燃到炸！分子对接，分子间精细化调控，这个数据库都有！一个数据库搞定你国自然！省你很多功夫！

AutophagySMDB数据库

自噬调节相关化合物信息数据库

嗨，小伙伴们大家好！关于自噬表型，与之相关功能基因、非编码RNA、蛋白翻译后修饰及其与肿瘤临床相关性等数据库大家都学习到了，不知“引药生变”系列推文大家是否还有印象？“引药”入自噬是否同样会“生变”无穷妙处呢？新的一周给大家带来一款自噬调节相关化合物信息数据库AutophagySMDB，一起来看看吧~！

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嘘~才不只是灵光一现~国自然热点，我有这个检索秘籍！

▌数据库概览

Autophagy Small Molecule Database，简称AutophagySMDB，收录自噬调节相关化合物信息。

网址（http://datascience.imtech.res.in/pawan/autophagy/index.html#）。

进入主页可见数据库简介，AutophagySMDB目前收录自噬相关约10,000个小分子化合物与71种靶蛋白调控关系信息。其中，化合物信息包括基于PubChem、ChEMBL和KEGG等数据库的EC50、IC50、Kd和Ki、IUPAC名称、标准SMILE表达式、化合物结构、分子量和定量构效关系等理化特征，支持以化合物名称或结构式及靶基因名称进行检索，还提供各种在线工具以进行高级分析。

数据库Help页面提供数据检索操作演示视频，小伙伴们使用数据库过程中若遇到问题可以点击观看哈~！

UPLOAD部分用于上传自噬调节相关基因、化合物信息数据。

▌数据库核心功能及操作演示

Browse模块

Browse模块，数据库提供两种数据浏览方式，以Target（靶基因）进行数据浏览，以Molecule（化合物）进行数据浏览。

Browse目录下，点击Molecule进入数据浏览页面，以阿司匹林为例，2D/3D information展示化合物结构式，QSAR部分展示化合物理化性质数据，Other Properties部分展示化合物其他信息，IUPAC名称为2-乙酰氧基苯甲酸2-acetyloxybenzoic acid，即乙酰水杨酸，为自噬诱导剂，促进自噬，SMILE结构式为CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O，参考文献有22406476等12篇，证据来自于Western结果，FDA批准。调节自噬的靶基因为PRKA，点击后链接至Target数据浏览页面。

点击Target进入数据浏览页面，以ULK1为例。Image部分为蛋白结构式。随后，点击Show/Hide Information展示ULK1调节自噬信息，属于丝氨酸苏氨酸蛋白激酶，饥饿条件下通过调节自噬体调控自噬，负调控自噬抑制剂mTOR，在神经元分化和轴突形成过程中发挥重要作用。点击Expand/Collapse展示靶向ULK1的化合物及其理化性质，以SBI_0206965为例，点击后链接至Molecule数据浏览页面。

Search功能

Search提供不同检索方式，Text Search为输入关键词进行检索，Advanced Search为高级检索，Structure Search为结构式检索，PDB Structures为Protein Data Bank数据库蛋白结构检索，还有检索FDA Approved化合物，Selective Aotuphagy Medulators选择性自噬调节分子，Metric for Targets和Metric for Small Molecules等检索方式。

Text Search部分输入靶基因或化合物关键词进行检索，以靶基因检索时可设置输入的靶基因为信号通路组分、转录因子、自噬核心分子或其他。

Advanced Search部分支持设置化合物理化性质、功能、靶基因分类及靶基因等参数进行精确检索。

Structure Search部分可以绘制化合物结构式， Similarity表示检索相似结构的化合物，Substructure表示检索包含该结构的化合物。这部分操作与前期介绍的ChEMBL数据库类似，不再详述。

FDA Approved部分提供化合物名、靶基因和FDA批准情况。

PDB Structures部分提供靶基因名、PDB ID、蛋白结构描述、检测方法和参考文献信息。

Selective Aotuphagy Medulators部分提供选择性自噬调节分子相关文献链接。

Metric for Targets部分提供靶基因对应的文献数目，Metric for Small Molecules部分提供化合物对应的文献数目，以及PMID。

Tools

Clustering链接至Chemmine Tools在线工具，基于化合物结构相似性、物理化学特性或自定义数据类型对化合物进行聚类分析。

Tree部分选择目标靶基因或绘制目标化合物进行关联性分析。

Catalog部分选择不同分类浏览化合物信息；Advanced Catalog部分选择目标靶基因或绘制目标化合物结构进行关联性分析。

以上就是AutophagySMDB数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！

Nanduri R, Kalra R, Bhagyaraj E, Chacko AP, Ahuja N, Tiwari D, Kumar S, Jain M, Parkesh R, Gupta P. AutophagySMDB: a curated database of small molecules that modulate protein targets regulating autophagy. Autophagy. 2019 Jul;15(7):1280-1295. doi: 10.1080/15548627.2019.1571717. Epub 2019 Feb 3. PMID: 30669929; PMCID: PMC6613839.