AMBER专题
AMBER专题
分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题
讲师简介
山东省重点高校特聘教授、省优青团队人员,研究团队在国际知名期刊发表SCI论文50余篇。其中以第一作者发表的两篇JACS属于本领域顶级TOP期刊(一区论文,IF: 14.612)。主持国家自然科学基金及省部级课题多项。主要从事生物分子量化计算和分子动力学模拟研究,在动力学模拟、量化计算、结合自由能计算等积累了丰富的经验。
课程大纲
课程名称
课程内容
第一天上午
一. 分子动力学入门理/论
教学目标:了解本方向内容、理论基础、研究意义。
1. 分子力学简介
1.1 分子力学的基本假设
1.2 分子力学的主要形式
2. 分子力场
2.1 分子力场的简介
2.2 分子力场的原理
2.3 分子力场的分类及应用
二. LINUX入门
教学目标:掌握数值计算平台,熟悉计算机语言,能够使用vim编辑器简单编辑文件。
1 LINUX 简介
1.1 用户属组及权限
1.2 目录文件属性
1.3 LINUX基础命令
1.4 LINUX环境变量
1.5 shell常用命令练习
第一天下午
三. AMBER简介及安装
教学目标:了解Amber软件历史发展,熟悉安装环境,支撑环境编译。
1 AMBER简介和安装
1.1 GCC简介及安装
1.2 Open MPI简介及安装
1.3 AMBER安装运行
1.4 LIUUX操作练习
第二天上午
四. 研究对象模型获取
教学目标:如何确立研究对象,熟悉蛋白数据库的使用,如何对
研究对象建模。
1 模型文件的预处理
1.1 模型来源简介
1.2 蛋白文件简介
五. 研究对象模型构建
教学目标:熟悉模型预处理流程,掌握输入文件的编写,能够独立完成体系动力学之前的准备工作。
1 模型文件的预处理
1.1 蛋白预处理
1.2 小分子预处理
1.3 AMBER力场简介
1.4 拓扑文件、坐标文件简介
1.5 top、crd文件的生成
1.6 tleap模块的使用
案例实践:
HIV-1复合物的预处理
第二天下午
六. 分子动力学模拟
教学目标:分子动力学流程,AMBER软件动力学原则,完成分子动力学模拟的操作练习。
1 能量优化、分子动力学模拟
1.1 能量优化意义以及方法
1.2 模拟温度调节意义及方法
1.3 溶剂模型分类及选择
1.4 动力学模拟输入文件的编写
1.5 运行分子动力学模拟
1.6 输出内容解读
1.7 练习答疑
案例实践:
HIV-1复合体系能量优化、分子动力学模拟
第三天上午
七. 结合自由能计算
教学目标:熟悉结合自由能计算的意义、MMPBSA方法以及流程。
1 焓变计算
1.1 实验数据分析及检索
1.2 MM/PBSA结合自由能计算原理
1.3 GB模型讲解及分类
1.4 焓变输入文件的编写
1.5 焓变结果解读
2 熵变计算
2.1 Nmode计算熵变原理
2.2 熵变输入文件的编写
2.3 熵变结果解读
2.4 实验值与理论值对照分析
案例实践:
HIV-1与抑制剂之间结合自由能计算
第三天下午
八. 可视化软件
教学目标:熟悉可视化软件获取渠道、软件安装以及基本使用,采用可视化软件辅助科研工作。
1 3D可视化分析
1.1 VMD安装和使用
1.2 Pymol 安装和使用
九. 基于分子动力学的轨迹特征获取
教学目标:从动力学模拟出的构象出发,洞悉构象转变,解释实验想象,预测实验结果
1 构象分析
1.1 RMSD分析
1.2 B-Factory 分析
1.3 RMSF分析
1.4 RG分析
1.5 VMD动画展示
1.6 距离角度测量
1.7 溶剂可及表面积(SASA)
第四天上午
十. 基于能量的相互作用机理分析
教学目标:从能量角度出发,分析分子间、残基间、重要基团间相互作用机理,对实验提供理论指导
1 能量分析
1.1 残基分解(相互作用分析)
1.2 丙氨酸扫描(寻找热点残基)
1.3 氢键网络(盐桥,pi-pi共轭等其它相互作用)
1.4 练习答疑
第四天下午
十一. 经典工作复现
教学目标:引导初学者了解本方向中经典工作,复现工作中重要分析手段,加深同学对本方向的理解。
1 经典文献工作复现(请同学在课前自行下载仔细阅读)
1.1 Nanoscale 2020, 12, 7134−7145.
(a)RMSD和2D_RMSD检验模拟的稳定性
(b)结合自由能的对比与分析
(c)热力学积分计算相对结合自由能
(d)氢键网络分析
(e)残基分解预测热点氨基酸
1.2 J. Chem. Inf. Model. 2021, 61, 7, 3529–3542
(a) 丙氨酸扫面预测热点氨基酸
(b) 残基接触(contact)分析
(c) 温度因子分析(B-facter)分析
(d) 溶剂可及表面积分析
(e) 伞状采样动力学再现解离机制
1.3 练习答疑
部分案例图示:
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培训特色
1、本次课程采用在线直播授课的形式,面对面教学,与老师及时进行沟通。建立永不解散的课程群,长期互动答疑,学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题,巩固学习内容,从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研工作需求;
2、课程从AMBER程序入门学会编译方法,安装自己的AMBER可执行程序开始,依次讲授研究对象模型的获取与构建-体系预处理、能量优化、分子动力学模拟结果评估、结合自由能计算、相互作用机理分析、可视化、轨迹特征获取,并对经典文献进行复现分析等。
报名须知
1.报名费用(含报名费、培训费、资料费)
课程 | 原价 | 优惠价 |
Rosetta专题 (线下2天) | 3300 | 3100 |
NAMD专题 (线上3天) | 3500 | 3300 |
AMBER专题 (线上4天) | 3900 | 3700 |
CADD专题 (线上6天) | 5900 | 5700 |
费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件;
如需开具会议费的单位请联系招生老师发送会议邀请函;
2.福利赠送活动:
1) 报名缴费本期CADD专题课程,赠送AIDD专题(五天)、Gromacs专题(三天)、薛定谔专题(两天)任选其一的往期直播课程录播视频回放。
2) 报名缴费本期AMBER专题课程,赠送Gromacs专题(三天)、薛定谔专题(两天)任选其一的往期直播课程录播视频回放。
3) 报名缴费本期NAMD专题课程,赠送Gromacs专题(三天)往期直播课录播视频回放。
3.增值服务
1. 凡报名学员将获得本次培训书本(或电子)教材以便提前预习及随堂电子资料;
2. 凡报名学员将获得课程相关Windows版本软件安装指导(一年有效期);
3. 提供无限次回放视频:凡报名学员课程结束后可获得所学专题课程无限次回放视频;
4. 价格优惠:(优惠活动最终解释权归主办方)
1) 早鸟优惠:所有专题课程2023年7月10日前报名缴费均立减200元
2) 同一人报名两个及以上专题课程可享受额外优惠(具体请咨询招生联系人)
5. 参加培训并通过考试的学员,可以获得:北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《计算机辅助药物设计与应用工程师》、《从头蛋白抗体设计及在药物研发中的应用工程师》、《分子动力学应用工程师》专业技能结业证书;
4.联系方式
关键词
模型
分子动力学
方法
课程
文件
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