辅导300篇生信SCI发表提炼出来的方法论


▌课程介绍
1、开始：重新理解SCI的发表要求
建立对图表的审美
建立对manuscript的审美
不同期刊的投稿要求
2、投稿：做好投稿前准备
根据Checklist，准备好投稿文件
投稿的N个小tips
3、返修：跑好最后一公里
返修回复模块化拆解
常见返修回复套话解析
投稿的N个小tips
Hello, 大家好，我是雪球，欢迎大家学习这门课，这节课是生信季的最后一节课，投稿返修背后的必备基本功。
▌为什么讲这节课
从过年回来到现在，雪球一共给大家准备了六次课程，前五节课是从小白到高手的生信学习的基本功，所有未来想发生信文章，或者课题里涉及到生信分析的小伙伴都要去学习。
第一节：《生信高手的入门提升秘籍 》
第二节：《性价比最高的生信套路从入门到精通》
第三节：《多分子类型的生信套路从入门到精通  》
第四节：《特定表型的生信套路从入门到精通 》
第五节：《实操提升：模块化生信SCI写作 》
大家看第一节的时候给大家种下了生信学习的入门种子，第二到四节给大家介绍了三大类典型的生信文章套路，第五节给大家介绍了生信的模块化写作方法论，相信很多同学都摩拳擦掌准备开干了！
今天这节课非常非常非常重要，如果你能深入精髓，完全掌握，你就可以成为一个生信SCI的发文高手，解决你生信SCI发表最后一公里的问题！
雪球最近收到了很多学员的咨询。很多小伙伴从一开始，听了雪球的课已经开始跟着一步步实操设计课题，文章复现好了，在着手自己的SCI写作了，目前马上就要上战场，面临生信投稿返修等问题。
今天我给大家的这堂课，既是一个战前动员，是一个作战的地图，还会给大家发炮发武器！
最重要的是，我会给大家一套非常严谨的战术思考方法，大家注意，这里是战术思考方法，不是战略。每一个SCI的发表顺利 与否，很大程度上取决于你的课题设计，我今天给的，是战术。
这套方法，能够帮你在最快的时间内，像一个身经百战的老手那样，拿到发生信SCI的经验认知，既能让你少走弯路，又能保证让你在生信SCI批量发的众多对手的赛马中出圈。
好了，废话不多说，开课！
▌预热思考题
正式上课前，按雪球的惯例，给大家留两个预热思考题吧，大家可以提前整理一下思路。
第一个题目，SCI投稿前的基本认知题
假如你上完了前五节课程，已经设计好了课题方向，这个课题下的图表和文稿也准备的差不多了。你计划1周内完成投稿流程，你准备怎么制订完成计划呢？
图表怎么进行优化？哪些放到正文？哪些放到补充材料？图表的细节如何改进？如何选期刊？如果根据期刊要求投稿呢？
你可以考虑一下，该如何思考这些策略呢？
第二个题目，审稿人提问的底层逻辑题
这个问题很有意思，我经常给我带的生信个性化服务的学员说：审稿人无非是发过SCI的人，水平参差不齐。回复审稿问题的时候要换位思考，如果你是审稿人，你觉得你看别人manuscript的时候最重要的目标是什么？你看到什么样的返修稿，更容易让你愿意给人通过？
站在审稿人的视角思考，很多问题就很通透了，你可以想想你的答案是什么？
ok，预热思考题讲完了，希望通过今天的课程，大家学完之后能有一个全面的提升。
▌提前划重点
开始前简单给大家划个重点吧，这节课我会从以下几个方面来讲如何科学的完成一篇生信SCI的投稿和返修。
首先，帮你建立一个基本认知，重新理解SCI的发表要求，了解生信SCI的作图要求，投稿和返修的基本流程。
第二部分，我会教你如何做好投稿前的准备，给你一些实操的工具和方法。
最后一部分，我会教你如何拆解审稿人的问题，模块化回复审稿人的常见问题，帮你提升生信SCI录用的速度。
▌建立对图表的审美
我们这趴主要讲准备好投稿需要的图表和manuscrippt，那么我先提一个问题吧
【互动🙋‍】 什么是好的图表和manuscript审美呢？
1、图要看得清，统一和对齐？
2、manuscript中没有错别字，无语法和逻辑错误，语言native and fluent，重复率达标？
3、严格按照期刊的投稿要求？
既然要躬身入局，亲自下场发SCI，你就是和其他生信玩家在竞争，争夺文章的录用机会。
接受生信类的期刊是有限的，排除掉预警期刊，专业不符的期刊，影响因子和分区不高的期刊，其实剩下的期刊就不多了。
