SCI一直是我们完成学业或是晋升的拦路虎,能发 SCI 的人,在哪都是“香饽饽”!对于大多数研究僧来说,咱也不是不想发 SCI,是真的心有余而力不足,毕竟实验不好做啊!
那有没有什么方法,不用自己做实验,就能发表一篇甚至好多篇SCI 呢?答案是肯定的。
生信分析可以让我们做到“拿别人的数据,发自己的SCI!但前提是,咱得先学会熟练使用各大生信数据库
而大部分生信数据库,操作不统一,代码不能复用,甚至有的连网页也打不开,更麻烦是有的小伙伴连每个数据库是做啥的都搞不清。
为帮助大家学会挖掘各个数据库,做到“无中生有”发文章,我们整理出1000+页独家生信教程,从数据库使用到应用实例,全都由解螺旋老师第一手整理,专为想挖掘数据库发SCI的小伙伴量身打造!
共包含13个生信数据库从数据库的基础教程,到根据数据库写出科研论文的全部思路,一次性给到你!这个教程已经获得10+学员验证,大家可以放心学放心用!
目录↓↓↓
适合人群↓↓↓
🙋 面对数据库里海量的样本却无从下手的同学
🙋 拿到数据找不到合适的统计方法的同学
🙋 想利用生信数据库发SCI的同学
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表达差异
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GEO数据库
GEO是一个国际公共存储库,收录并整理了全球范围内研究工作者上传的微阵列芯片、二代测序以及其他形式的高通量基因组数据,并提供免费下载。
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TCGA数据库
TCGA数据库提供33种肿瘤共计11000多例患者的组织的高通量芯片或者测序的数据,利用这些数据可对肿瘤发生发展中基因的改变进行分析,从而理解肿瘤发生发展的分子机制,提高人们对肿瘤的诊断、治疗、预防能力。
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Networkanalyst数据库
Networkanalyst是一个进行基因表达分析和meta分析的在线可视化分析平台,可以进行比对、定量、基因表达差异分析和富集分析、蛋白相互作用分析、多个数据集整合分析,还可以绘制像PCA、蛋白互作网络图、热图、火山图、韦恩图等高颜值的图片。
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ICGC数据库
ICGC数据库包括了TCGA的数据,同时也纳入了其他别的地区所做的队列的测序数据,使用ICGC进行检索的话,我们可以得到更多的数据。
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功能聚类
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GSEA软件
基因富集分析(Gene Set Enrichment AnalysisGSEA)运用统计分布、统计假设来评估某个预先定义的功能基因集的基因是否在两种(对照和处理)或多种(时间序列)生物学状态之间表现出显著、一致的差异。比如,某个信号通路基因集在对照组中显著下降而在处理组中显著上升。
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DAVID数据库
DAVID数据库是一个生物信息数据库,为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息。将输入列表中的基因关联到生物学注释term上,进而通过统计学方法找出最显著富集的生物学注释。
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GeneCards数据库
GeneCards(基因卡),由以色列魏茨曼科学研究所皇冠人类基因组中心于1997年创建并维护至今,目的是将分散的基因信息汇总整合,便于迅速获取基因的全部信息。
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交互网络
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STRING数据库
STRING数据库是一个搜寻蛋白质之间相互作用的数据库,可应用于2031个物种,包含960万种蛋白和1380万中蛋白质之间的相互作用。
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TARGET肿瘤数据库
TARGET肿瘤数据库主要是利用分子特征来描述难治性儿童肿瘤发生和进展中基因变化,主要包含患者临床数据、全基因组测序数据、甲基化数据、miRNA 数据等。
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JASPAR肿瘤数据库
JASPAR是一个收录转录因子与DNA结合位点以及结合模式的开源的公共数据库,不需要注册或登录就可以使用。
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临床意义
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UALCAN数据库
UALCAN数据库是一个综合的 用户友好型、交互式网站,可快捷分析公共数据库中癌症转录组测序数据,并支持分析数据的可视化以及下载。
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KM plotter数据库
KM plotter是一个在线进行生存分析的网站,数据最全并且是生存分析最权威的网站。在已发表的论文中,生存分析的数据多来自KMplotter数据库。
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CCLE数据库
CCLE数据库用于分析基因在细胞系中的表达情况、突变、拷贝数、甲基化等信息,可简易制作各种类型的结果图。
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