没想到吧？NCBI旗下的药物综合数据库，竟然还有这么多实用功能！给你的科研加个buff！

PubChem：药物信息综合数据库

嗨，小伙伴们大家好！引药生变的话题到目前已连续更新两个月，这周给大家带来这个系列最后一趴，属于NCBI旗下的一款权威药物信息综合数据库PubChem，提供化学信息学、化学生物学和药物化学等研究关键信息，一起来康康吧~！

引药生变系列传送门

1.厉害了！疾病和药物基因哪里找？这个数据库是你的课题思路之源！也太太太太太太实用了吧！

2.一站式搞定中药数据挖掘，生信分析里的万金油！靶点，基因，机制，疾病都有了！

3.药物和基因搞对象的全流程，全靠这个数据库？高分SCI的套路，1分钟搞定！

4.这次不挑疾病，真的！！！

5.夸到词穷！网药研究一条龙分析都有了！简单又实用!

6.研究药物的有福了！这个网药数据库还有这么强大的分析功能！堪称神器！

7.一刻钟内，最大限度提升SCI创新性！小白都能学会!

8.研究药的都能能用上！这个数据库太实用，比想象中更牛！

9.一站式搞定网药分析？发3+SCI就靠这个数据库了！

10.惊喜！10+SCI用这个数据库添彩，靶基因-药物预测，就靠它了！

11.超实用！比你还专业，用这个药物数据库，让你的基金和SCI瞬间开挂！

▌数据库概览

进入PubChem主页（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/），该数据库属于NCBI旗下，目前更新至2021年，收录11100万种化合物结构信息存储于PubChem Compound子数据库，27100万种用户上传的化合物数据存储于PubChem Substance子数据库，29800万种实验结果或文献支持的化合物生物活性数据存储于PubChem BioAssay子数据库，还有3200万篇相关文献和250万相关专利，以及90426个靶基因、96561个靶蛋白和23915条通路信息，上述数据来源总计799个。PubChem数据库包含大量化合结构信息、理化性质及生物活性、毒性和安全性数据，并提供详实的文献或专利支持，广为生物医药与生物化学交叉领域的科研人员所青睐。

点击主页菜单栏About，该页面展示数据库详细介绍。值得注意的是，该数据更新之后不再提供PubChem Entrez检索功能，取而代之的是一个统一的检索界面，如果对新界面不熟悉仍可以旧版本界面来访问，或者在主页检索框下方勾选use Entrez，不过目前在旧版本的Entrez检索结果不支持后来添加到PubChem的内容，例如专利信息。

另外需要关注的是，该页面What’s in PubChem部分有各种数据类型的详细介绍，各个数据类型访问链接如表所示。

点击主页菜单栏Blog，该界面展示PubChem数据库近期的数据更新信息，在右侧栏RECENT POSTS预览。

▌数据库核心功能及操作演示

PubChem数据库数据检索功能有三种方式：关键词检索、结构式检索和批量检索。

关键词检索

在主页检索框输入关键词进行快速检索，检索词支持输入化合物名称、化学式、CAS ID号、SMELE和InchI表达式，或基因名，并提供Covid-19专题检索功能。

以阿司匹林aspirin为例，检索结果有121条化合物结构信息，包括阿司匹林单体和混合药物，有25条通路数据，1998条药物活性数据，近7万文献或专利。

点击Compounds目录下第一条查看详情。首先映入眼帘的是aspirin信息概览，包括PubChem CID、化合物结构、化学安全分类、分子式、同义词、分子量和数据更新时间，并提供aspirin药理功能注释和肝毒性信息，提供NCI Thesaurus、LiverTox和DrugBank数据库链接。右侧栏为该页面所展示的信息目录。

接下来介绍各部分详细信息：Structure部分展示aspirin的2D、3D和晶体结构，右上角可下载结构信息文件或保存图片，可在数据库检索结构类似的化合物。

Names and Identifiers部分展示aspirin的各种表达式、别名和标识符。IUPAC Name为2-乙酰氧基苯甲酸（2-acetyloxybenzoic acid），InChI=1S/C9H8O4/c1-6(10)13-8-5-3-2-4-7(8)9(11)12/h2-5H,1H3,(H,11,12)，SMILES：CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O，并提供CAS、EC、ICSC和UNII等数据库ID，以及各种同义词。

Chemical and Physical Properties部分展示aspirin理化性质，比如溶解度。

Spectral Information部分展示aspirin的光谱信息，包括核磁共振谱、质谱、红外紫外光谱和拉曼表面光谱等。

Related Records部分，可查看aspirin相关研究进展，

Chemical Vendors提供aspirin供应商信息。

Drug and Medication Information部分展示aspirin的临床信息，包括适应症、WHO指南信息、药物成分、临床试验和某些药物特性及使用注意事项等信息。

Pharmacology and Biochemistry部分展示aspirin的药理学性质，ADEM药代动力学和药物作用机制。

Toxicity部分展示aspirin的毒理学特征，包括肝毒性、致癌性、中毒症状及急救措施。

Associated Disorders and Diseases部分展示来自CTD数据库的aspirin相关疾病信息。

Literature部分展示aspirin的相关文献。

接下来比较重要的一部分：Biomolecular Interactions and Pathways，展示aspirin的靶基因、靶蛋白及结构、通路、药物相互作用和药物食物相互作用等信息。

再然后，Biological Test Results部分展示药物活性信息。

另外，在上一级检索结果页面，点击Similar Structures Search可以检索与aspirin结构类似的化合物，结果中点击Setting可设置相似度对结果进行筛选。

以结构式进行检索

点击Draw Structure进入检索界面，以检索阿司匹林为例，绘制结构图，可以点击下方Help查看绘图指南。检索结果包括同一性、相似性、子结构和上层结构，进入各化合物详情页面，内容基本与前文类似。

批量检索

点击UPLOAD ID LIST进入检索界面，下载示例数据，选择数据类型，上传示例数据文件，点击Search Pubchem With This List，得到检索结果，右侧可批量下载。

▌新版PubChem功能展示

1. Periodic Table，点击进入元素周期表，可整体上浏览各元素信息，点击任意元素查看详情，内容基本与前文类似。

2. Knowledge panels，为了方便快速找到化合物、基因和疾病之间的交互关系，引入Knowledge panels知识面板，分为Chemical–chemical co-occurrences、Chemical–gene co-occurrences和Chemical–disease co-occurrences三个子板块，可直接点击下面网址访问。

3. PubChem Pathway，提供与某通路相关的化合物、蛋白质、基因和疾病交互信息，替代了不再更新的NCBI BioSystems数据库功能。

PubChem数据库功能强大，应用范围极为广泛，在此提供两篇案例文献供大家学习：PMID 33918209 IF=4.410；PMID 33927214 IF=4.371。

以上就是PubChem数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下参考文献！

写在结尾

Kim S, Chen J, Cheng T, et al. PubChem in 2021: new data content and improved web interfaces. Nucleic Acids Res. 2021;49(D1):D1388–D1395. doi:10.1093/nar/gkaa971