多组学+表观遗传+临床联合分析大杀器！用这个数据库就够了！绝对让你爱不释手！
MEXPRESS数据库：基因表达谱、甲基化与临床数据相关性及可视化神器
甲基化数据库系列传送门
▌数据库概览
MEXPRESS数据库网址为（https://mexpress.be/index.html），点击ABOUT查看数据库简介，MEXPRESS专注于TCGA数据库中基因表达谱、DNA甲基化位点和临床数据之间相关性分析及可视化功能。
页面下拉，提供数据库快速入门指南，并提供图表结果说明、放大缩小功能和工具栏说明等信息。
感兴趣的小伙伴还可以在菜单栏点击CODE链接至GitHub数据库查看MEXPRESS数据库源代码。
▌数据库核心功能及操作演示
MEXPRESS数据库操作很简单，进入主页，左侧栏输入感兴趣的基因名（支持输入HGNC symbols，Ensembl gene IDs或Entrez ID）并选择疾病，以前列腺癌中GSTP1基因为例，点击PLOT，等待页面刷新。
结果以热图形式展示，默认以样本中基因表达值降序排列，提供样本临床信息、基因表达及拷贝数、体细胞突变和甲基化数据，以及相关性分析结果，相关性分析基于Person检验或Wilcoxon秩和检验，p值基于Benjamini-Hochberg方法进行调整。
临床信息部分的热图提示，在前列腺癌与正常组织之间GSTP1基因表达水平存在显著差异（p=7.417e-28），同时GSTP1基因表达与肿瘤复发显著相关（p=3.226e-4）、与肿瘤占位显著相关（p=0.011）、与血液PSA水平显著负相关（r=-0.132，p＜0.01）。
基因表达及拷贝数部分的热图提示，在前列腺癌中GSTP1表达与基因拷贝数显著负相关（r=-0.159，p＜0.001）。
接下来是各位点甲基化修饰与基因表达相关性热图，结果提示GSTP1基因表达水平与甲基化修饰显著相关，鼠标悬停显示甲基化探针信息。鼠标右键框定感兴趣的转录本区域或多个探针，局部放大查看。
上方工具栏支持个性化设置：Sort the samples by下拉菜单选项按照不同样本信息进行排序；Filter the samples下拉菜单选项支持对某一类型样本进行过滤；Select clinical parameters下拉菜单选择感兴趣的临床信息；勾选Show the somatic mutations显示体细胞突变信息；点击Highlight the promoter probes高亮显示启动子区域甲基化信息。
点击Show the summarized view，显示前列腺癌中GSTP1基因高、低表达组样本甲基化修饰差异情况。
Show information about下拉菜单，显示不同数据集信息。
Download提供不同格式的结果图表下载。
▌文献案例
MEXPRESS数据库2015年发布并于2019年更新，发布以来引用文献140余篇，其中5分以上文献占四成以上，更多文献案例学习小伙伴们可以自行检索。
以上就是MEXPRESS数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下参考文献！
[1] Koch A, De Meyer T, Jeschke J, Van Criekinge W. MEXPRESS: visualizing expression, DNA methylation and clinical TCGA data. BMC Genomics. 2015 Aug 26;16(1):636. doi: 10.1186/s12864-015-1847-z. PMID: 26306699; PMCID: PMC4549898.
[2] Koch A, Jeschke J, Van Criekinge W, van Engeland M, De Meyer T. MEXPRESS update 2019. Nucleic Acids Res. 2019 Jul 2;47(W1):W561-W565. doi: 10.1093/nar/gkz445. PMID: 31114869; PMCID: PMC6602516.
往期传送门
小白实战课堂开课啦！手把手教你转录因子与靶基因预测操作～！
引药生变数据库系列传送门（完结）
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撰文丨弘 毅
排版丨四金兄
主编丨小雪球
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