被科学家阅读，并尝试复现该研究，因此论文会继续受到科学共同体的审查。
  • 科学家受到同行评审的同时，开展同行评审是他们对科学共同体的责任之一。

家庭医生听你诉说病症后，会做初步诊断，然后指引你去找某位专家进行更深入的检查。例如，如果脚痛，你可能会去手足科医生那里；起疹子的时候，或许应该找皮肤科医生检查，检查是否由某种过敏引起；胸痛的病人，根据症状可能要去心脏科或呼吸科。一个人掌握所有的病理知识是不现实的，因此家庭医生依赖各科专家的经验。同样道理，科学家也依赖其他科学家，每个人都有各自的特长，他们审查并评价一份未发表的研究或者未通过的基金申请。
图1 科学期刊上发表的研究结果来自各个领域

科学期刊的编辑（查阅“运用科学文献：科学进展的档案”模块）、基金项目负责人、学术会议主席，会接到来自非常不同领域的科学家的手稿。例如某一期《科学》期刊，你会看到影响狗体型大小的基因、天气变化对真菌子实体形态的影响、土星上冰沉积的地形分布、通过超声波来产生微小电信号的新技术（Science，2007）。一个人不可能拥有能审核评价这些研究的背景知识和经验，所以期刊编辑需要同行评审这个程序。他们会请熟悉论文领域与方法的科学家来评价这份研究。
同行评审的意见包括：方法使用是否有效，数据分析技术是否合理，结果解读是否符合逻辑，文字与图片质量怎么样。同行评审员还常常会提出建议：这篇手稿是否应该发表，这份结果是否应该在会议上报告，这项研究是否应该得到资助。一个机构开展终身教职评定或职位晋升评定时，也会从同行评审得到反馈意见。
同行评审的历史与发展
同行评审的出现，离不开科学机构与科学期刊的发展。1665年，伦敦皇家学会开始发行自己的会刊（Philosophical Transactions，图2），编辑是唯一的评审人，当时是亨利·奥登堡（Henry Oldenburg）。编辑有时候也会邀请其他科学家提供意见，但这全都取决于他的个人判断。1752年，学会接管了期刊的编辑责任，规定每篇手稿在发表前，都要发给一组专家进行评审（Spier, 2002）。这就是我们今天“同行评审”的开始
。

图2 皇家学会会刊第一期的封面
“同行评审”这一流程，在十九世纪逐渐扩散到整个科学领域，并在二十世纪中期成为了科学评审的一种标准。有观点提出，同行评审能扩散，离不开二十世纪复印机（ Xerox® ）的普及。因为有了复印机，大大方便了将手稿复印及递送至评审员。《科学》与《美国医学学会期刊》都是在二十世纪40年代开始实行同行评审，其他科学期刊也紧跟其后。
如今，科学期刊超过了5000种，每份期刊都从科学家那里收到大量手稿，这些科学家认为自己成果值得发表在期刊上与他人分享。举例来说，《科学》期刊每周收到200篇手稿。期刊编辑挑选2到3位同行评审员，阅读并审查收到的经过编辑初选后的手稿，评价手稿是否值得发表。
同行评审员在领域内受人认可，他们熟悉手稿中的研究所采用的方法或这个领域，但此刻并不从事要做评价的工作。评审员可能不知道论文的作者、基金申请的撰写人是谁，作者可能是自己的同事，也可能是领域内的竞争者。为了尽量消除同行评审过程的偏见，大多数手稿都由若干评审员独立评审，最后由编辑基于评审意见决定是否发表。

评审员考虑这项工作与期刊、基金项目的关联性、方法与解读的正确性、科学发现的原创性、写作表达的清晰度。评审员会对所读的手稿提供反馈意见，通常是书面形式。这些意见，通常会发还作者，由此作者可以根据评审员的意见来改进自己手稿文字或自己的研究。评审员有时还可以选择，是否对作者是否保持匿名。期刊编辑和基金项目负责人依赖评审员的反馈意见，来做出决定——他们可能选择接受手稿原稿，或者会要求作者修改，或者拒绝发表。
【考考自己】同行评审员必须___
a.直接参与所撰写的研究。
