首发12+纯生信！这个数据库，我一用就爱上了！

m6a2Target数据库：m6A甲基化位点数据库

嗨，小伙伴们大家好！新的一周我们继续甲基化修饰的话题。之前给大家介绍过一款老牌数据库SRAMP用于m6A甲基化位点预测，这周给大家带来一款集m6A甲基化位点查询与预测于一体的当红小鲜肉m6a2Target数据库，收录来自文献报道中已证实的m6A修饰位点信息，并整合高通量测序数据提供m6A修饰位点预测功能，各种玄妙一起来康康吧~！

甲基化数据库系列传送门

没想到这个数据库这么好用！国自然、SCI都能用得上！导师不明觉厉，直呼内行！

今天文章重点：实用！（6-11分SCI都偏爱这个Style）

有一说一，这个数据库太太太太惊艳了！值得安利！

用上这个数据库，至少给你的SCI涨1分！屡试不爽，大神最爱！

听说国自然评议专家都爱这个美图？16+SCI里频频出现？送你个必杀神器，助力你的科研！

▌数据库概览

进入m6a2Target主页（http://m6a2target.canceromics.org/#/home），该数据库于2021年3月发表在Briefings in Bioinformatics杂志，基于已发表文献中m6A修饰相关Writer、Eraser和Reader（WERs）数据，包括低通量WERs敲低或过表达实验结果、GEO数据库中WERs高通量测序数据，并整合差异表达分析、差异甲基化分析、差异翻译分析和可变剪切分析等结果，旨在探索并提供WERs相关经验证靶基因信息查询和潜在靶基因预测功能，目前覆盖人类和小鼠两个物种。

首页菜单栏点击Help，查看构建m6a2Target的数据来源和分析工具，并有数据库快速使用指南。

页面拉到底，可以看到目前数据库收录的Writer、Eraser和Reader种类及参考文献，对m6A基本概念比较薄弱的小伙伴可以点开学习，真可谓是保姆式教学啊。

▌数据库核心功能及操作演示

Validated Targets

该功能模块展示文献报道中经实验验证的Writer、Eraser和Reader与靶基因交互信息。在Species选择物种，Cell line选择感兴趣的肿瘤或细胞系，Type选择Writer、Eraser或Reader，页面刷新即可进行数据浏览。

以检索文献报道中人类乳腺癌细胞系MDA-MB-231中Writer的靶基因信息为例，结果展示总计有134条信息，表格展示物种、细胞系、Writer/Eraser/Reader类型及名称、靶基因和PMID，点击表格上方Writer分子查看感兴趣的信息，以第一条METTL3对应的靶基因DGCR8为例，点击Details查看详情。

结果中首先展示METTL3及其靶基因DGCR8基本信息，提供多种类型基因ID，点击可链接至相应数据库。

随后展示m6A修饰位点信息，结果提供以shRNA沉默或以慢病毒载体过表达METTL3的两篇文献中METTL3与靶基因DGCR8交互信息。

Potential Targets

该功能模块提供潜在Writer、Eraser和Reader靶基因信息，分为Binding和Perturbation两部分，前者基于交互实验CLIP-seq、RIP-seq、CHIP-seq或者质谱数据，后者则基于对Writer、Eraser或Reader进行基因操作后的差异表达分析、差异甲基化、差异翻译效率或可变剪切分析得到潜在靶基因，前者提供直接靶向关系证据，后者提供间接靶向关系证据。

Binding功能模块界面同Validated Targets，以检索潜在的人类乳腺癌细胞系MDA-MB-231中Writer靶基因信息为例，页面刷新后显示结果有19574条信息，表格中展示物种、细胞系、Writer/Eraser/Reader类型及名称、靶基因，以及Writer/Eraser/Reader与靶基因交互类型、检测方法和下游效应。可点击表格上方Writer分子查看感兴趣的信息，以第一条METTL3对应的潜在靶基因A2M为例，点击Details查看详情。

首先分别展示METTL3与潜在靶基因A2M基本信息，二者交互细节部分展示，交互类型为蛋白-RNA交互，检测方法为RIP-seq，数据来源为GSE60213，并提供参考文献，暂无交互位点信息。

Perturbation功能模块界面类似，同样以检索潜在的人类乳腺癌细胞系MDA-MB-231中Writer靶基因信息为例，页面刷新后显示结果有1790条信息，表格内容同前文。以第一条METTL3对应的潜在靶基因A2M为例，点击Details查看详情。

METTL3与潜在靶基因A2M交互细节部分展示交互效应为敲减METTL3则A2M表达上调，提供logFC、P值和调整P值，并提示上述效应为m6A修饰依赖性。

综合前文检索结果，METTL3与潜在靶基因A2M交互情况大概率是，METTL3结合A2M mRNA以m6A修饰依赖方式促进A2M表达，那么可以尝试检测METTL3过表达或敲减后A2M mRNA的m6A修饰情况、A2M mRNA稳定性和A2M蛋白表达，进而在此基础上探索二者直接交互情况。

Search功能

首页提供快速检索功能。菜单栏Search功能模块可以检索感兴趣某个基因与某个Writer/Eraser/Reader分子之间潜在交互关系，为探索主变量上游潜在m6A机制提供极大便利。以检索人类乳腺癌细胞系MDA-MB-231中A2M基因与Writer METTL3的潜在交互信息为例，检索结果基本同前，不在赘述。

Genome Browser

该功能模块提供基因组范围内检索感兴趣基因m6A修饰位点信息，以检索人类A2M基因与Writer METTL3交互信息为例，结果以图形展示基于不同实验数据的交互类型、交互位点和交互效应信息，左侧可个性化设置展示内容。该可视化结果基于IGV软件，感兴趣的小伙伴可以下载探索（http://software.broadinstitute.org/software/igv/download）。

Download

最后是Download，提供人和小鼠Validated Target、Potential Target (Binding)和Potential Target (Perturbation)三个功能模块原始数据下载功能，感兴趣的小伙伴可以下载探索。

▌文献案例分析

目前该数据库引用文献基本都是综述，暂无可拆解文献，和大家梳理一下m6a2Target数据库可以使用的场景：

（1）已知主变量分子，探索上游调控其表达的m6A修饰相关Writer/Eraser/Reader分子（Search功能）；

（2）已知m6A修饰相关Writer/Eraser/Reader分子表达差异改变，探索下游效应靶基因（Validated Target、Potential Target功能）。

以上就是m6a2Target数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下参考文献！

Deng S, Zhang H, Zhu K, Li X, Ye Y, Li R, Liu X, Lin D, Zuo Z, Zheng J. M6A2Target: a comprehensive database for targets of m6A writers, erasers and readers. Brief Bioinform. 2021 May 20;22(3):bbaa055. doi: 10.1093/bib/bbaa055. PMID: 32392583.