NAMD专题
NAMD专题
分子动力学模拟在生物及材料计算中的应用
讲师简介
来自国家“双一流”建设高校，“211’工程。拥有近10年丰富的NAMD使用经验。以第一/通讯作者在《ACS advanced materials & interface》等国际top期刊发表论文数十篇。擅长领域：蛋白质分子动力学，蛋白质纳米材料相互作用机制，蛋白质测序等。
课程大纲
第一天 | |
时间 | 课时内容 |
上午 | 一：分子动力学相关软件及Linux入门 目标：了解NAMD软件，掌握NAMD安装环境，了解Linux语言 |
1 NAMD下载与安装 2 NAMD模拟所需文件简介（结构文件，配置文件，参数文件等） 3 相关Linux语言基础 | |
二：VMD可视化软件的安装和使用 | |
4 VMD安装和使用 4.1VMD基础 4.2多分子处理和脚本 4.3载入轨迹并用简单的脚本计算 以泛素为例 | |
三：研究对象模型获取，构建以及优化 | |
5. 模型文件的预处理 5.1蛋白/核酸预处理 5.2小分子预处理 5.3配置文件预处理 | |
下午 | 四：MD模拟简单流程 |
6 能量优化、分子动力学模拟 6.1 能量优化意义以及方法 6.2 运行分子动力学模拟 6.3 基础分析脚本，例如：能量平衡，RMSD，RMSF，氢键分析，SASA，回转半径等。 6.4 输出内容解读 6.5针对当天内容练习答疑 | |
第二天 | |
上午 | 五：拉伸动力学 |
7 恒速/恒力拉伸动力学 7.1设置固定原子，拉力方向 7.2修改conf文件 7.3运行SMD模拟 7.4结果分析以及作图 | |
六：基于伞形抽样的自由能计算 | |
8 自由能计算 8.1利用SMD创建一系列反应路径构型 8.2将反应路径分成若干窗口 8.3对每个窗口进行模拟 8.4对每个窗口的结果进行融合模拟得到完整的PMF曲线 以铵转运蛋白为例 | |
下午 | 七：沿着反应坐标的自由能计算：ABF |
9 案例：Deca-alanine的可逆展开过程： 9.1体系建立 9.2运行ABF计算 9.3结果分析 10案例：甲烷的水合自由能： 10.1体系建立之psf文件准备 10.2体系建立之conf文件准备 10.3运行计算 10.4结果分析 | |
第三天 | |
上午 | 八：NAMD在生物技术计算中的应用实例 |
11案例：水分子在碳纳米管中迁移渗透模拟 11.1碳纳米管的构建 11.2体系溶剂化 11.3平衡体系水分子的扩散行为 11.4非平衡态（induced pressure difference ）下水分子的扩散模拟 11.5改性CNT中水分子性能 12 案例：DNA在纳米孔中的迁移及测序模拟 12.1 DNA和纳米孔（Si3N4）的分别搭建以及预处理 12.2对体系施加电场 12.3计算平均电势 12.4计算离子电流 12.5测DNA的传输速率 | |
下午 | 九：NAMD在材料计算中的应用 目标：以文献为例，复现工作中重要分析手段，加深同学对本方向的理解 |
13. 纳米材料与蛋白质 ACS Appl. Mater. & Interfaces, 2022, 14, 1, 191 - 200.文献复现 (a) M蛋白吸附行为 (b) M蛋白结构变化 (c) M蛋白活性口袋变化 (d) 活性口袋与配体结合能力变化 (e) 无配体下的MD模拟结果 | |
部分案例图示：
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培训特色
1、本次课程采用北京线下授课的形式，面对面教学，与老师及时进行沟通。建立永不解散的课程群，长期互动答疑，学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题，巩固学习内容，从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研工作需求；
2、课程以Rosetta软件为基础，以实例讲授和练习为主。依次讲授Rosetta软件基础、蛋白质结构viewer、结构扰动与结构优化、蛋白质复合物预测、抗体抗原模型处理与对接、SSD和MSD设计、 CartisenDDG 突变扫描、RosettaScript开发流程、序列与结构设计、从头蛋白质设计等的操作等多个内容。
报名须知
1.报名费用（含报名费、培训费、资料费）
课程 | 原价 | 优惠价 |
Rosetta专题 (线下2天) | 3300 | 3100 |
NAMD专题 (线上3天) | 3500 | 3300 |
AMBER专题 (线上4天) | 3900 | 3700 |
CADD专题 (线上6天) | 5900 | 5700 |
费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件；
如需开具会议费的单位请联系招生老师发送会议邀请函；
2.福利赠送活动：
1) 报名缴费本期CADD专题课程，赠送AIDD专题（五天）、Gromacs专题（三天）、薛定谔专题（两天）任选其一的往期直播课程录播视频回放。
2) 报名缴费本期AMBER专题课程，赠送Gromacs专题（三天）、薛定谔专题（两天）任选其一的往期直播课程录播视频回放。
3) 报名缴费本期NAMD专题课程，赠送Gromacs专题（三天）往期直播课录播视频回放。
3.增值服务
1. 凡报名学员将获得本次培训书本（或电子）教材以便提前预习及随堂电子资料；
2. 凡报名学员将获得课程相关Windows版本软件安装指导（一年有效期）；
3. 提供无限次回放视频：凡报名学员课程结束后可获得所学专题课程无限次回放视频；
4. 价格优惠：（优惠活动最终解释权归主办方）
1) 早鸟优惠：所有专题课程2023年7月10日前报名缴费均立减200元
2) 同一人报名两个及以上专题课程可享受额外优惠（具体请咨询招生联系人）
5. 参加培训并通过考试的学员，可以获得：北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《计算机辅助药物设计与应用工程师》、《从头蛋白抗体设计及在药物研发中的应用工程师》、《分子动力学应用工程师》专业技能结业证书；
4.联系方式
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