b.对于谁是作者或许知道或许不知道。
科学研究中的同行评审
2007年1月22日，康纳德·毛克利（Conrad Mauclair）向《应用地球化学》（Applied Geochemistry）提交了一篇手稿，题目为《量化腐殖质对抑制人造土壤表面汞排放的影响》。编辑将这篇手稿发给两位同行评审员。评审员把意见发给编辑。编辑基于这些意见，选择在修改后接受这篇论文，于是在手稿提交后约五个月，写信给作者，详述这个决定。
2007年5月27日
亲爱的作者：
我收到了两篇关于您所提交《应用地球化学》发表的题为“量化腐殖质对抑制人造土壤表面汞排放的影响”的手稿的审稿意见。此外，我已经阅读了您的论文，并在下面提出了一些附加评论。包括我自己在内的所有审稿人都同意修改后的论文可以发表。
我已将两位审稿人的评论附加到这封电子邮件中。两位审稿人都提出了一些需要在修改后的论文中明确解决的重要问题。我认同他们的担忧，下面添加了一些其他需要解决的问题。
真挚地，
《应用地球化学》特刊编辑
编辑的补充评论：
需要考虑质量平衡[如审稿人2所详述]。我的猜测是，你的流速产生人为的高通量。解决这个问题的方法，是使用入口和出口之间的实际浓度差而不是通量来计算损失量；绘制出口和入口浓度之间的差异，而非通量。
编辑的信中附上了审稿人（同行评审员）的意见，审稿人的名字不出现。如果期刊稿件被接受并经过修改，作者有机会阅读并回复审稿人的评论并对相关文章进行更改。在提交资助的情况下，科学家会阅读审稿人的评论，并在下次申请资助时使用这些评论来加强他们的提交。对于毛克利及其同事的文章，审稿人提出了许多改进文章的建议，详细摘录如下。
审稿人1的评论摘录：
标题中的“抑制汞排放”是对实验观察结果的解释，而不是明确的结论。最好使用更保守的标题，例如“量化腐殖质对人造土壤表面汞排放的影响”。我想除了“压制”之外，读者可能会提出一些不同的解释。
其他实验，比如仅控制腐殖质加 Hg(II) 盐（不含任何沙子），是否会提供更多信息？
审稿人2的评论摘录：
回应编辑要求的直接评论：
独创性：本文系统地测试了合成土壤中腐殖质含量和光的综合影响。很少有研究报告类似的工作。
重要性：这项工作的主要结论是有机物含量会改变土壤的汞排放量。这一结论引起了汞生物地球化学家的极大兴趣，可能会促进相关的实地研究，并有助于解释当前的情况。
呈现方式：论文简短、清晰、切题。可以添加更多关于可能机制的讨论以及相关现场研究（通量和有机物相关）的更多细节。
图形和表格的质量：我不认为作者已经达到了数据图形表示的最佳设计。图1、图2、图3很容易可以组合，这将有助于读者比较相同实验在不同时间间隔取得的结果。事实上，这些图甚至可以转换为时间序列线图（而不是直方图）。我不确定如何设计最好，但目前的设计可以进一步改进。
严重缺陷或通过压缩或删除信息可以改进的：我没有发现任何严重缺陷。我可以说，我对一项仅报告合成土壤结果的研究并不完全放心。如果能用一些“真实”土壤来补充这些数据，那就太好了。但我认为这样一个系统的、实验室的研究是有用的、中肯的。
标题和摘要是否与稿件内容相对应：是
您是否愿意在提交修改后重新审阅本文：不需要
关于手稿的具体评论：
1.作者能否评论一下他们方法的现实性？使用合成土壤和无机汞+腐殖酸混合物有哪些限制？他们尝试了不同种类的腐殖质这一事实令人欣慰，但我希望看到有关潜在限制的更多信息。
2.第9页。请阐明长期监测部分的设计。例如，“光照治疗”中是否开灯14天？这种连续通量是否足以减少样品中的汞含量？下面粗略估算结果让我对这里给出的结果感到担忧。
3.如果我们采用光+砂处理的平均通量为2000ng/m2/h（见图 1、2 、 3），那么我们将在14 天以上[并且]因逃避而损失44µg，而仅添加了25 µg!!
