没想到吧？这些分子修饰的图，零代码就可以搞定！搭配10+SCI，那叫一个和谐！

MethyCancer数据库：人类肿瘤DNA甲基化数据库

嗨，小伙伴们大家好！新的一周我们继续甲基化修饰的话题。经过前面数期甲基化相关数据库及文献案例学习，想必小伙伴们也发现了，甲基化修饰研究无论是纯生信文章还是干湿结合，基本上都能发表到相当不错的分数。所谓临渊羡鱼不如退而结网，站在岸上永远学不会游泳，与其羡慕嫉妒，不如跟着弘毅一起来学习更多甲基化相关数据库，为后续课题设计添砖加瓦吧。这周给肿瘤口小伙伴带来福利，一款人类肿瘤相关DNA甲基化数据库MethyCancer，其中玄妙一起来看看吧~！

甲基化数据库系列传送门

没想到这个数据库这么好用！国自然、SCI都能用得上！导师不明觉厉，直呼内行！

今天文章重点：实用！（6-11分SCI都偏爱这个Style）

有一说一，这个数据库太太太太惊艳了！值得安利！

用上这个数据库，至少给你的SCI涨1分！屡试不爽，大神最爱！

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甲基化+临床分析，你以为只能用R做吗？高分文章的图，你也可以跟着无脑复现!

听说用这个数据库保底5+SCI？5篇文章复现给你看！进来捡宝贝啦！

▌数据库概览

MethyCancer数据库网址（http://methycancer.psych.ac.cn/）。研究表明DNA甲基化修饰通过调节癌基因激活、抑癌基因沉默和染色体不稳定性等方式在肿瘤发生发展过程中发挥关键作用，MethyCancer数据库整合来自公共数据库中DNA甲基化修饰、癌基因及突变和患者临床特征数据，以及来自大规模测序的CpG克隆数据，进行癌基因、甲基化修饰和肿瘤临床特征三者之间的关联性分析，提供癌基因CpG岛分布、启动子CpG岛甲基化修饰状态和临床相关性及可视化结果，为鉴定肿瘤特征性甲基化修饰位点及包含该位点的癌基因提供极大便利。

首页菜单栏点击User's Guide，提供数据库使用指南，及甲基化、肿瘤相关数据统计及数据来源链接。

FTP部分可下载源数据，或上传肿瘤基因甲基化相关数据。

▌数据库核心功能及操作演示

Search

MethyCancer数据库提供多种检索方式：以甲基化进行检索（Methylation Search），以基因进行检索（Gene Search），以肿瘤进行检索（Cancer Search），以基因克隆或序列进行检索（Clone & Sequence Search）、以基因重复序列进行检索（Repeat Search）。

（1）Methylation Search

Methylation Search检索页面，可以选择甲基化类型（Methylation region、Methylation profile、Methylation pattern、Methylation content、CpG Island I、CpG IslandⅡ和CpG Island Ⅲ）、数据来源、实验方法、样本信息（组织、性别、年龄和疾病表型）和人类基因组位置等信息。部分参数输入框右侧有详细介绍，比如甲基化类型介绍Methylation type introduction、数据来源描述BIG/UHN Data Description、组织列表（包括细胞系名称）和疾病表型列表等。

以检索乳腺癌BT-20细胞系全部类型甲基化修饰为例，Sample部分，Tissue选择breast–BT-20 cells，Phenotype选择tumor-breast cancer cell line，其他参数默认，点击Search得到检索结果。

返回3条结果，列表最后一列Methylation Status为甲基化修饰状态，ID为181151的基因甲基化修饰状态为100 mol% of CpG，点击ID查看详情。

结果中Sample和Experiment部分展示样本信息、参考文献和实验方法，点击Find all methylation related to this sample展示该样本中所有基因甲基化修饰信息。

结果中Methylation、Overlapping Gene和Overlapping Repeat部分展示该基因甲基化修饰详细信息，基因名为RBM11，甲基化修饰区域为Chr21:14510263-14510725，序列长度为462bp，5-甲基胞嘧啶(5-mC)含量为100%，即处于甲基化修饰状态，克隆序列为MethDB_sequence_14050，基于RepeatMasker预测的重复序列为GC_rich，点击Methylation部分Link to MethyView查看上述信息可视化形式，点击Overlapping Gene部分Details查看基因详细信息，详情见下文。

（2）Gene Search

Gene Search检索页面，Cancer Gene Category选择基因分类（注释癌基因、潜在癌基因和其他基因）、Property选择基因类型（编码基因、非编码基因和假基因等），其他参数还有基因名称/别名、基因ID、基因组位置、GO条目和通路等，或者输入关键词进行检索。

