让科研和SCI论文成为临床工作的副产品。
关键词:自噬;热门靶点;临床科研
为辅助课题选题及国自然基金撰写,本期继续解读“自噬”相关的研究大数据分析。
自噬(autophagy)是发生在真核细胞中的自然过程,细胞通过溶酶体降解回收自身成分,该过程受自噬相关基因(Atg)的调控,对于维持细胞稳态至关重要。自噬是一种自我保护机制,可帮助身体去除细胞中受损或功能失调的部分,并回收其他部分进行细胞修复,在神经退行性疾病、癌症等方向中可能发挥的作用而受到广泛关注,目前已有基于自噬原理的药物正在临床试验阶段。
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1,美国国立卫生研究院基金资助
美国目前专门用于自噬研究的课题有12,627;从2012的573项,一直到2023年的1,065项。
(美国国立卫生研究院基金资助的时间分布和项目数量
2,论文质量和增速
到2023年11月24日,自噬研究领域已经发表了78,300篇PubMed收录的论文。从2012年2,732篇论文,2023年到目前已经发表了9,318篇论文;论文发表数量增速堪比火箭。
自噬研究成果10.8%发表在12分+期刊
(自噬研究发表的期刊分布及时间分布)
为了解目前在自噬领域的研究进展,我们对发表的论文做了全面解读。
精选文献思路速览:
1)自噬在心脏病变修复中的研究进展; 2)自噬在肿瘤、感染中的研究进展; 3)相关综述:
1)自噬在心脏病变修复中的研究进展;
线粒体自噬
用于
心脏
保护 [13]

■ DRP1 在肥胖
心肌病
循环研究中的传统和替代线粒体自噬研究中的不同作用 [14]

■ 硫氧还蛋白 1 在
心肌缺血
期间通过 Atg7 的转亚硝基化促进自噬 [15]

■ 糖尿病性
心肌病
期间的线粒体质量控制机制 [16]

■ 自噬细胞死亡在
心脏
病中的作用 [17]
2)自噬在肿瘤、感染中的研究进展;
癌症
中的自噬和自噬相关途径 [2]

■ 半乳糖凝集素在
免疫
感染
中的作用 [4]

■ 生物学和疾病中的
自噬基因
[6]
3)相关综述:
■ 肌动蛋白和线粒体之间的多重联系 [3]
■ 多功能蛋白
HMGB1
——50 年的发现 [5]

衰老
的标志:不断扩大的宇宙 [7]

■ ATG9A 和 ATG2A 形成对
自噬体形成
至关重要的异聚复合物 [8]

■ NDP52 在 PINK1/Parkin 介导的
线粒体自噬
中充当氧化还原传感器 [9]

■ JNK1/2 磷酸化 BNIP3 通过增强其在缺氧下的稳定性来促进
线粒体自噬
[10]

■ 酵母 Atg12 中固有的
无序 N 末端
对于蛋白质的功能结构是
必需
的 [11]

■ 脂质化人Atg8家族蛋白
N末端
在顺膜结合自噬中的作用 [12]

检索数据库:
Medline

检索工具:Healsan™
医学大数据

检索时间:November 24, 2023检索及分析机构:Healsan Consulting LLC(美国恒祥咨询)


一,自噬研究论文大数据分析
自噬研究
论文发表的时间和国家分布
全球已经在自噬领域发表了950,951篇Medline收录的文献;检索最近三年的数据,得到27,975篇,对其中最近发表的21,399篇进行分析。
国家分布可以看到,中国发表的研究论文数量为11,506篇,占53.8%,位居第一
美国发表的文章数占
16.2%,排在第二位;印度、意大利日本分列第三到五位。


(SCI论文的时间和国家分布)
学术机构排名
浙江大学、四川大学、中南大学、复旦大学、华中科技大学所在大学发表的论文最多。华西医院、郑州大学附属第一医院、华中科技大学同济医学院附属同济医院、武汉大学人民医院、同济医学院附属协和医院等是发表论文最多的医院。
(全球发表论文的机构排名)
研究热点基因相关疾病
如下图所示,显示MTOR、NLRP3、PINK1、SIRT1、ULK1等是自噬
研究中最受关注的基因。

