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什么是ChIP实验？
染色质免疫沉淀实验（Chromatin  Immunoprecipitation，ChIP), 是研究核酸与蛋白质相互作用的经典实验。DNA分子与目的蛋白分子结合，加入对应抗体识别目的蛋白，进一步把DNA分子共同沉淀下来。下游可通过qPCR技术证明其相互作用，或者通过测序技术寻找目的蛋白的潜在DNA结合序列。
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ChIP实验主要流程与要点
ChIP实验主要包含四大关键步骤：
(1) 将细胞或组织进行固定（交联）与裂解
该步骤是在新鲜组织或活细胞中加入甲醛（终浓度1%），目的是稳定蛋白与DNA天然结合的状态，以免后续的实验步骤破坏这种相互作用。在固定完成后，细胞或组织进行充分裂解。
固定时间一般为5-10 min，太长的固定时间将不利于后续的染色质片段化。
强相互作用，如目的蛋白是组蛋白，固定时间应短一些：3-5 min。弱相互作用，尤其是间接相互作用蛋白，可适当延长固定时间，固定时间最长不应超过30 min。
(2)  染色质片段化
该步骤的目的是为了后续能特异检测到染色质上目的蛋白结合的DNA序列。将染色质打断成200-700 bp的小片段，在后续实验中，结合了目的蛋白的片段将被抗体识别而保留，没有结合目的蛋白的小片段则将被洗脱。
在进行后续的实验前，一般会将打断后的样品取一部分进行解交联和DNA纯化，通过琼脂糖电泳或者毛细管电泳检测其片段化范围是否符合下游实验的需求。
(3) 免疫沉淀（IP实验）
此步骤通过目的蛋白的特异抗体，对“DNA-目的蛋白”复合物进行富集与洗脱。后续进行解交联与蛋白消化，最后纯化DNA分子。
IP实验除了有实验组，还应该有阳性对照、阴性对照和空磁珠组，用以质控IP实验流程是否合格。
实验组加入目的蛋白对应的抗体，抗体应该选用IP级别的抗体，WB抗体不一定能满足IP实验，具体参见抗体说明。
阳性对照一般选用已知的组蛋白抗体；阴性对照采用与目的蛋白抗体相同种属来源的血清；空磁珠组则不加任何抗体。
(4) 下游验证（qPCR或ChIP-Seq）
qPCR可以对目的片段进行定量分析。通过对目的序列的扩增，并与Input、阳性对照和阴性对照的量对比，就可以证明目的蛋白是否与预想的DNA序列发生了相互作用。
ChIP-Seq 是将回收纯化的DNA进行建库测序，用于发现目的蛋白潜在结合的DNA序列。
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