[变异毒株]大的……大的要来了
大伙儿想必知道，
Delta一家独大之后，
市面上时不时就会冒出来一种论调，
——比如说，请品鉴：
↑ “Delta是不是最后的强力变异毒株？”
呵呵，《卫报》11月21日提出这个煞笔问题，
结果转天就被打脸了。
因为……
大的终于来了。
太长不看版的总结：
- 新毒株B.1.1.529新鲜出炉；
- 大佬出面开后门，24小时以内走完本来需要10天左右的命名流程；
- 突变位点异常恐怖，有可能完全逃逸市面上所有单抗；
- 和当初纽约下水道的神秘毒株片段有微妙的相似度；
- 可能和最近南非豪登省疫情反弹有关系；
- 已经现身国内（香港）
——请各位首先品鉴一则看似无关的新闻：
↑ 简单来说，
- 2021年10月22日，香港某36岁男性接受PCR检测呈阴性；
- 2021年10月23日，该男性乘机前往南非；
- 2021年11月11日，该男性乘坐卡航QR818航班（经多哈中转）返回香港，抵达机场时PCR检测呈阴性；
- 2021年11月12日，该男性在酒店隔离期间再次接受PCR检测呈阳性（此时该病例无症状）；
- 2021年11月15日，香港卫生署公布该男子感染的是“N501Y变异株”。
这里咱需要岔开话题，略微吐槽一下香港卫生署。
他们长期用刺突蛋白特征突变来指代整个毒株，
以至于一不留意就会看走眼……
比如这次这个“N501Y变异株”吧，
惯性思维之下，正常人都会以为是Alpha或者Beta，
毕竟Alpha和Beta都有刺突蛋白N501Y，也都在南非时隐时现~
去趟南非感染上过气的Alpha/Beta也勉强算是正常情况。
但出人意料的是，
2021年11月22日，香港卫生署上传了这个所谓“N501Y变异株”的测序记录；
——请品鉴啊：
K417N+N440K+G446S+S477N+T478K+E484A+Q493R+G496S+Q498R+N501Y+Y505H+T547K
这尼玛都突变得亲妈不认识了，
你香港卫生署轻描淡写一句“N501Y变异株”就打算蒙混过关了？？？
哦对了，咱插播一下，
之前简单介绍过的变异株突变位点品鉴指南（请见这里）
用人话来说，突变的写法是前后两个大写字母，然后中间夹一串数字——比如说“N501Y”这样~ 这些数字代表刺突蛋白上的氨基酸位点； 数字前面的字母代表标杆毒株的氨基酸类型（这里的标杆毒株是武汉株）； 数字后面的字母则代表突变之后的氨基酸类型。 举个例子，“N501Y”这个突变，指的就是刺突蛋白第501个位点的N（天冬酰胺）突变成了Y（酪氨酸）
插播完毕，咱继续回头八卦。
香港卫生署的测序记录上传到GISAID之后，
相似的记录就跟约好了一样，
纷纷从博茨瓦纳和南非冒头~
——请品鉴：
↑ 南非7例，博茨瓦纳4例。
——所以这个变异株的完整突变位点列表长这样：
↑ 茫茫多的一片，数都数不过来……
简单统计下刺突蛋白部分得了：
A67V+69/70del+T95I+142/144del+Y145D+211del+L212I+G339D+S371L+S373P+S375F+K417N+N440K+G446S+S477N+T478K+E484A+Q493R+G496S+Q498R+N501Y+Y505H+T547K+D614G+H655Y+N679K+P681H+N764K+D796Y+N856K+Q954H+N969K+L981F
话说，这个公众号的老读者可能听说过，
我们这边有Pango team变异株追踪团队的内线来着…
所以昨天晚上开始，由于及时收到线报，
咱几乎熬了个通宵，
一直在实时跟进这个全新毒株的发现和命名全过程。
如下：
2021年11月23日晚上10点，ICL的病毒学家Tom Peacock老师率先揪出这几个可疑毒株；
Peacock老师表示：
LITERALLY THE WORST VARIANT I'VE EVER SEEN.