乳腺癌、结直肠癌、肺癌、骨关节炎、胰腺癌等是自噬研究中最关注的疾病。
1)MTOR(哺乳动物雷帕霉素):
MTOR是一种蛋白激酶,在调节细胞生长、增殖和寿命中起着至关重要的作用;MTOR信号转导是自噬的中枢调节因子,通过控制ULK1复合物和VPS34复合物的活性来调节自噬过程的多个方面,例如启动、过程和终止,以及TFEB/TFE3和原溶酶体小管重构的细胞内分布;通过磷酸化Atg1/unc-51样ULK1来负向调节自噬,从而阻止自噬的启动。
2)NLRP3:
NLRP3通过调节炎症和细胞死亡在先天免疫系统中起关键作用;自噬消除了NLRP3炎症小体的过度应激效应并维持体内稳态平衡,通过抑制NLRP3炎症小体减轻炎症损伤。
3)PINK1(PTEN induced putative kinase 1):
PINK1是一种蛋白质,通过线粒体自噬促进受损线粒体的清除,在调节线粒体自噬中起着至关重要的作用;PINK1过表达通过激活自噬受体(OPTN和NDP52)来增强自噬信号传导,从而促进受损线粒体的清除;PINK1还可以调节NLRP3炎症小体,通过炎症小体调节炎症和细胞死亡过程、参与先天免疫系统。
4)SIRT1:

SIRT1是一种NAD依赖性多功能酶,通过其脱乙酰酶活性,在调节自噬过程中起关键作用,参与自噬不同步骤的调节;SIRT1的水平和功能也受自噬过程的调节;SIRT1介导的自噬失调阻碍了内分泌系统的正常功能,导致内分泌失调的发生和发展。

5)FGF2(成纤维细胞生长因子2):
FGF2是一种在各种生物细胞增殖、分化和存活过程中起关键作用的蛋白质,也是一种自噬激活剂,在SH-SY5Y细胞中,FGF2可以促进自噬,抑制细胞凋亡;FGF2/FGFR1信号轴激活MTOR并通过FGF受体底物2α(FRS2α)介导的PI3K/AKT通路抑制自噬活性。
对这些基因的研究不仅有助于理解自噬这一复杂的细胞过程,还对诸多与自噬失调相关的疾病(如癌症、神经退行性疾病、心血管疾病等)的防治具有重要意义。
除了已经在癌症中得到广泛关注,自噬研究也涉及胃癌、糖尿病、心肌病、肝病、白血病、中风、黑色素瘤、脂肪肝、前列腺癌、肾脏疾病、卵巢癌、结核、新冠病毒、脑损伤、脊髓损伤、肺纤维化、膀胱癌、子宫颈癌、关节炎、心力衰竭等疾病。
(自噬研究相关的基因和疾病)
哪些期刊喜欢自噬研究?
可以看到发表自噬相关研究最多的五个杂志是Int J Mol Sci (IF=5.6) 、Autophagy (IF=13.3) 、Cells (IF=6) 、Front Pharmacol (IF=5.6) 、Front Cell Dev Biol (IF=5.5) 等。
(发表论文的杂志分布)
我们也附上部分期刊的影响因子、分区、从投稿到接受的天数等,对于投稿有非常重要的参考价值。

最有影响力学者及其关系网。
(学术大咖及其关系网。)
国际自噬
研究论文中

最有影响力的学者。

其中密歇根大学的Klionsky, Daniel J;Gustave Roussy 综合癌症研究所(法国)的Kroemer, Guido;德克萨斯大学西南医学中心的Tang, Daolin;浸会大学中医药学院(中国香港)Li, Min复旦大学附属中山医院Ren, Jun清华大学Ge, Liang川北医学院Zhang, Hong澳门大学Shen, Hanming;东京大学的Mizushima, Noboru;中山大学Cui, Jun是自噬研究领域最为活跃的学者
二,自噬研究领域的经典论文
除了发表论文的数量和研究者论文影响力之外(数量+质量),单篇论文被引用次数是评价其学术影响力的重要指标。
所以我们通过大数据分析找到高引用论文,即领域内的经典论文。