4.我怀疑灯只在读数期间“开”，每周一次，但这应该更明显。应添加有关通量对样品质量平衡影响的更多信息。如果每周读数之间灯“关”，则读数期间灯“开”了多长时间？
审稿人2的评论告诉我们：同行评审有助于科学出版系统确保稿件符合某些最低标准。审稿人2评论了提交的原创性、科学领域工作的重要性、文本中写作的呈现方式、图表的质量以及总体数据分析，无论他/她是否发现工作中存在任何严重缺陷，特别是手稿标题和摘要的适当性，因为这些部分是论文将由文献数据库编目（请参阅利用科学文献模块）并因此被广泛阅读的部分。

此外，审稿人可能会建议作者澄清文本或添加他们之前没有考虑过的某些参考文献；他们可能会建议修改，因为他们认为作者的解释没有得到数据的支持；他们可能会建议进行额外的研究以澄清研究中的可疑点；或者他们可能会因为研究方法、数据收集或解释方面的问题而建议完全拒绝稿件。
同样，拨款提案评审员可能会提出改进研究的具体建议，并建议作者在改进后在另一个拨款周期中重新提交其提案。资助评审者还可能建议作者在再次提交提案之前进行更多的背景研究，研究团队中应包括另一位具有不同专业知识的科学家，或者扩大（或缩小）研究范围。
一旦收到关于稿件的评论，作者就应该处理这些评论，或者如果他们不同意审稿人的评论，请解释为什么他们没有处理这些评论。在上述案例中，作者回应了大部分审稿人的意见，并于2007年6月10日给编辑回信，详细说明了对文章所做的修改，并讨论了为什么有些修改没有进行。
2007年7月10日
尊敬的编辑们：
附上我们的修订稿。我们已经处理了论文评论中返回给我们的所有评论。此外，根据审稿人1的建议，我们用100%腐植酸进行了额外的实验，并将该实验的结果添加到我们的论文中，以确保我们已经充分解决了实验设计意见。下面包含所有单独更改的详细列表。
所有列出的作者都已阅读修订并同意他们的结论。
真挚地，
作者
针对编辑提出的具体意见的回应：
虽然周转率是一个重要问题，但我们的工作代表了所有以恒定周转率测量的样本的相对比较，因此否定了室周转率对我们结论的影响。手稿中添加了对此的讨论。为了指导未来的研究，我们添加了有关商会周转率的最近个人通讯的提及，据我们所知，有关周转率的新数据尚未发布。建议报告腔室入口和出口汞浓度之间的差异，而不是通量。如上所述，样品中汞的质量平衡不存在问题。此外，由于所有 Co-Ci 差异都乘以通量方程中的恒定周转率，因此这只会改变报告的数字（和图轴）的大小，而不是数字之间的相对差异 - 这是所有工作结论的基础。此外，由于大多数研究人员将结果报告为通量，我们认为将结果报告为浓度差异将使汞研究人员无法进行这项工作。我们的方法和通量测量均基于同行评审、已发表的文献（Lindberg 等，2002）并遵循标准协议。因此，我们认为在这种情况下讨论该方法的局限性就足够了。
手稿修订的详细列表。
对审稿人1提出的意见的回复：
  • 按照指示，我们已将手稿的标题修改为“量化腐殖质对人造土壤表面汞排放的影响”。
  • 审稿人提出了一个关于使用汞腐殖质对照（不含沙子）的有趣问题，这些对照在我们研究时并未进行检查。然而，为了解决这个问题，我们使用1g腐殖质和HgCl2样品（无沙）对100%腐殖质样品进行了额外的实验。该样品的结果与我们的5%腐殖质样品的结果一致，证实我们看到的效果是由于腐殖质，而不是腐殖质与沙子的相互作用。我们已将此数据添加到本文和图1中。
对审稿人2提出的具体意见的回复：
