上两集见这里：
[变异毒株]Delta时代的那些非Delta余孽们（上集）
（UKHSA《技术简报》的VOC部分）

[变异毒株]Delta时代的那些非Delta余孽们（中集）
（UKHSA《技术简报》的VUI部分）

话说这个系列的阅读量比起之前各种焦虑贩卖文来说，低了不少。
原因我大概能猜到，
毕竟这些大多数已经过气的毒株，跟各位日常生活几乎毫无关系，

各位应该也不是咱这样的审美怪异人士，居然会对病原体演化抱有兴趣……

所以这种小众玩意儿居然能有上千次点击，这已经是各位给咱捧场了。
但个人来说，咱还是希望各位能耐着性子看完这最后一部分，
因为吧，其实前两集都是铺垫，
真正可能影响全球疫情前景的怪物，全都藏身在最后。
在正式开始品鉴
英国卫生安全局《第28期英格兰地区新冠病毒VOC/VUI技术简报》
剩下的30种
VUM（受关注的变异株）
之前，咱再啰嗦一下，复习几个概念。

首先，正如上一集所说，现如今某个变异株到底猛不猛，判断标准已经完全变了。
在前Delta时代，某种变异株是否牛鼻，需要从多维度评估，比如突变位点吓不吓人、传染性高不高、毒力猛不猛、免疫逃逸强不强等；
而在Delta一桶浆糊的现在，判断变异株是否牛鼻的标准只有一条——只要能苟活，不被Delta拍死在沙滩上，就是牛鼻。
（而令人焦虑的是，下面我们即将看到，在UKHSA这份《技术简报》里面，藏了两只怪物，它们不仅在Delta纪元继续刷存在感，甚至还顶着Delta全面霸榜的流行率逆势增长）
然后呢，Pango体系的变异株命名法规则咱还是得再复习一发，毕竟下面咱还得品鉴一堆光怪陆离的变异株：

用人话来说，pango命名法通常由从左到右几个小节组成，

每两个小节中间由分割符"."进行区分。
其中第一个小节是大写字母（一位字母或两位字母都可以），
比如说“B.1.1.7”，或者“AY.4.2”之类；
接下来，第一小节之后全部是数字，每个小节的数字，都对应演化树上的一次进化枝分化，
（可以类比初中学的“界门纲目科属种”不断细分）
比如“B.1.617.2”，最左边的“B”，代表新冠病毒的B进化枝（当初武汉两种初始毒株之一）；“B.1”则代表B进化枝下的第一个分支；然后“B.1.617”代表B.1进化枝下的第617个分支；最后“B.1.617.2”代表B.1.617进化枝下的第2个分支。
——一图秒懂，请品鉴：
↑ 从B到AY.4.2.1的演化之路。
最后，下面咱还会列举不少突变位点，特别是刺突蛋白的突变位点。

大伙经常提起的刺突蛋白，简单来说，就是组成新冠病毒的29个蛋白（以及5个结构蛋白）之一~
——也就是下图九点钟方向的“Spike”部分，请品鉴：
为啥大伙儿普遍关注刺突蛋白？很简单，
因为刺突蛋白的主要功能是结合人体细胞表面的受体、促进融合、实现侵入；
因此，可想而知，这货就是人体免疫功能的眼中钉肉中刺，不管是抗体还是T细胞，主要都针对的刺突蛋白；
又因此，再次可想而知，处处被针对的刺突蛋白受到的正向选择压格外大；

又又因此，还是可想而知，刺突蛋白的突变尤其频繁，也尤其紧要。

再说说具体的突变~
用人话来说，突变的写法是前后两个大写字母，然后中间夹一串数字——比如说“N501Y”这样~
这些数字代表刺突蛋白上的氨基酸位点；
数字前面的字母代表标杆毒株的氨基酸类型（这里的标杆毒株是武汉株）；
数字后面的字母则代表突变之后的氨基酸类型。
举个例子，“N501Y”这个突变，指的就是刺突蛋白第501个位点的N（天冬酰胺）突变成了Y（酪氨酸）。
——各种字母指代的氨基酸如下：
刺突蛋白一共1273个位点，具体结构如下~

