Rosetta 蛋白抗体设计专题

★

1、本专题采用北京线下授课的形式，面对面教学，与老师及时进行沟通。课后提供无限次回放视频。建立永不解散的课程群，长期互动答疑，学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题，巩固学习内容，从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研工作需求

2、以Rosetta软件为基础，以实例讲授和练习为主。依次讲授Rosetta软件基础、蛋白质结构viewer、结构扰动与结构优化、蛋白质复合物预测、抗体抗原模型处理与对接、SSD和MSD设计、 CartisenDDG 突变扫描、RosettaScript开发流程、序列与结构设计、从头蛋白质设计等的操作等多个内容。

讲师简介

由国家双一流、985高校特聘研究员、博士生导师讲授。近五年发表SCI研究论文20余篇，获国际生物设计会议奖励(The International BioDesign Research Conference)。主持基金委蛋白质设计相关项目和科技部重点研发计划课题多项。主要擅长分子设计、分子模拟方法研究。

课程大纲

第一天
时间	课时内容
上午	教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。
	一、从蛋白质折叠到蛋白质设计 1.蛋白质折叠与结构预测简介 1.1 主链二面角与二级结构 1.2 侧链堆积与三级结构 2.蛋白质设计简介蛋白质设计的分类及应用
	教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。
	二、 Rosetta基础三、蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础 3、Pose/mover/ scorefunction 4、LINUX 入门命令 4.1 用户属组及权限目录文件属性 4.2 LINUX基础命令环境变量 4.3 shell常用命令练习 4.4 conda介绍
下午	教学目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）
	四、结构扰动与结构优化五、序列设计 PackRotamer和FastDesign 5、Minmover,MCMover, Fastrelax mover 5.1 Movemap 6、RosettaScript组成和要素 6.1 FilterResidueSelector TaskOperation 6.2 DSSP/DisulfidizeMover
第二天
上午	教学目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。
	六、蛋白-蛋白对接基础 7、Translat和rotation mover 7.1 Low resolution的全局搜索 7.2 High resolution的精细调整 7.3 FoldTree
	教学目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令
	七、抗体设计 8、抗体结构文件的处理 8.1 PyIgClassify 8.2 抗体抗原对接模型 8.3 CDR区优化 8.4 Framework区优化案例实践： SSD和MSD设计任务
下午	教学目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。
	八、CartisenDDG 突变扫描九、RosettaScript应用 9 序列与结构设计 9.1 Input和Output flags控制输入输出 9.2 CleanAtom结构预处理 9.3 ROSETTACLASH.LOG和RosettaCommons 9.4 ResFile等辅助文件 9.5 小改中改与大改 9.6 练习答疑案例实践： Ø FastDesign设计任务