17+SCI力荐！国自然不知道加分项怎么设计？先试试这个转录因子宝藏数据库再说~
TF-Marker数据库
人类组织及细胞标志性转录因子及其调控分子相关信息数据库
嗨，小伙伴们大家好啊！新的一周我们继续Nucleic Acids Research（NAR）杂志数据库追新。近期弘毅在转录因子“干湿”技能入门一点通讲席营，给大家详细讲解了如何基于转录组测序数据结合公共数据库进行转录调控网络（Transcriptional regulatory network）分析以及相关文献讲解。
检索Pubmed近半年发表的包含转录调控网络的文章有近100篇，肿瘤与非肿瘤、功能基因与非编码RNA都可以纳入分析。TRN分析的关键在于转录因子上下游调控关系的建立，上周介绍的TcoFBase在TRN分析方面有极大帮助。这周给大家介绍另一款转录因子及其调控相关分子信息数据库，TF-Marker数据库，提供人类组织及细胞标志性转录因子及其调控分子相关信息，帮助小伙伴们更方便进行TRN分析。一起来看看吧~！
▌期刊信息
▌数据库概览
TF-Marker数据库（http://bio.liclab.net/TF-Marker/index.php）于2022年1月份发布在Nucleic Acids Research杂志，收录2091篇文献报道的人类383种细胞和95种组织特异性标志物中转录因子及其调控分子相关信息。
按类型分为以下5大类：
TF：调节组织或细胞标志基因表达的转录因子；
T Marker：被TF调控组织或细胞标志基因；
I Marker：调节TFs活性的组织或细胞标志基因；
TFMarker：组织或细胞标志转录因子；
TFPmarker：潜在的组织或细胞标志转录因子。
目前数据库发布的TF-Marker文件有1316个TFs、1092个T Marker、473个I Marker、1600个TFMarker和1424个TFPmarker。除此之外，TF-Marker数据库将上述标志物划分为疾病标志物和组织/细胞特异性标志物，为探索特定组织/细胞标志性TFs潜在功能及其调控关系网络分析提供极大便利，并将为单细胞测序数据分析时识别具有特征转录因子及相关标志物的细胞类型提供帮助。
菜单栏Help部分提供数据库介绍及各个功能模块使用指南。STATISTICS展示数据库中TF-Marker数据统计结果。SUBMIT部分提供个人研究中TF-Marker数据提交方式。
▌数据库核心功能及操作演示
BROWSE功能
BROWSE功能模块支持以组织类型、细胞类型及基因类型进行数据查看，以乳腺组织中肿瘤和正常组织或细胞标志性转录因子TFMarker为例。
（1）结果Result of TFs and related markers部分展示113个TFMarker，表格展示TFMarker基因名、类型及其交互基因，细胞名称及类型，组织类型。点击Interacting Gene列“＋”号查看全部交互基因。点击Details列查看该基因详细信息。
以TWIST1为例，乳腺肿瘤细胞中的交互基因，即靶基因为TGFB1和MTOR，点击More details，Overview部分展示TWIST1基因基本信息，提供文献支持，以及在其他类型组织或细胞中表达情况，点击蓝色Interacting Gene可查看靶基因信息。
页面下拉，表格展示乳腺癌中TWIST1、超级增强子和靶基因之间的调控关系，该目录下暂无数据。
接下来CRC，即core transcriptional regulatory circuit，核心转录调控环路，柱状图展示不同样本类型中TWIST1相关CRC统计结果，具体展示在下方表格。
随后是基于GTEx、CCLE、TCGA和Encodes数据库不同组织或细胞中TWIST1表达情况。
（2）结果Result of cell types部分展示11种细胞及其标志性TFMarker，表格展示细胞TFMarker基因名、证据数目和词云图。点击Gene列“＋”号查看该细胞全部TFMarker基因。点击Details列查看该细胞详细信息。
以证据数目最多的Stem cell为例，点击Word Cloud，或者点击more details，查看词云图，表示基因在Stem cell中表达情况。表格展示上述基因文献出处、基因类型，细胞及组织类型，点击more details查看基因详细信息，内容基本同前。
SEARCH功能
在主页点击Quick search或菜单栏点击SEARCH进入检索页面，支持以组织或细胞类型检索，以基因名进行检索，或是检索目标TFs转录调控环路信息。
以检索乳腺癌组织中Stem cell信息为例，检索结果与前述类似。
Searching by Gene部分支持批量输入基因列表进行TFs、T Marker、I Marker、TFMarker和TFPmarker鉴定，输入示例基因列表，基因类型选择TFMarker，检索结果展示60个TFMarker基因信息。
最后Download部分提供TFs、T Marker、I Marker、TFMarker和TFPmarke这5种基因数据下载。
总结
目前TF-Marker数据库发布1316个TFs、1092个T Marker、473个I Marker、1600个TFMarker和1424个TFPmarker信息，为探索特定组织/细胞标志性TFs相关分子潜在功能及其调控关系网络分析提供极大便利，并将为基于单细胞测序数据识别具有特征转录因子及相关标志物的细胞类型提供帮助。
以上就是TF-Marker数据库全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下文献哦~！
Xu M, Bai X, Ai B, Zhang G, Song C, Zhao J, Wang Y, Wei L, Qian F, Li Y, Zhou X, Zhou L, Yang Y, Chen J, Liu J, Shang D, Wang X, Zhao Y, Huang X, Zheng Y, Zhang J, Wang Q, Li C. TF-Marker: a comprehensive manually curated database for transcription factors and related markers in specific cell and tissue types in human. Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D402-D412. doi: 10.1093/nar/gkab1114. PMID: 34986601; PMCID: PMC8728118.
往期传送门
小白实战课堂开课啦！手把手教你转录因子与靶基因预测操作～！
引药生变数据库系列传送门（完结）
甲基化数据库系列传送门（完结）
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END—
撰文丨弘 毅
排版丨四金兄
主编丨小雪球
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关键词
信息
转录因子
靶基因
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