而且每本期刊每年发表的文章数是有限的。
随着越来越多会生信、打算吃生信红利的玩家入场，你必须要求自己对生信投稿返修的认知和动作是专业的，才能有机会发表属于你的SCI文章。
生信文章发表成功与否，除了作图的水平、课题设计思路，也有很大一部分因素取决于你的文章写作、对投稿期刊的选择、遇到审稿人的运气。
这里面很多因素，比如作图水平和manuscript的写作是我们可控的，有一些因素，比如投稿期刊的选择，是我们能够通过调研、学习拿认知争取的，剩下的就得祈祷运气的加成。
我们首先讲下SCI中的图表。
图表是什么呢？先下个定义：
1、直观、高效地表达复杂的数据和观点
2、启发思考数据的本质、分析数据揭示的规律；
3、以较小的空间承载较多的信息；
4、真实、准确的展示和反馈数据
换种说法：结果是论文的核心，一般以图表的形式呈现！
下面介绍一下SCI论文中图表的位置和顺序。
1、表格：一般在正文在参考文献的后面，每个表格一页；或者每个表格一个Word文件，命名成Table1, Table2, Table3...
2、图注：图注在表格后面。
3、图：在图注后面，每个图一页；或者每个图单独一个文件（pdf, tiff，或者其他格式）
生信中SCI的图片类型有三类：
1、绝大多数：由R语言、数据库或者其他统计软件产生的图；
2、常见加分项：技术路线图、或者机制图
3、分子验证：由数据采集软件直接得到的图（比如实验验证的图，WB,  IHC, 细胞图片，动物造模的照片等）
SCI论文中图的五步走准备流程
1、课题设计，按饱和的工作量作图
2、选刊，了解目标期刊对投稿的图的要求
3、规划大图、小图的数量、尺寸、图片布局
4、收集整理素材
5、编辑并优化每一张原始的图表，做好命名，拼图和保存
我们接下来一一介绍一下。
 1 
课题设计，按饱和的工作量作图
  • 无论阴性结果、还是阳性结果，都予以保留
  • 主线分析内容必须完整，支线分析能补充就补充
  • 梳理课题思路，初步定下文章的图表排布顺序、数量
 2 
选刊，了解目标期刊对投稿的图的要求
  • Pubmed检索本疾病、本领域（或相近领域）发表过的生信文章
  • 以近半年~1年为期
  • 确定有无预警期刊刚刚！2021中科院期刊“黑名单”发布！预警期刊变化巨大！
  • 确定影响因子、预测影响因子、分区情况
  • 确定年发文量
  • 发文量太少的，代表比较难中；发文量太高的，有水刊风险
  • 确定是否是OA期刊
  • 并非所有的期刊投稿都要花钱，花钱与否需要看是否OA
OA（Open Access）期刊是开源期刊，也就是网上无条件被下载。OA期刊与非OA期刊是有区别的，很多作者可能不是很了解。
OA期刊是作者付费（即版面费），读者可以免费下载，读者没有版权、费用的顾虑，可以直接获取运用。好处是会有更多的人能够毫无障碍地阅读文章全文，增加日后文章被引用的可能。OA期刊无费用下载这一点是比较受欢迎的。
非OA期刊是作者不付费用，但是读者在获取相关内容的时候，需要付费，甚至有的学校或单位会花钱购买数据库权限便于使用。
OA期刊涉及的领域比较多，内容也比较丰富。如果平时作者在图书馆没有找到想要的资料，OA期刊就起到了很关键的作用。但是有利也有弊，OA期刊大部分都是英文的，对于英语能力不是很强的作者来说是有局限性的，因此这也是OA期刊的一大弊端。OA期刊的受众人群是有针对性的，如果英语条件好的且各方面都满足的，OA期刊是不错的一个选择。
另外，需要注意的是，部分作者想要节省版面费，就会选非OA期刊进行投稿，其实这是一个误区。因为非OA期刊的特性，且有很多作者投稿，而期刊的版面及审稿编辑有限，投的人多了，录用周期和录用难度就增加了。
版面费的价格一般在0-3w之间，非OA期刊不收版面费，frontiers系列期刊的版面费，和Aging的版面费都是2w多
  • 确定近半年内是否还收纯生信期刊
  • 有的期刊可能突然在某个月就不收纯生信期刊了，在目前发表的文章和投稿须知里找线索
  • 期刊对图表的要求
  • 登陆期刊杂志首页
  • 查看投稿须知：For authors，Information for authors, guide for authors