太简单了，不翻译了吧~
2021年11月23日晚11点，以色列卫生部中央病毒实验室的Shay Flesion老师搞出了最早几例测序记录的演化树；
——请品鉴：
2021年11月23日晚11点37分，Peacock老师提交新毒株申请；
——请品鉴：
翻译成人话：
涉及南部非洲地区的B.1.1子毒株，在刺突蛋白拥有茫茫多的阴间突变……
2021年11月24日凌晨4点，更多的相关测序记录陆续上线；
——演化树逐渐有一点形状了……请品鉴：
哦对了，这几条新的几条测序记录还初步暴露了这一全新毒株的流行情况。
简单来说，全是悲报……
——比如，Pango Team的Hitoshi老师精彩分析，请品鉴：
翻译成人话：
有一个测序记录的病例是未满1岁的小女孩（也就是说已经发生了家庭传播）； 约翰内斯堡国际机场正好位于Ekurhuleni（悲报……）；
还没完，还有更大的悲报呢~
——请品鉴：
↑ 南非某例的测序原因：
疫苗接种后突破性感染……
2021年11月24日下午4点，斯坦福大学分子生物学家Georgi Marinov老师敏锐地发现了部分相似的毒株（含焦量巨高）；
Marinov老师表示：
We have neutralization measurements for another RBD sequence with that many mutations, and it was completely resistant to all monoclonals.
翻译成人话：
我们曾经对另外一个RBD结构域拥有类似数量突变的测序记录进行过抗体中和测定，结果显示……市面上所有单抗全部无效。
很凑巧，Marinov老师所说的那个让市面上所有单抗全部无效化的阴间毒株，其实咱早就已经八卦过了……
当初纽约废水的那篇预印本提到的一某神秘毒株片段，
也就是下图中的WNY4，
——差不多是这个造型：
K417T+N439K+K444N+Y449R+L452Q+N460K+S477N+484del+F486V+S494T+G496V+Q498Y+N501S+G504D+Y505H+H519Q
各位不妨跟新毒株的刺突蛋白RBD域比较比较，是不是有几分神似？
所以现在问题就来了……
WNY4是尼玛啥来历？？？
2021年11月24日下午5点半，到了这一步，大佬们显然坐不住了……
爱丁堡大学病毒学巨咖Andrew Rambaut老师出面督办，
安排手下马仔，剑桥大学的Christopher Ruis老师实际操作。
——请品鉴：
Ruis老师开了后门，疯狂插队，快速走完了整个新毒株确认命名流程。
这货终于有了名字：
B.1.1.529
从提交申请到最终命名，
前后花了不到24小时。
据我所知，这应该是Pango Team成立以来最大的一次插队现场……
当初凶名赫赫的B.1.617，
由英格兰卫生署官方出面提交申请，
然后也是Rambaut老师打招呼特事特办，
而且也安排了马仔协办，
最后还是花了接近3天才走完流程
（2021年3月30日提交，4月1日命名）
所以不管B.1.1.529之后发展趋势咋样，
至少登场的排面上，已经算截止目前最大号的了……
大的要来了……
新毒株命名搞定了，
但焦虑并没有停止。
——桑格研究所大佬Theo Sanderson老师等人表示：
Interesting that these make up 100% of November-collected Gauteng sequences yet have at least slightly different location data around Johannesburg and a range of sampling strategies (one vaccine breakthrough, others surveillance), on the face of it suggesting high prevalence there.
翻译成人话：
这几个测序记录就是11月份以来整个豪登省地区提交的所有测序记录，并且地点和测序目的各有不同，所以盲猜的话，这货流行率有可能挺高……
而我们知道，B.1.1.529最早现身的豪登省，
刚好前几天一反常态，开始了新一轮爆发……
——请品鉴：
？？？
再加一坨焦虑吧。
B.1.1.529还有一个非常罕见的刺突蛋白插入突变。
——名词解释走一个：
——总之，B.1.1.529的这个刺突蛋白插入突变长这样：
刺突蛋白NTD域第214残基位置的EPE插入。
刚好，最早发现B.1.1.529的Peacock老师就是新冠病毒插入突变的专家。
咱之前刚好还八卦过，
——根据Peacock老师的说法：
↑ 翻译成人话就是，这个插入突变吧，
插入的多半是宿主身上抢过去的mRNA片段
（具体来说就是跨膜蛋白245基因）……
最后来一坨大号焦虑吧，
出自上面提到过的Marinov老师~
（这逼拾我牙慧……）
Marinov老师表示：
We get a zoo of serotypes and strains that circulate all at the same time. Which is the worst-case scenario.
翻译成人话：
一大堆不同血清表型的毒株将会同时流行。 这就是最坏的局面。
关于血清分型的焦虑，请看这里：
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