Cell：新发两篇应用CPTAC公开数据库的研究，中国医生科学家正在全力挖矿

Bringing medical advances from the lab to the clinic.

关键词：征战癌症；蛋白质基因组数据集；CPTAC；Cell

2023年8月14日，Cell杂志新发表的两篇泛癌研究论文，再次吸引了全球研究者对美国国立卫生研究院 (NIH) 推出的开放获取的蛋白质基因组数据集的关注。

在题为Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium. Pan-cancer analysis of post-translational modifications reveals shared patterns of protein regulation的研究中，基于翻译后修饰（PTMs）是调控细胞信号和生理过程的关键因素，麻省总医院等多中心的科学家更深入地了解PTMs在癌症发生和发展中的作用【1】。

研究者分析了1110名患者的大量蛋白质组学数据，涵盖了11种不同类型的癌症；这些数据主要来自国家癌症研究所的临床蛋白质肿瘤分析联盟（CPTAC）。

研究者发现了多种癌症中蛋白质乙酰化和磷酸化的共享模式，结果显示：

1）不同癌症类型的肿瘤子集呈现出相似的PTMs模式。

2）乙酰化主要与免疫响应相关的代谢失调有关。

3）磷酸化主要与DNA修复的失调有关。

4）乙酰化和磷酸化之间的相互作用影响了激酶的特异性和组蛋白的调节。

由此，研究者揭示了PTMs在癌症发生和发展中的重要作用，以及它们在多种癌症中的共享模式。这为未来癌症的治疗和管理提供了新的视角和可能的治疗途径。

（图源：Ref 1. 如需全文，文末扫码科研助手）

在题为Pan-cancer proteogenomics connects oncogenic drivers to functional states的研究中，华盛顿大学医学部等多中心的医生科学家通过全面分析癌症驱动事件的影响，揭示它们与癌症发展的关联【2】。

结果发现

1）点突变和拷贝数变异与蛋白质互作网络的重组有关。

2）大多数癌症基因表现出通过基于序列的激酶活性轮廓表示的相似分子状态。

3）预测的新抗原负担与测量的T细胞浸润之间存在相关性，暗示了免疫疗法的潜在脆弱性。

4）癌症的特征模式随多基因蛋白质丰度的变化而变化。

由此，通过全面的蛋白质组学分析，研究者深入理解了致癌驱动因子的功能状态和它们与癌症发展的联系。

发现表明，在不同类型的癌症中，大多数致癌基因都展示出相似的分子状态，这为未来癌症的治疗和管理提供了重要的启示。未来的研究可以进一步深入探讨这些致癌驱动因子的具体作用机制，以及如何有效地针对这些机制进行治疗。

（图源：Ref 2. 如需全文，文末扫码科研助手）

编者按：

研究人员在Cell杂志最新发表两篇高质量研究论文进一步美国国立卫生研究院下属国家癌症研究所的临床蛋白质组学肿瘤分析联盟 (CPTAC) 生成的蛋白质基因组数据集作为临床科研的宝贵资源的潜力。

泛癌症蛋白质基因组数据集已经通过 NCI 癌症研究数据共享存储库公开提供。蛋白质组学数据可以通过蛋白质组学数据共享：

https://pdc.cancer.gov/pdc/cptac-pancancer

基因组和转录组数据可以通过基因组数据共享 ( https://portal.gdc.cancer.gov ) 和癌症数据服务 ( https://dataservice.datacommons.cancer.gov)获取。

大数据分析显示，利用该数据库，已经产生了338篇论文；报告一系列非常高质量的研究。

最近一段时间，利用该数据库的中国医生科学家发表的研究论文数量已经超过美国，位居第一。

大数据分析显示，利用CPTAC数据库发表论文最多的医院大都是中国的医院，但发文累计影响因子最高的医院却大都是欧美医院。显示国内医生科学家利用该数据库时仍需要提高研究的质量，而Cell的这两篇研究论文显然做出了非常好的模范作用。

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参考文献：

【1】 Geffen Y, et al; Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium. Pan-cancer analysis of post-translational modifications reveals shared patterns of protein regulation. Cell. 2023 Aug 31;186(18):3945-3967.e26. doi: 10.1016/j.cell.2023.07.013. Epub 2023 Aug 14. PMID: 37582358.

【2】 Li Y, et al; Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium. Pan-cancer proteogenomics connects oncogenic drivers to functional states. Cell. 2023 Aug 31;186(18):3921-3944.e25. doi: 10.1016/j.cell.2023.07.014. Epub 2023 Aug 14. PMID: 37582357.

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本期编辑：Henry，微信号healsan。助理：ChatGPT

Hanson临床科研团队，在美国的七位生物医学科学家主持。通过大数据分析，解析生物医学发展趋势；通过SCI论文解读，分享临床科研技巧和最新研究进展；通过专家讲座，交流课题设计、统计分析和SCI论文撰写规范。只提供以数据为基础的客观报告，及专业、独立的思考。

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