中国拥有丰富的药用植物资源，对药用植物的使用、栽培历史悠久，测序行业的不断发展推动药用植物的研究，加速了传统的研究方法向微观分子水平的转变。由贝纳基因主导，多家单位共同参与的千种药用植物基因组数据库于2021年6月正式上线：www.herbgenome.com，目前已收录100+种药用植物基因组数据。
继9月9日湖北中医药大学研究员、博士生导师刘义飞老师的“黄连基因组揭示了小檗碱多样性＂和9月16日深圳中国科学院仙湖植物园万涛研究员的“百岁兰基因组揭示其在沙漠极端干旱环境下的长寿机制”之后，9月23日，我们邀请到武汉贝纳科技有限公司项目总监牛妍博士，带来“使用Nanopore技术从头组装药用植物地黄基因组”的在线技术讲座。
主讲人介绍
牛妍博士，武汉贝纳科技有限公司项目总监
从事生物信息多年，拥有丰富的项目分析经验，擅长基因组分析、转录组分析、细胞器基因组分析等，参与了上百个动植物基因组分析，发表SCI文章多篇，累计影响因子超过30分。
演讲摘要：
地黄（Rehmannia glutinosa）是列当科地黄属重要的药用植物，其根部富含以环烯醚萜为主的生物活性成分，具有清热生津，补血滋阴的功效。2021年7月，河南中医药大学与贝纳基因合作，以“De novo genome assembly of the potent medicinal plant Rehmannia glutinosa using nanopore technology”为题，在国际知名期刊Computational and Structural Biotechnology Journal上发表了地黄高质量染色体级别基因组。该研究通过对ONT长读长测序，结合Illumina和HiC测序，获得基因组大小为2.49Gb的染色体级别高质量同源四倍体地黄基因组，对地黄基因组中重复序列进行分析，发现重复序列比例为67%，其中LTR，尤其是Copia元件发生显著扩张，此外， 全基因组复制分析显示，地黄在364万年前发生了一次独立的全基因组复制事件。通过基因家族分析研究发现，UDP-dependent glycosyltransferases 和 terpene synthase 基因家族的扩张促进了地黄萜类物质的生物合成及其多样性的发生。总之，地黄基因组为地黄药理研究提供了重要基础，将促进重要药理化合物的开发和应用。
王小薇
Oxford Nanopore Technologies大客户经理，常驻上海
厦门大学生物系本科，硕士，上海交大安泰MBA在读，10年分子生物学和高通量测序领域从业经验。先后就职于华大基因，德国QIAGEN等行业知名企业的研发，技术支持和市场部门。
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关键词
药用植物
基因家族
重复序列
种药用植物基因组
9月