最近,收到很多同僚的留言:
“工作太忙了,要经常查房、写病例报告,拍片,好不容易挤出时间,准备做些临床科研,却被密密麻麻的数据,折磨得面目全非。
别人的数据库那么丰富,而自己的数据库却像沼泽,吞噬了大量的精力,却颗粒无收,真的很绝望。
难道就只有被虐的份吗?
当然不是了。
最近认识一个研究生,今天就借她的故事,来聊聊临床科研这件事。
01
医学人的痛,都是它惹的祸
安然是医学研二,平常既要在医院轮转,还要抽出时间做科研,为此饱受折磨。
每天九点下班后,她才拿出厚厚的资料,静悄悄地在电脑前录入,经常爆肝到深夜。
这是一个繁琐的过程,需要一点点的分类和统计,各个Excel表格来回切换,弄得她头晕眼花,还要时刻保持专注,生怕数据录入错误,影响最终的结论。
坚持了半年时间,终于收集到了足够的样本。
到了最重要的分析环节,她打开整理好的数据,一点点筛选、统计、分类, nomogram、GEE、PSM,预测模型换了一个又一个,终于得出了结论。
谁知将论文交上去之后,却换来老板的一阵批斗:
❶ 病历筛选无逻辑,部分数据未定量;
❷ 数据不能支撑结论,需要重新核验;
❸ 实验数据没有可视化,密密麻麻看不清;
但同专业有个学长,1年发表了5篇SCI,还因为1篇一区论文,登上学校荣誉榜,是很多人膜拜对象。
为了能够顺利毕业,安然去找他请教。学长直接甩出他的神器:Python。
本来还不太了解,但看学长输了少量代码,不到1杯茶工夫,1天的临床数据就自动录入、分类、整理好了,碰到异常数据,还能自动校正、报错等,人力根本无法比拟。

  文献精准筛选和下载  

最让人头疼的文献,用Python 3秒就能定位,5分钟一并下载相关领域的关键文章、重要作者和科研热点,追溯引证关系。
同样的原理,它还能轻松获取到国内外医学研究的最新进展,帮自己掌握最前沿的医学知识。
它还能爬取小众精致的 PPT 、海报等模板日常病历汇报、述职报告、学术交流等,都要制作各类PPT,虽然都是已知信息的罗列,却要耗费大量的时间。
Python能自动获取相关信息,匹配对应PPT模板,1分钟自动生成各类PPT,日常汇报和陈述,打开就能直接用。

   文件格式转换  

大家平时对文献的PDF转Word有需求的应该不在少数,python对于文字PDF和PDF扫描件转换速度都非常快,而且精准,解决了很多人的困惑。
△一键下载、自动翻译外文文献

 自动提取数据指标 

面对厚厚的临床资料,用python不到1杯茶的工夫,就能自动录入、分类、整理好了,碰到异常数据,还能自动校正、报错等,人力根本无法比拟。

像医院的HIS系统、档案库中的数据,Python也能轻松获取

   病例自动导入  

有时需要研究各种疾病课题,需要收集几千例患者样本,几行代码跳过之后,原本繁杂的病例竟然自动提取到了系统当中。整个样本数据从导入到清洗完成,只用了不到1天

最新的病历和研究成果,很难在临床就诊中应用。

Python能自动爬取全网文献信息,根据病人临床数据,自动爬取最新文献及研究成果,帮助你更加精准做成判断。还能自动清洗,一键剔除用不到的。

  可视化图表  

处理了凌乱的临床数据之后,还能直接提取关键数据,生成可视化图表,直观展示千辛万苦得来的研究成果,助力文章发表。
这么轻松!论文科研的突破口这就不攻自破了?