高影响力的5篇SCI论文依次为

• Vargas et al. The mechanisms and roles of selective autophagy in mammals; 2023.
Nat Rev Mol Cell Biol
PubMed ID: 36302887
[1]
• Debnath et al. Autophagy and autophagy-related pathways in cancer; 2023.
Nat Rev Mol Cell Biol
PubMed ID: 36864290
[2]
• Fung et al. The multiple links between actin and mitochondria; 2023.
Nat Rev Mol Cell Biol
PubMed ID: 37277471
[3]
• Liu et al. The role of galectins in immunity and infection; 2023.
Nat Rev Immunol
PubMed ID: 36646848
[4]
• Tang et al. The multifunctional protein HMGB1: 50 years of discovery; 2023.
Nat Rev Immunol
PubMed ID: 37322174
[5]
近2年最高引用的5篇论文依次为(已删除前一部分重复的2篇)
• Yamamoto et al. Autophagy genes in biology and disease;
Nat Rev Genet
. 2023 PubMed ID: 36635405
[6]
• López-Otín et al. Hallmarks of aging: An expanding universe;
Cell
. 2023 PubMed ID: 36599349
[7]
• van Vliet et al. ATG9A and ATG2A form a heteromeric complex essential for autophagosome formation;
Mol Cell
. 2022 PubMed ID: 36347259
[8]
• Kataura et al. NDP52 acts as a redox sensor in PINK1/Parkin-mediated mitophagy;
EMBO J
. 2023 PubMed ID: 36514953
[9]
• He et al. BNIP3 phosphorylation by JNK1/2 promotes mitophagy via enhancing its stability under hypoxia;
Cell Death Dis
. 2022 PubMed ID: 36396625
[10]

三,如何开启自己的自噬研究
看了前面内容,您已经深信不疑的是:自噬研究很值得做。尤其是研究生选题,可能这是一辈子课题的好起点。
问题是:如何开始呢?
最简单的方法:从模仿,到超越。
在研基金
如密歇根大学Klionsky, Daniel J目前在研的课题,主要专注于自噬的调节机制,举例有:
发表的论文
密歇根大学Klionsky, Daniel J
  1. (2023) The Intrinsically Disordered N Terminus in Atg12 from Yeast Is Necessary for the Functional Structure of the Protein
    International journal of molecular sciences [11]
  2. (2023) The role of the N terminus of lipidated human Atg8-family proteins in cis-membrane association
    Autophagy [12]
  3. (2023) The beneficial role of autophagy in multiple sclerosis: Yes or No? Autophagy[13]
B,转化医学:
在研基金
如Rutgers New Jersey Medical SchoolSadoshima, Junichi目前在研的课题,包括了自噬与心脏损伤,举例有:
发表的论文
Rutgers New Jersey Medical SchoolSadoshima, Junichi
  1. (2023) Mitophagy for cardioprotection
    Basic research in cardiology[14]
  2. (2023) Distinct Roles of DRP1 in Conventional and Alternative Mitophagy in Obesity
    Cardiomyopathy Circulation research [15]
  3. (2023) Thioredoxin 1 promotes autophagy through transnitrosylation of Atg7 during myocardial ischemia
    The Journal of clinical investigation [16]
    (2022) Mitochondrial Quality Control Mechanisms during Diabetic Cardiomyopathy
    JMA journal [17]
  4. (2022) The role of autophagic cell death in cardiac disease Journal of molecular and cellular cardiology [18]
C,美国在研基金的方向
(美国目前在研的自噬方向)
美国的部分在研自噬课题
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编辑:Henry,微信号:Healsan;加好友请注明理由。
助理:ChatGPT;封面:Hanson设计、GPT 4制图
美国Healsan Consulting(恒祥咨询),专长于Healsan医学大数据分析、及基于大数据的Hanson临床科研支持。主要为医院科研处、生物制药公司和医生科学家提供分析和报告,成为诸多机构的“临床科研外挂”。
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