1.我们按照建议压缩了图中数据的表示，以便现在仅使用一对图表（新图 1），而不是先前版本的手稿中使用的三对图表（之前的图1、2 和 3）。我们还按照建议编辑了图2和3（以前的图4和5）。
2.关于测量之间样品的储存方式，我们在提交审查的手稿版本中详细说明了这一点，我们的方法部分指出“在测量和监测之间，所有样品都在恒温（~23°C）下储存在黑暗中 在黑暗和光明中定期测量汞通量。” 我们试图在重写手稿的结果部分中强调这一陈述，并且我们添加了一项声明，即所有通量测量都是在1.5-2小时的采样周期内进行的。
3.审稿人计算的质量平衡高估了样品中的汞损失，因为他/她假设样品连续暴露在光线下（参见上面第2点）。我们保守估计，排放率最高的样品（仅砂汞）的最大汞损失为添加汞的30%。含有腐殖质的样品显示出更低的汞损失。
4.正如审稿人所说，样品没有持续处于光照下，这一点已根据上述两点得到澄清。

莫克莱尔和同事按照审稿人的要求对他们的手稿进行部分修改。他们修改了标题，在文本中添加了额外的解释，甚至进行了额外的实验来解决审稿人1提出的问题。在审稿中，审稿人2计算了实验中汞的质量平衡，并得出结论，样品损失的汞比率已添加到系统中；然后，编辑根据这一评论提出了为什么会发生这种情况的建议，并建议以不同的方式报告数据。作者通过纠正审稿人的错误假设来解决这一评论，并解释为什么他们选择不按照编辑建议的不同方式报告数据。因此，虽然他们没有遵循审查中提出的建议，但他们提供了详细的解释。
重新提交修改后的稿件后，编辑会阅读作者的回复，如果认为作者充分解决了提出的所有问题，则将稿件在期刊的出版周期中向前推进。在某些情况下，需要进行重大修改，编辑可能会在接受完整稿件之前再次将稿件重新分发给同行评审员。毛克利的手稿于2007年8月被接受出版，并于2008 年1月首次在该杂志的网站上发表，并最终发表在该杂志2008年3月号的印刷版上（Mauclair et al., 2008）。
图3: 毛克利等人发表的论文（Mauclair等，2008）图1局部。其中的红色数据，来自回应同行评审意见后的新实验。
同行评审的意义
值得注意的是，发表科学文章需要很长的时间。从最初提交到最终印刷，所描述的文章花费了14个月的时间，这还不包括完成最终发表的初始工作所花费的时间。同行评审的过程因为缓慢而常受到批评，但它反映了这样一种认识——发表的作品将永久地进入科学文献，作为可被其他科学家借鉴的作品，因此应该仔细考量。
此外，期刊和资助机构的选择性和研究重点也各不相同。因此，科学家根据研究的感知影响、被接受的可能性、希望接触的受众规模来选择在哪里提交手稿。反过来，评审员会考虑该研究对期刊读者的适当性。例如，《应用地球化学》专注于讨论环境中发生的化学转化和过程的研究文章，而《细胞》杂志则发表专注于与细胞功能相关的生物过程的文章。毛克利及其同事的文章发表在《应用地球化学》上；然而，它很可能会被《细胞》拒绝。
评审员应该对稿件中的信息保密，直至手稿发表。然而，发表的工作很少会震惊整个科学界。这是因为，同行评审几乎融入了科学的每一个步骤，包括对研究的公共资助的请求。资助决定由同行评审科学家委员会做出，他们对每项提案成功的可能性、其方法的有效性以及所提出问题的重要性进行辩论。毛克利及其同事于2008年发表的研究方法和想法，作为提交给纽约城市大学研究基金会进行了审查，该基金会于2005年获得资助（Carpi & Frei，2005）。获得资助后研究开始，初步数据可能已经在科学会议上公布，让这项研究结果在发表之前与同行进行讨论。在手稿中使用的数据于2006年8月在一次有关污染物汞的大型国际会议上向科学界提交（Mauclair等，2006）。因此该领域的一些科学家对发表的内容早有知晓。