——请品鉴：
↑ 以上不同色块代表刺突蛋白的不同结构单元，下面黑色短线则分别代表Alpha、Beta和Gamma三朵昨日黄花的突变。
位于正中间的686位点，把整个刺突蛋白分成了S1和S2两部分，686旁边刚好就是臭名昭著的弗林蛋白酶切割位点，简称FCS（之前八卦的细胞融合和超级抗原都是FCS的锅），所以这一部分的突变各个都值得重点关照；

另外，位于受体结构域（RBD，319到537）是刺突蛋白与ACE2受体直接结合的区域，所以这一小撮位点的突变有可能显著影响免疫逃逸能力和受体亲和能力，需要高看一眼；
最后，虽然病毒总是在传播复制过程中随机突变，但一旦某些突变老是重复出现，那多半就代表着背后存在明显的选择压力，因此所有的趋同突变，特别是和现有VOC/VUI撞衫的那些趋同突变，不管位于什么位置，都应该关注。
总之情况就是这么个情况，前言有点长，请各位多担待~下面就开始正式八卦。
《第28期英格兰地区新冠病毒VOC/VUI技术简报》的30种VUM（受关注的变异株）
具体如下：

  • C.36.3（由埃及输入欧洲，已过气）

  • B.1.427和B.1.429（著名的“加州变异株”Epsilon，已过气）

  • B.1.620（发源于喀麦隆的强力毒株，曾在韩国霸榜，已过气）

  • R.1（发源于西非，曾在日本流行的变异株，已过气）

  • C.1.2（新一代毒王）
  • B.1.640（新一代毒王2号）
  • C.37（南美三雄之一Lambda，已过气，但正在不断经历武林奇遇）
  • A.27（发源于非洲科摩罗群岛的变异株，已过气）

  • B.1.526（著名的“纽约变异株”Iota，已过气）
  • B.1.1.7+Q677H（第一集提到过的柬埔寨魔改版Alpha）
  • AT.1（发源于俄罗斯的强力毒株，已过气）
  • B.1.639（发源于波多黎各，至今没被Delta彻底挤死的小众变异株）
  • B.1.629（发源于安哥拉的变异株，已过气）
  • B.1.619（同样发源于喀麦隆的强力毒株，同样曾在韩国霸榜……已过气）
  • B.1.630/B.1.631/B.1.628（在中美洲互相群P重组出来的毒株，其中B.1.630实力入围WHO VUM榜单）
  • P.1.8（南美三雄Gamma的徒子徒孙之一）
  • P.5（Gamma的表兄弟，已过气）
  • B.1.617.2+P.1.1.7（发源于日本的Delta+Alpha重组毒株，很焦虑！）
  • 魔改版C.37（上面提到的Lambda武林奇遇版）
彻底过气的那些咱直接跳过不提，重点八卦一下加粗加黑的这几位得了。

C.1.2
详见这里。
简单来说，这是当前刺突蛋白RBD部分突变最厉害，因此免疫逃逸能力排名第一的阴间变异株。
——突变位点请品鉴：
不过，现如今免疫逃逸已经不是变异毒株最核心的竞争力，核心竞争力始终是传染性。
而令人焦虑的是，这货从6月份开始，顶着Delta的巨大霸榜优势，在南非慢慢涨到了5%的流行率，这一情况，暂时算得上全球独一份儿……
——请品鉴：

↑ 以上蓝色曲线是以采样日期（即核酸检测日期）计算的流行率增长曲线（2021年3月起，截止2021年9月底）；
橘色曲线则是以提交日期（即把测序结果上传到GISAID数据库的日期）计算的流行率增长曲线（2021年6月起，截止2021年10月23日）。
B.1.640
这货又是一坨巨大的焦虑。
刺突蛋白突变如下：
P9L+E96Q+136/144del+R190S+I210T+R346S+N394S+Y449N+F490R+N501Y+D614G+P681H+T859N+D936H
一排都写不下……
NTD结构域5个突变，RBD结构域5个突变，FCS则是臭名昭著的P681H~
抗体中和测定成绩一定很瞎眼……
根据现有线索推断，B.1.640可能诞生于刚果（或者周边其他国家），
于2021年9月输入法国布列塔尼地区，造成了学校聚集性感染，
（又是布列塔尼……上次的奇葩毒株B.1.616也是在布列塔尼，详见
这里
）

