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iLIR数据库

自噬相关LIR基序查询及预测

嗨，小伙伴们大家好！新的一周我们继续自噬的话题。越来越多证据表明自噬对细胞质成分的降解是有选择性的，选择性自噬以靶向特定底物（细胞器、细菌、脂滴或蛋白质聚集体等）为特征，该过程依赖于能够结合细胞质成分并将其转移至自噬体的选择性自噬受体存在，这类受体的共同特征是能够与LC3/Atg8家族蛋白相互作用。Atg8家族蛋白是锚定在自噬体膜上的自噬核心机制蛋白。除选择性自噬受体外，Atg8家族还与自噬、囊泡运输或细胞吞噬过程所需的多种蛋白质相互作用。选择性自噬受体及上述蛋白都包含一个短的线性序列介导与Atg8家族蛋白相互作用，称为LIR基序（LC3-interacting region, LIR；LC3 recognition sequence, LRS；Atg8-interacting motif, AIM）。

因此，这类受体/蛋白又被称为LIRCP（LIR motif-containing proteins）。iLIR数据库提供已报到及潜在LIR基序信息，个中玄妙一起来看看吧~！

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▌数据库概览

iLIR数据库（https://ilir.warwick.ac.uk/index.php）收录来自8种模式生物LIR基序及LIRCPs的GO富集结果，8种模式生物包括（Homo sapien 人， mus musculus 小鼠, Rattus norvegicus 大鼠, Danio rerio 斑马鱼, Saccharomyces cerevisiae 酵母, Gallus gallus 鸡, Caenorhabditis elegans, 秀丽隐线虫和Arabidopsis thaliana 拟南芥。）同时，支持根据氨基酸序列来预测感兴趣蛋白序列中潜在功能性LIR基序。

菜单栏点击Bibliography，提供自噬相关文献如Review、生信研究/工具、选择性自噬及自噬调控等。点击右上角Documented LIRCPs，展示文献报道的LIRCPs列表。

▌数据库核心功能及操作演示

LIRCPs模块

LIRCPs模块提供来自8个物种编码基因蛋白序列中潜在的LIR基序信息，以人类（Homo sapien）为例，列表展示Uniprot ID、LIR序列及起止位点、PSSM评分、相似LIR基序、蛋白功能和GO功能注释（MF、BP及CC）。以Calreticulin（钙网蛋白）为例，LIR序列为DDWDFL（天冬氨酸-天冬氨酸-色氨酸-天冬氨酸-苯丙氨酸-亮氨酸），起止位点为130-135，PSSM评分为26，相似基序有3个，功能与内质网蛋白质折叠有关。

BLAST模块

BLAST模块支持输入蛋白序列对目标蛋白进行LIR基序预测，以Calreticulin（钙网蛋白）为例，NCBI获得人类Calreticulin蛋白序列FASTA格式，输入检索框，点击Submit得到检索结果。

首先，展示检索信息和参考文献。其次，结果中与输入FASTA格式氨基酸序列完全匹配的是第一条，页面下拉，星号标记为潜在LIR基序，其中DDWDFL与前述信息一致。

GO Annotation模块

GO Annotation模块是对某一物种LIRCP蛋白的功能注释，以人类GO: Biological Process为例，列表展示GO条目、Counts和P值及调整P值，可点击蓝色ID链接至AmiGO2数据库查看GO条目详细信息。

Distribution目录下选择Homo sapiens，展示上述GO条目柱状图。

Enrichment部分可选择感兴趣两种物种进行上述GO条目的种间差异分析，以人类和小鼠为例，结果中显著差异的GO: Molecular function有5条，以柱状图展示。

Search模块

Search模块支持检索关键词或检索LIR基序，前者支持输入基因名、蛋白质描述及Uniprot ID，后者要求输入FASTA格式氨基酸序列。以人类Calreticulin蛋白为例，输入检索框，点击Submit得到检索结果，PSSM评分最高的正是前述LIR基序（DDWDFL）。

另外，点击检索框下方Examples，提供实验证实含有LIR基序的蛋白，点击ATG13为例，展示LIR基序模式图。

▌文献案例

本文旨在探讨TFG结合LC3C调节ULK1定位进而介导自噬体形成，正文FigureEV5C中展示基于iLIR数据库预测的TFG蛋白潜在LIR基序。

数据库操作如下：首先从NCBI-Protein数据库获得TGF(TRK-fused gene [Homo sapiens])蛋白的FASTA格式氨基酸序列；点击iLIR数据库Search目录下LIR motif检索，输入上述FASTA序列，点击SUBMIT得到检索结果，整理可得原文Figure EV5 C。

其他文献案例如下，感兴趣的小伙伴可以自行安排学习。

以上就是iLIR数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！

Jacomin AC, Samavedam S, Promponas V, Nezis IP. iLIR database: A web resource for LIR motif-containing proteins in eukaryotes. Autophagy. 2016 Oct 2;12(10):1945-1953. doi: 10.1080/15548627.2016.1207016. Epub 2016 Aug 2. PMID: 27484196; PMCID: PMC5079668.