经过同行评审的出版物和资助的研究提案对于科学家个人来说，不仅具有简单的科学研究意义，而且具有其他重要意义。许多情况下，聘用、晋升和奖励决定是根据个人撰写的同行评审出版物或获得资助的数量与质量做出的。科学家还可以通过担任同行评审员在很多方面受益——被要求评审手稿或提案是对一个人在某个领域的专业知识的认可。所有科学家都接受同行的评审并评审他人的工作，而这个过程是有代价的。研究信息网络 (Research Information Network) 最近的一份报告估计，科学家自愿为同行评审提供的时间成本为37亿美元（研究信息网络 Research Information Network，2008）。那么，为什么科学家愿意花这么多时间参与这个过程呢？因为这是他们职业义务之一，而且这么做也有助于科学共同体的建立（请参阅“ 科学家与科学共同体”模块）。
【考考自己】同行审查最大好处是加速从手稿提交到发表的过程。

a.对 
b.错
巩固科学的机制之一

同行评审只是科学过程中有助于验证科学家工作的几种机制之一。虽然它有助于验证期刊和资助提交，但它并不是一个确保科学出版质量的万无一失的过滤器，特别是当研究作者参与欺诈或欺骗时（请参阅我们的科学道德模块）。例如，2000年至2003年间，舍恩（Jan Hendrick Schon）及其同事发表了超过25篇关于超导的论文，所有这些论文都通过了同行评审过程。几篇论文发表后，宋（Lydia Sohn）教授和麦克尤恩（Paul McEuen）教授注意到，在截然不同的条件下进行的不同实验以及发表在不同论文中的不同实验显示出相同的背景误差（图 4）。当面对这个问题时，舍恩首先声称一张图表被错误地复制在几篇论文中。此后不久，舍恩所在的研究机构贝尔实验室（参见“科学机构与科学圈”模块）开展调查；他们发现了许多不当行为和欺诈行为，因此解雇了舍恩。此后，舍恩至少有 16 篇论文被宣布为虚假论文，《科学》已撤回了他的8篇论文（Bao等，2002 年）。
图4 科学家首先注意到的问题，即（Schon等，2001B）曲线中的背景噪声（以红色突出显示）看起来与另一篇论文中（Schon等，2001A）发表的背景噪声相同。
虽然科学不端行为的案例可能会因为受到公众关注而令人尴尬，但它们凸显了科学的自我纠正本质。科学的一个关键方面是研究结果必须可重复且有据可查。当其他科学家审查数据并试图重现结果时，通过同行评审系统的科学不端行为往往很快就会被曝光。为了保持该系统的正常运行，科学论文包括研究方案的详细描述，使其他人能够重现实验，并且包括数据的表格或图形表示，以便整个科学界可以对其进行仔细审查（请参阅"理解科学期刊与论文：如何阅读期刊论文"模块 ）。对舍恩的工作提出怀疑的首批证据之一，是其他科学家很难重现他的实验并得出类似的结果。与舍恩的大多数发表一样，如果发现科学研究文章有错误（无论该错误是否是不当行为的结果），则可以撤回科学研究文章，从而将其从科学文献中删除。
事实是，撤稿很少发生，而因科学不当行为而撤稿则更为罕见。在对国家医学图书馆维护的MEDLINE数据库中编目的科学文献进行分析时，沙拉纳特（Sara Nath）及其同事发现，在1982年至2002年的二十年里，MEDLINE数据库中列出的超过850万次引用中，有395篇文章被撤回（Nath 等，2006）。在这些撤回的文章中，只有27%被发现存在科学不当行为，62% 被确定为无意错误，11%的撤回无法分类。纳特和同事还发现，同一时期还出版了另外2772个勘误表，这些勘误表是对已发表手稿中小错误的简单更正。