  • 在figures那里找对期刊投稿的要求
  • SCI图片整体要求
  • 图片尺寸符合规范
  • 目前期刊多为分栏排版，即分成左右两栏，论文插图排版主要分成三种形式
  • 半版图：图片总宽度为8cm，高度不限，不能超过20cm（也有的期刊限制22cm）
  • 2/3版图：图片总宽度为12-15cm
  • 全版图：图片总宽度为17cm
  • 图片中每一部分用a，b，c等标注（或者A，B，C；（A)，（B），（C）
  • 只接受指定格式的图片
  • 一般要求图片为Tiff格式、也可以为PDF格式，EPS格式，或者JPG格式
  • 投稿时具体使用什么格式，应该根据期刊具体要求
  • 插图上各个元素要求对位整齐
  • 图片清晰度符合印刷、出版标注
  • 图片分辨率一般分为300dpi以上，600dpi以上，或者1200dpi以上
  • 相应类型的文字字号大小应该统一
  • 无严格限制，但是整篇论文中多幅插图同类型的文字部分大小应保持一致
  • 尽量使用8-12号字号，最大不大于14号，最小不小于6号
  • 线条粗细应该一致
  • 线条图中坐标轴应该使用黑色
  • 线条粗细在0.25pt-1.5pt之间。如果线条过细，印刷时出现断痕；线条过粗，会影响插图的美观
  • 论文中线条的粗细应保持一致，避免在同一类型插图中不一样的情况
  • 字体的选择要符合要求并保持一致
  • 中文宋体（英文文章中勿出现中文）
  • 英文：Arial或者Times New Roman（在整篇manuscript中所有插图的字体应统一）
  • 建议使用彩色模式图和矢量图
  • 图片大小应该符合投稿要求
  • 为了便于文章投稿时尽快上传，应该将编辑好的tiff格式插图用LZW格式无损压缩
  • 一般情况下，单个插图文件的大小不要超过10M
  • 图片题目、注释(Figure legends等不能直接标注在图片文件上。
  • 图中存在数字、字幕、箭头、符号、统计学差异阈值设定时，应在图注里进行明确说明
  • 如果文章的插图最终要印刷成黑白图片，应事先将图片转换成灰度模式后提交
 3 
规划大图、小图的数量、尺寸、图片布局
 4 
收集整理素材
  • 每一个图建立相应的文件夹；在该文件夹中，建立相应的子文件夹；每个figure保留拼好图的pdf, ai, tiff三种格式
  • 图片拼合前，每一个素材（小图A，B，C，D等）都保存有原始数据或者原始采集的图片，保证最好图片质量，可溯源；对齐所有的小图图片的图片细节，保持统一
  • Figure1
  • Figure1A
  • Figure1B
  • Figure1C
  • Figure1.tiff
  • Figure1.pdf
  • Figure1.ai
  • Figure2
  • Figure3
  • Figure4
 5 
编辑并优化每一张原始的图表，做好命名，拼图和保存
▌三大关键原则：统一，对齐，规则
这里推荐两门课
 1 
Graphpad Prism作图教程-Prism折线图/柱状图-Prism色阶处理-解螺旋-中国临床医生科研成长平台 (helixlife.cn)
 2 
零基础到三分SCI水平-解螺旋-中国临床医生科研成长平台 (helixlife.cn)
【举几个反例，你能看出问题吗】
’
▌投稿：做好投稿前准备
准备内容
  • 根据期刊改格式
  • 下载投稿说明
  • 一条条整理成中文的chcklist，投稿前检查
  • 准备好投稿需要的内容
  • Manuscript
  • 查重
  • 润色
  • 侧面加行号！
  • 图表（可以放到manuscript，也可以每一个图表单独一个文件）
  • Cover letter
  • 可以填审稿人推荐
  • 不同期刊不同的审稿人个数要求
  • 一般最少2个，最多的达8个
  • 不能推荐同一院校的审稿人，有作弊之嫌
  • 只要发过SCI的都能能当审稿人
  • 补充材料
  • 补充的图表
  • 补充的原始数据及代码（具体看期刊要求）
