兼顾组织/细胞分析！还有网络和功能注释分析！这个数据库是宝藏！巨实用！

TissueNexus数据库

基于RNA-seq数据的人类功能基因相关性网络分析及功能注释数据库

嗨，小伙伴们大家好啊！新的一周我们继续Nucleic Acids Research（NAR）杂志数据库追新。前面带大家了解过转录调控网络（Transcriptional regulatory network）分析相关的TcoFBase和TF-Marker数据库。这周再介绍一款基因交互网络相关TissueNexus数据库，提供人类功能基因相关性网络及功能注释信息，一起来看看吧~！

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▌期刊信息

▌数据库概览

TissueNexus数据库（https://www.diseaselinks.com/TissueNexus/index.php）于2022年1月份发布在Nucleic Acids Research杂志，数据库整合来自人类49个组织/细胞系52,087个样本的1341个RNA-seq数据，涵盖20000多功能基因，基于XGBoost算法构建组织/细胞系功能基因相关性网络（Functional gene networks），以网络节点代表功能基因，节点连线权重代表两功能基因参与同一生物过程或通路的概率，提供较全面的人类组织/细胞系功能基因相关性网络及功能注释信息。

菜单栏Data部分为TissueNexus数据库来自人类49个组织/细胞系RNA-seq数据集信息及下载链接；Download部分提供权重大于0.5的FGN数据下载链接；Method部分为TissueNexus数据库构建方法；Help部分为数据库介绍及使用指南。

▌数据库核心功能及操作演示

TissueNexus数据库很好上手，主页检索框选择目标组织/细胞系，输入目标基因或目标基因列表，点击Search即可得到检索结果。以检索示例#2中APOE和APP两个基因在乳腺癌中的功能基因相关性网络信息为例，点击Search进入结果页面。

首先，展示输入的目标基因信息，提供基因symbol及别称、染色体定位及基因功能描述信息。

左侧Local network部分展示APOE和APP在乳腺癌中与其他功能基因FGN图，其中绿色节点表示输入基因，灰色节点表示相关基因，线条颜色表示两节点基因参与同一生物过程或通路的概率，以Weight表示，图形下方可设置Weight阈值，设定阈值以上的FGN关系展示在图中。右侧Network analysis部分为网络分析结果，表格中Local network展示右图中网络连接最多的25节点基因及Weight值。

右侧Network analysis部分Edge Evidence表格提供上述两节点相关性证据来源，展示TOP10的结果，详细计算方法见Method部分。

Gene Ontology Enrichment部分为上述节点基因基于DAVID的功能富集结果，表格提供富集到的GO条目ID及名称，富集到的基因，FDR值。

Disease/traits enrichment部分为基于DisGeNET数据库上述节点基因与疾病相关性分析结果，表格提供显著相关的疾病、相关基因和FDR值。

接下来看Gene analysis部分，Tissue expression部分展示不同组织中APOE和APP基因表达热图。

Gene Ontology为单基因GO富集分析结果。

Human phenotype ontology部分为基于Human Phenotype Ontology(2019)的人类表型相关型注释结果，提供表型描述及相关疾病信息。

GWAS为全基因组关联分析（Genome Wide Association Study）结果，表格展示与目标基因相关的疾病、SNP信息，提供p值及文献PMID。

Drug部分为基于DGIdb数据库的靶向调节目标基因的药物，表格提供药物名称、预测分数和数据来源。

最后是miRNA部分，表格展示靶向调节目标基因的miRNA，提供证据来源及参考文献PMID。

▌彩蛋环节

上述检索两个基因，FGN图节点基因较少，图形尚且较美观。若检索更多基因，以检索FOS,ATF3,EGR1,KLF4,AR,NR4A1,JUNB为例，结果FGN图辨识度显然较差。

我们来尝试优化一下：复制右侧Network analysis部分Local Network数据到Excel表格，表头如下设置，筛选Weight大于等于0.5的结果，有325个，复制到新的表格，另存为txt格式文件。

构建以下注释文件，将输入的基因标记为input，存储为txt文件。

打开Cytoscape，导入上述两个txt文件，修缮细节后得到FGN图如下，橘色为输入的目标基因，蓝色为TissueNexus数据库检索到的节点基因，节点连线颜色越深表示Weight值越大。

总结：TissueNexus数据库整合来自人类49个组织/细胞系1341个RNA-seq数据，提供较全面的人类组织/细胞系功能基因相关性网络及功能注释信息。。

以上就是TissueNexus数据库全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！

Lin CX, Li HD, Deng C, Guan Y, Wang J. TissueNexus: a database of human tissue functional gene networks built with a large compendium of curated RNA-seq data. Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D710-D718. doi: 10.1093/nar/gkab1133. PMID: 34850130; PMCID: PMC8728275.