進行治療台清潔擦拭及其管路消毒，管路出水2分鐘，痰盂水槽流水3分鐘，抽吸管以新鮮泡製0.005%～0.02%漂白水（NaOC1）或2.0%沖洗用戊二醛溶液( g1utaraldehyde)或稀釋之碘仿溶液（10%）(iodophors)沖洗管路3分鐘。覆蓋無法清洗且易污染的設備，如診療椅之燈座把手、頭套、X光按扭盤等。
檢查所有器械之消毒狀況或將前一天已浸泡消毒之器械處理並歸位，或將已滅菌妥善之各式器械依類別歸位，診室所有桌面盡量淨空乾淨，物品盡量依序放在櫃子內保持清潔。
病人治療完，離開治療椅後，先將治療盤上所有醫療棄物收集，並作感染與非感染性、可燃與非可燃性之區分，置於診室的分類垃圾筒內，治療後之污染器械(包括手機、檢查器械等)收集後，若無馬上清除者,暫存在維持溶液(holding solution)內,以2.0％～3.2％glutaraldehyde，防止污染之血液或唾液乾燥，以利清洗。對於有乙型肝炎或乙型肝炎攜帶者等確定感染性疾病之病人，看完牙齒後之所有器械則另外打包消毒。
下班前將環境作初級整理與消毒，垃圾分類覆處理，器械經清洗後進鍋消毒，若無法滅茵者．亦浸泡在消毒液內隔天處理。管路消毒，放水放氣與拆下濾網，徹底清洗。離開診室前，徹底洗手，必要時更衣換鞋，安全乾淨地回家。門診結束後，應保持通風或使用空氣濾浄器。
牙科醫療廢棄物處理流程
步驟一、垃圾分類
1、 分為一般垃圾、感染性醫療廢棄物、毒性醫療廢棄物及資源回收垃圾，前兩者又可細分為可燃性與不可燃性。
2、 當病人看完後．在治療椅之檯面上先作初級分類。再分別放入有蓋容器內。
步驟二、
1、可燃性感染性廢棄物放入紅色有蓋垃圾桶內。
2、不可燃性感染性廢棄物放入黃色有蓋垃圾桶內。
3、若醫療廢棄物送交清運公司焚化處理者．亦可以紅色容器裝不可燃感染性廢棄物等多個消毒手法。
器械儲存
• 一次性皺紋紙和醫用無紡布包裝可儲存180天
• 無包裝滅菌，存儲不能超過4小時
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滅菌
器械
無法