这篇太救命了！零代码搞定DNA甲基化分析！转录组做腻了，甲基化搞起来！

DNA甲基化一键出图

小伙伴们，大家好，又到了一周一期的小洋专栏！上一期有关qPCR的相关内容大家掌握的如何啦？感兴趣的小伙伴可以到小洋专栏去回看之前的内容哦~那么，本期小洋将给大家带来的是关于仙桃学术DNA甲基化的相关介绍。

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基本概念

DNA 甲基化

DNA 修饰的一种。甲基化主要通过 DNA 甲基转移酶将甲基基团添加到 DNA 上，从而实现在不改变 DNA 序列的情况下影响 DNA 的转录过程。DNA 甲基化主要发生在 CpG 上（CpG 是-C 碱基-磷酸-G 碱基-，通常认为，甲基化主要加在这种 CpG 的 C 上）。通常认为，发生在启动子区（上游-2000bp~+100bp 区域或者其他调控控件上）的甲基化会影响对应基因的转录。

CpG岛（CpG island）是DNA发生甲基化的位置，特指长度至少500bp、GC含量超过55%、CpG比值大于0.65的DNA序列区域。正常情况下，散在的CpG是被甲基修饰的，处于封印状态；而在编码基因的启动子或其他转录调控区域中，CpG聚集成簇形成CpG岛并会呈现非甲基化状态，即解除封印。当CpG岛被甲基化后就会诱发基因沉默，与转录活性呈负相关。通常要研究一个基因启动子DNA甲基化就是找CpG岛位置。

应用场景

分析分子-DNA甲基化位点甲基化程度之间的相关性和可视化。

结果解读

每个点为一个样本，对应有 ERBB2 在 RNAseq 数据中的 TPM 值和甲基化探针cg17633523对应的Beta值

图中蓝色的线代表拟合的直线

图中蓝色的线周围的浅蓝色的条带代表拟合直线的置信区间

图的左下角有对应的统计方法和相关统计量

相关系数为正数，说明两个变量可能存在正相关关系；相关系数为负数，说明两个变量可能存在负相关关系（甲基化主要看分子表达和对应的探针是否是负相关，请尽量不要选正相关（没必要去强行解释正相关））；相关程度还需要看相关系数的绝对值大小

相关系数强弱：
绝对值在 0.8 以上：强相关
绝对值在 0.5-0.8：中等程度相关
绝对值在 0.3-0.5: 相关程度一般
绝对值在 0.3 以下：弱或者不相关

以上就是有关DNA甲基化的背景介绍，如果想要进一步掌握DNA甲基化的相关内容，还可以登录解螺旋官方网站进行深入的学习和探索！

实战演练

下面让我们来看一篇2019年9月发表在“Journal of Translational Medicine（IF= 5.531）杂志上的一篇文章。题名为“Identifcation of key DNA methylation-driven genes in prostate adenocarcinoma: an integrative analysis of TCGA methylation data”.