然后恰逢假期，放假归巢的小祖宗们造成了全法扩散，
并且迅速蔓延到意大利、瑞士、西班牙、英国和美国。
总之，Delta一桶浆糊之后，B.1.640第一种诞生于Delta家族之外的全新毒株
（上面提到的C.1.2出现在3月份，那时候Delta还没能霸榜，所以不算）

所以B.1.640的现身，打破了不少人天真烂漫的一厢情愿——
某些朋友认为，Delta一举封神之后，病毒的演化竞赛并不会就此按下暂停键~
然而事实正好相反，Delta成为了新的基线，新的出发点。
从Delta一桶浆糊的那一刻开始，所有新出现的新冠病毒变异株，都至少会是Delta那么强悍程度，甚至还要更青出于蓝。
Lambda及其魔改版
放在一起说得了。
详见这里。
当初原始版的Lambda，已经造就了截止今天都没法超越的病死率全球最高世界记录（B.1.616那种小样本量不算）~
——请品鉴：
↑ 上面是Lambda老家秘鲁的病死率（紫红色）对照全世界平均病死率（绿色）。灰色阴影区间是Lambda流行期间。
病死率超过10%可还行？
而在地盘不断被Delta蚕食的关键时刻，Lambda爆发出了惊人潜力，
武林奇遇层出不穷，
不到四个月时间已经冒出了4个不同版本。
——武林奇遇一（秘鲁北部版），请品鉴：
——武林奇遇二（秘鲁安第斯山区版），请再品鉴：
——武林奇遇三（利马版），请继续品鉴：
——武林奇遇四（布宜诺斯艾利斯版），请接着品鉴：
这尼玛谁受得了？？？

B.1.630/B.1.628/B.1.631
详见这里。
为啥UKHSA要把这三种放在一起呢~
用人话来说，除了它们刚好前后脚发源于洪都拉斯之外，

更重要的原因在于，这三位（外加B.1.627和B.1.634）有可能涉及到多种变异株参与的重组事件。
——请品鉴：
↑ 上图是最新几种变异毒株的相似度矩阵，数字越高则重组可能性越高。
B.1.627、B.1.628、B.1.631和B.1.634这四位，怕不是在搞多P……
所以新冠病毒搞突变的机制吧，不止司空见惯的抗原漂变，也不止武林奇遇式的偶发快速突变，还有乱哄哄的多P重组……
这尼玛谁受得了？
B.1.617.2+B.1.1.7
重组这种事情吧，就如同配种，非常挑血统。
就比如上面的B.1.630及其群P对象们，虽然各种互攻，各种大尺度，
但毕竟……底子不咋样，

所以最后重组出来的成品，充其量也就是个VUM的实力。
但现在咱们将要看到的这货，虽然同样是重组嫌疑犯，但性质完全不同……
——请品鉴：
Delta+Alpha可还行？
总之，这个奇葩玩意儿于2021年8月份诞生在日本东京，
算是奥运大爆发留给日本人民的小小遗赠吧~

不知道厚劳省和国立感染研该用怎样的表情去面对……
以上就是本期英国卫生安全局《第28期英格兰地区新冠病毒VOC/VUI技术简报》的简单解读。
最后划一划重点得了：
  • C.1.2、B.1.640，这两个玩意儿含焦量最高，尤其是B.1.640；
  • 其次则是魔改版Lambda和重组版Delta/Alpha；
  • 不过，现实威胁最大的还是AY.4.2……
说到AY.4.2，补充一句最新独家剧透。
英国至少五家实验室拿这货做抗体中和测定，

不管是测活病毒还是假病毒，不管是用康复者血清还是疫苗接种后血清，

都得出同样的结果：

AY.4.2的免疫逃逸相对于元祖版Delta以及AY.4来说，都变弱了。

所以问题就来了……

免疫逃逸对于病毒而言显然是一种功能增益，
妥妥的正向选择压，
凭什么会不增反降？

更重要的是，AY.4.2的流行率一直在稳步增长，
它是怎么做到的？

答案可能很焦虑：
天下武功，唯快不破~
当快到一定程度之后，免疫逃逸什么的就根本不重要了。
因为根本没有太多的免疫保护需要逃逸
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