【考考自己】同行评审帮助验证科学家做的研究。
a.对 
b.错
同行评审带来的后果
同行评审制度的后果之一，是它可以影响科学研究的传播和进步。同行评审员对在哪些期刊上发表哪些研究提出建议。同行评审员影响着获得资助的研究类型。这通常是一个积极的影响，因为这一过程向整个科学界公开。但评审员之间的偏见可能会对这一过程产生负面影响。例如，一些研究人员认为，同行评审员可能会偏向于报告积极效果（即药物x有效果）的研究，而不是报告无效果（即药物y没有显着效果）的研究报告（Callaham等，1998）。因此，已发表的显示积极影响的研究远远多于没有显示积极影响的研究。影响同行评审过程的另一个复杂因素是，在一个封闭的评审系统中，评审员对作者保持匿名。有可能，评审员对稿件或资助申请做出不必要的严厉判断——或不值得的赞扬，仅仅是因为他们与作者有个人差异或友谊。
电子出版的广泛使用，促使最近对整个同行评审过程进行重新评估。虽然科学家仍然在很大程度上同意同行评审的价值，但他们有时会因为从提交稿件到评审、修改和重新提交所需要的时间而感到沮丧，这可能需要一年或更长时间。因此，一些作者建议完全放弃耗时且封闭的出版前同行评审过程，转而采用开放获取，在线出版，允许持续更新评审。许多科学出版媒体正在适应出版性质的变化。例如，公共科学图书馆 (PLoS) 项目出版了 PLoS系列中的许多期刊，向公众提供正式的同行评审，然后进一步提供了一种机制，用于额外的公众评论和对其网站上已发表文章的评审 。就连已经出版了130多年的《自然》杂志，最近也尝试公开对所提交的手稿的同行评审意见。
未经同行评审的发表
有些科学出版物未经同行评审。例如，包括《科学》和《自然》在内的许多期刊都会发布新闻和评论部分，其中每周提供重大科学事件或问题的最新情况。一些期刊还发表“信件”。给期刊的信包括对以前发表的文章的评论，但它们也可能报告新的、初步的和有趣的科学结果，这些结果尚未经过足够的测试和复制以通过全面的同行评审。
科学家还专门为非同行评审出版物撰写材料。例如，进化生物学家史蒂文·J·古尔德（Steven J. Gould）是一位出色的作家，以其从演化论到棒球等主题的书籍和杂志文章而闻名。理论物理学家史蒂芬·霍金因其旨在解释宇宙学的书籍而闻名，其中包括《时间简史》和《果壳宇宙》等热门书籍。而天文学家卡尔·萨根不仅在杂志上撰写了大量文章，还撰写了畅销书《接触》，并被拍成了一部卖座电影。科学家为非同行评审期刊撰写的文章和书籍，有着重要但又截然不同的目的。这些文章通常旨在用更通用的语言向非科学家解释科学，因此在描述科学对公众的影响方面发挥着至关重要的作用。它们通常（但并非总是）建立在同行评审文献的基础之上。
资料来源：
Anthony Carpi, Ph.D., Anne E. Egger, Ph.D., Natalie H. Kuldell “Peer Review in Scientific Publishing” Visionlearning Vol. POS-2 (2), 2009.
https://www.visionlearning.com/en/library/process-of-science/49/peer-review-in-scientific-publishing/159
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