以前述乳腺癌中RBM11基因为例，结果显示该基因是实验报道的其他类型甲基化修饰基因，点击ID 11871查看详情。

结果部分展示基因详细信息，全称Putative RNA-binding protein 11，蛋白编码基因，位于21号染色体q11区，提供各种基因ID，表达于大脑、骨骼、肺、睾丸、肌肉和眼睛等组织。RBM11有一个转录本，相关GO信息为 GO:0000166 IEA Generated via Q9Y2A5和GO:0003723 IEA Generated via P14866。

页面下拉，DNA methylation and CGIs部分展示基因组信息、CpG岛、克隆或重复序列等信息可视化结果，点击Link to MethyView查看大图，详情见下文。

部分基因还展示基因突变信息，以下为乳腺癌中ZC4-NRK基因突变情况。

（3）Cancer Search

Cancer Search检索页面，输入肿瘤名称/别名、病因、流行病学、病理、治疗、预后、细胞遗传学形态、细胞遗传学分子等关键词进行检索，点击左上角list of cancer可查看500多种类型肿瘤列表。

以乳腺癌为例，返回3条结果，Hereditary breast cancer无相关基因，以乳腺癌中分泌型导管腺癌为例，有179个基因甲基化修饰信息，点击查看详细情况。

首先展示疾病概述。随后展示肿瘤相关基因及其数据来源、参考文献和引用情况，点击基因名链接至Gene Search结果模块。

（4）Clone & Sequence Search和Repeat Search

Clone & Sequence Search和Repeat Search检索模块功能类似，以克隆或重复序列基因组位置进行检索，结果基本与前述类似，不再赘述。

MethyView

MethyView模块基于人类全基因组数据背景对甲基化修饰信息进行可视化展示，分为三个子模块：ChroView，MethyLoci Survey和MethyLoci Detail View，每个子模块提供基因模式图，展示启动子、外显子、内含子和重复序列分布及甲基化修饰情况，前述Search功能各个子模块检索结果页面均可链接至MethyView查看。

Human Chromosomes点击任一染色体进入ChroView界面，查看含有肿瘤注释信息的基因组甲基化修饰情况，点击6号染色体为例，结果显示有甲基化修饰基因820个，肿瘤相关基因88个，甲基化位点4163个，点击左侧任意柱子进入MethyLoci Survey浏览界面，展示不同数据库来源的CpG岛信息。

以前述乳腺癌中RBM11基因为例，基因组位置为Chr21:14507350-14525558，数据来源全选，点击Search，检索结果为0，因为RBM11基因在MethyCancer数据库被归类为其他类型基因，可以从Gene Search结果页面点击Link to MethyView进入。

结果以热图形式展示RBM11基因不同CpG位点的甲基化水平，颜色从黄色到蓝色依次代表0％至100％，灰色表示未知甲基化水平，左侧行聚类代表不同组织样本，鼠标点击某个方块可显示该位点甲基化水平。

点击MethyLoci蓝色部分，放大显示不同数据库来源的CpG位点。

Methy&Cancer Search

Methy&Cancer Search模块提供基因及甲基化修饰与肿瘤之间相关性信息，基因分为三类：注释的肿瘤基因，候选肿瘤基因和其他基因，基因分类以实际情况随时更新。可选择基因类型、输入基因名、组织和肿瘤类型并选择数据库进行检索。以乳腺癌为例，基因类型选择注释的肿瘤基因，数据库全选，点击Search得到检索结果。

结果展示110个与乳腺癌明确相关的基因，以KLF5为例点击Gene ID链接至Gene Search结果界面，与前文类似。

Tools

数据库提供BLAST和CGI prediction两款小工具，BLAST功能暂时不能应用，以下仅演示CGI预测功能。

以前述RBM1基因为例，NCBI-Gene获得FASTA格式RBM1基因序列，输入检索框，%GC等参数默认，点击Search得到1条预测结果，序列位置为1-714。

▌文献案例

提供几篇应用MethyCancer数据库的案例文献供大家学习。

以上就是MethyCancer数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下参考文献！

He X, Chang S, Zhang J, Zhao Q, Xiang H, Kusonmano K, Yang L, Sun ZS, Yang H, Wang J. MethyCancer: the database of human DNA methylation and cancer. Nucleic Acids Res. 2008 Jan;36(Database issue):D836-41. doi: 10.1093/nar/gkm730. Epub 2007 Sep 21. PMID: 17890243; PMCID: PMC2238864.