  • 补充的伦理声明【如果都是公共数据挖掘，则声明不需要伦理声明】
  • 各个作者的利益无冲突声明
  • 其他
  • 投稿后，有的期刊需要格式审查，审查不通过者需要退稿-改格式-重投
  • 投稿后，有的期刊需要所有作者都在邮箱确认投稿，才进入审稿阶段
  • 投稿后，需要每天登陆网站看审稿状态
  • 如果投稿1-2个月后，还未进入editor处理状态，考虑撤稿或者催稿
催稿信模板：
撤稿信模板：
返修：跑好最后一公里
开始先建立一个认知，不要神化审稿人，审稿人说的 未必都是对的！只要发表过SCI的人理论上都能当审稿人！
所以，审你稿件的人极有可能是不懂生信的人，也有可能是专业造诣极高的科学家！或者和你水平差不多的人！
能否顺利通过审稿人意见，未必都需要按部就班，严格按他的要求重做！
有道理的接受，没道理的解释！
感谢信天翁老师整理！
审稿人回复四段论：
感谢审稿人的建议 ，肯定审稿人的看法和 合理性；
要是真有问题就改，然后说我们把啥改成啥了，改在第几页第几行用红色标记了；
要是没有问题，就列文献证据，和理论上的说明，说明我们没有问题，然后相应把审稿人观点补充在讨论里，说明第几页第几行我们补充上了您的建议；
最后感谢审稿人。
实际案例：
审稿人常问的语言问题（只要不是本土人，几乎必问！）
The results need to be elaborated and polished based on findings.
RE: Thank you for your kind suggestion. The paper has been polished by Editage. And certificate of English editing can be found in attachments. The authors do appreciate your careful review.
【提供润色证明】
审稿人常问的补实验的问题（只要不是没做实验验证，几乎必问！）
也可以说下目前疫情原因做实验比较困难，样本比较罕见，在收集；有的审稿人吃这套，有的会拒稿
有实验条件的建议补实验
总结：无论是生信SCI，还是其他类型的SCI，底层逻辑是一致的。
生信SCI设计的套路千千万，文章接收的底层逻辑就在于一条，严格按期刊要求进行投稿。
怎么提高文章的接受率呢，
先根据期刊既往接受要求，设计课题方案；
不断打磨投稿细节，提高审美；
再通过审稿人问题，得到反馈，有理有据回复审稿人问题
定期登陆投稿网站，跟进进度。
最后送给大家一句话，小步快跑，积极试错，想了就干，错了就改！
作业与Candy
又到了留作业的时间了，今天的作业有两个，二选一
作业1：文章复现题
用仙桃学术或者R代码，复现一篇2022年的生信文章，梳理文章的套路类型，以及介绍一步步的文章复现过程。作业格式参考《挑圈联靠》公号既往文章复现内容。
作业2：复盘题
如果你之前已经投稿生信文章，在返修阶段或者已经被接受，你可以反思一下你遇到的审稿人提出来的问题。遇到了哪些问题，你怎么解决的，有什么经验总结可以分享，讲讲你的思考。
两个作业的字数要求，均不少于1600字。
作业的截止时间是2022年4月2号，上次提交作业的同学，雪球还在批改作业，这周五之前给大家反馈。
作业交至：[email protected]；
文件署名：微信昵称+解螺旋生信季06返修课
交作业者可以获得的Candy：
雪球既往的文章接收的模板实例
得分超过80分者可以获得：
1、雪球的微信
2、推荐到食物链顶端（解螺旋最优秀的生信学习群体）
3、提供生信卓越计划下一期预选名额门票（仅限一席）
4、内部VVVIP学员返修模板教程一份
好了，本次的课程就到这里了，我们下节课再见！
下期是我们生信季最后一堂课，SCI的投稿与返修，希望大家到时候准时来参加！
—
END
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撰文丨雪   球
排版丨四金兄
主编丨小雪球
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关键词
数据
问题
审稿人
生信
作者