  医学影像辅助诊断  

对医生来说,影像诊断需要保持高度专注,诊断效率慢不说,肉眼观察容易出现漏看的情况。
用Python做一个医学影像诊断工具,自动比对影像信息,发现异常自动提示,并给出相应的结论,防止错看和漏看的情况,轻松的诊断并找到问题。
 医学影像智能处理 
医生经常要对CT、造影进行读片,例如病变的识别和分割,但人眼精度有限。写一个图像处理程序,逐层分割出核心病理特征,从而更快判断出病人情况。
  精准翻译国外文献  
还可以用它做一个自动翻译的小工具,将爬取到的外文文献自动翻译成中文。
并且把翻译下载好的文件进行归类,存放到指定的位置。大大节省了我们自己去网站翻译的时间。😏
  爬招考信息和题库
第一时间获取全网招考信息,比如各类执业医证、考公考编、考研,第一时间、不错过任何优质岗位,爬取全网历年招聘考试题库和高频考点、学校信息效率也是极高!
“怪不得学长天天不慌不忙的,论文倒是发了好几篇。要是早点知道用这个查文献、做数据,我也不至于这么煎熬了!“
于是她迅速学起了Python。发牢骚的深夜语音消失了,取而代之的是她满是兴奋的动态:
审稿专家那边过了,调整下格式就能发刊!
我用Python搜集整合了许多导师需要的资料,她现在对我刮目相看;
不仅导师夸我,同学们也来向我请教,成就感满满啊!
听说,她用Python自动下载翻译了国外文献,截图发到校友群里,竟然有同学问她:能不能卖一份给我?
看来Python的确是个神器!
02
医学人,千万别打杂。
身边很多人学完后都表示要是早点知道用它查文献、做数据、办公,也不至于这么煎熬了!
我们很多人抱着一腔热血报读医学专业,结果发现最痛苦的不是枯燥实验,而是在浩如烟海的资料中手忙脚乱。
所以,掌握一个帮你打杂的工具太重要了。只有这样,你才能把精力集中在科研本身。
近几年Python流行起来,也正是因为它在资料收集、数据分析方面实在强势。
只需要几行简短的代码,它就可以:
● 网络爬虫,一键爬取全网公开资料
● 对实验结果进行数据分析,让观点更科学严谨
● 批量处理上百个Excel、Word、PDF文件
● 生成可视化图表,成果展示更专业……
它几乎已经成了医学圈大佬人手必备的工具。4月份复旦博士生用Python,为班级写出了“核报告自动核查”的程序。
800幅截图,原来要几个人核对一个多小时,现在只需等2分钟就拿到结果。
如果今天是你第一次了解Python,那么该有点危机感了。
如今AI已经应用于医学的各个领域,《柳叶刀》上有非常多研究报告,都是用AI自动数据分析的方式得出的。
这也意味着,未来AI将辅助医生工作的方方面面,Python也会成为新时代医生的“标配”。
很多医院和科研机构的招聘,都已经注明:掌握Python优先。
工欲善其事,必先利其器。大数据时代,科研人想要如鱼得水,学会Python应当提上日程。
这也是我想把风变编程-python小课推荐给大家的原因。它家做的是针对小白的Python课程,不用看视频,每天抽出半小时,4天0基础就能入门。
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 查找文献、数据分析 

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1、学习时间自己定,多忙都能学
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Python小课把晦涩难懂的知识点,都包裹在轻松有趣的电影情节和日常场景中。
趣味交互的学习方式,学起来就像和朋友聊天一样。每按一次“Enter"键都是一次对话~
皮卡丘、美国队长、千寻等各种熟悉的形象都会逐渐登场!
△“打印皮卡丘”编程练习
曾经有学员表示:“一学起来就上瘾了,连闯3关,太有意思啦!”
3、不用安装任何软件
Python小课对电脑配置无要求,只需要用浏览器打开,不用安装任何程序,10秒进入编程页面。
△10秒进入编程页面
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风变编程的教育理念和实力,也获得了学员们的认同。
△学员真实反馈
“人生苦短,我用Python”。与其花大量时间查资料、查文献、理数据,不如抽出一小块时间学习Python。
把省下来的精力专注于研究,或是看看更大的世界,比起论文,生活中还有太多的未知等着我们去探索!
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